Суворов восстановил должности, звания, титулы, ордена, существовавшие в царствование Сардинского короля, а все распоряжения по введению новой администрации возложил на временный верховный совет. Губернатором Турина назначен Сент-Андре, доверенный короля, а управление Пьемонтом возложено на генерала де-Латура. Национальную гвардию, хотя она была республиканского происхождения, он не стал распускать, так как большинство гвардейцев не сочувствовало французам. Им приказано продолжать службу для охраны спокойствия в городе, но у жителей велено отобрать оружие и военные запасы, а также выдать французов, скрывавшихся в домах.
Меры эти вызвали в Вене неудовольствие, и австрийский император обратился с рескриптом. Он писал, что в землях, занятых союзными войсками по праву завоевания, не может быть иной власти, кроме его, императора Австрийского, поэтому гражданское управление и политика должно быть в распоряжении Венского кабинета; что пьемонтские солдаты должны призываться не под знамена Сардинского короля, а на службу австрийского императора, ибо долгая война требует покрытия потери людей из областей, отнятых от неприятеля.
Корыстные виды Венского двора обнаружились с полной ясностью. Внутреннее управление вверялось австрийским комиссарам, распоряжения по снабжению союзных войск и употребления для того средств занятого края поручено Меласу. Офицеры и солдаты бывших пьемонтских войск принимались исключительно на пополнение австрийской армии, что в несколько раз уменьшило число охотников. Все прокламации и объявления после 16 мая издавались уже от имени генерала Меласа, как уполномоченного Римского императора. О Сардинском короле в них не упоминалось. Эгоизм Венского двора по мере успехов Суворова креп, и поводы к взаимным неудовольствиям множились, потому что захватывали не только политическую, но и военную область.
Суворову снова приказано австрийским императором держаться плана операций, изложенного в прежних рескриптах, и переход союзников на правый берег По принят за нарушение инструкции. Австрийский император требовал, чтобы все планы Суворова были отставлены, а сосредоточились на взятии Мантуи и миланской цитадели, для чего усилить осадные корпуса. Главной армии занять положение для охраны сделанных завоеваний. Особенно заботились в Вене о скорейшем взятии Мантуи и обращались беспрестанно к русскому послу Разумовскому, о чем он официально сообщал Суворову. Но, пользуясь проездом через Вену сына Суворова, Аркадия, Разумовский послал ему с этой верной оказией частное письмо, советуя продолжать по-прежнему, не заботясь о боязливости Венского двора, который напуган прошедшими бедствиями, а после сам будет "благодарить, славить и обожать". Совет был рискованный, в виду неоднократных подтверждений за подписью императора.
Барон Тугут был очень не доволен русским полководцем, который не хотел состоять в его услугах. Желчный нрав и беспредельное самолюбие руководителя Венского кабинета не терпели в исполнителях ни малейшей самостоятельности, из-за чего высшие ступени армии были заняты крайне посредственным людьми, преданными первому министру исполнителями его воли. Желая во что бы то ни стало согнуть волю Суворова, Тугут пошел к цели окольным путем и действовал через своих клевретов, занимавших высшие посты в армии. Интрига, сплетня, донос, противодействие главнокомандующему или по крайней мере умышленно создаваемые затруднения, сделались повседневным явлением. Под предлогом - не отвлекать фельдмаршала к предметам второстепенной важности, - гражданская, политическая и военно-хозяйственная власть вручены были тупому, ограниченному Меласу, руководить которым было гораздо удобнее. Завязались прямые сношения австрийских генералов с гофкригсратом. Суворов перестал им доверять, видя в них недругов и Тугутовых шпионов. Единство, стройность в распоряжениях исчезли; недоразумения, не только невольные, но и умышленные, участились; приказания доходили до австрийских войск медленно, неверно, иногда в таком виде, который прямо противоречил первоначальному смыслу. Затруднения и беспорядки в снабжении армии продовольствием возрастали по дням; магазинов было мало, и войска на походе кормились большей частью реквизиционным способом, а лошади - подножным кормом. Хлеб, доходивший временами до солдат через посредство австрийских комиссаров, сплошь да рядом был дурно испечен, из порченой муки, мясо несвежее, вино разбавлено водой, так что жаловались неизбалованные русские войска. Он принялся исправлять зло, насколько возможно. Распорядился, чтобы приказания из главной квартиры в австрийские войска шли прямо ближайшим начальникам, а не через Меласа, которые должны уже были сами доводить их до сведения Меласа. Велено австрийскому провиантмейстеру и земским комиссарам получать наряды и распоряжения от генерал- квартирмейстера Шателера, знакомого с общим ходом и планом военных операций. Но эти меры, ослабляя зло не исцеляя его. Они даже принесли вред: Шателер был поставлен в необходимость действовать не так, как указывалось из Вены, стал в холодные отношения с Меласом и навлек на себя неудовольствие Тугута.