Несмотря на бездействие Гадика, французы сами отступили, и австрийцы заняли большую часть малых кантонов, но не воспользовались этим, и главная армия эрц-герцога Карла оставалась в бездействии. Причиной тому были политические соображения Венского кабинета, главное из которых - завладеть Баварией. Император Павел, раздраженный конфискацией в Баварии имений Мальтийского ордена, чуть было не попал на удочку австрийской политики, но поспешность, с которой Баварский курфюрст обещал исправить ошибку, остановила русского Императора от действий против Баварии. Венский кабинет дожидался, когда подойдет русский корпус Римского-Корсакова, обезоружит баварские войска и передаст Баварию управлению австрийского комиссара, а для замаскирования этой причины приводилась вымышленная, будто русский корпус необходим для укрепления правого фланга австрийцев. Как на этот, так и на другой русский корпус, Ребиндера, Венский кабинет возлагал большие надежды, но беспрестанно изменял свои планы и обращался к Павлу I с противоречащими просьбами. Все лето прошло в дипломатической переписке и переговорах о плане действий, в ущерб действиям. Павел был наконец выведен из терпения и решил, что Корсаков пойдет в Швейцарию, а Ребиндер в северную Италию.
Отношения между императорскими дворами сделались холоднее. Иначе и не могло быть при несогласимых целях: русский Государь поднял оружие ради идеи, австрийский - с эгоистическими намерениями. По мере успехов Суворова алчность Венского двора увеличивалась, и взоры обращались не только на соседние Пьемонт и Баварию, но и на южную Италию, и даже в Неаполе было различие между русской и австрийской политикой.
Там, в недавно родившейся Парфенопейской республике, кипела кровопролитная война. Как и всюду в Италии, население бывшего Неаполитанского королевства распалось на две партии, но контрибуции, несправедливые налоги, злоупотребления и насилия французов скоро уменьшили число их сторонников. Спокойствие поддерживалось присутствием французских войск, но возмущения скоро перешли в общее восстание. Загорелась народная междоусобная война, полная совершеннейшего варварства: под покровом патриотизма и политических принципов происходили ежечасно и повсеместно зверства, неистовства и ужасы, от которых стынет кровь. Уполномоченный Неаполитанского короля, кардинал Руффо, прибывший с острова Сицилии для руководства инсурекцией и восставшим народом, объединил усилия инсургентов и стал продвигаться вперед, занимая одну область за другою, но беспощадный, дикий характер войны все таки не изменился.
Король Фердинанд, оставленный союзным и родственным Венским двором, возлагал надежду на русского Императора. Павел I повелел Суворову войти в сношения с Неаполитанским двором и способствовать восстановлению королевской власти. Такие же инструкции были даны адмиралу Ушакову, командовавшему русско-турецким флотом в Средиземном море. Ушаков, занятый на Ионических островах запасом продовольствия и починкою кораблей, только в середине апреля отрядил небольшую эскадру под началом Сорокина. Появление эскадры у неаполитанских берегов произвело смятение, но решающим оказалось русское военное вмешательство, когда Сорокин в начале мая послал отряд из 400 солдат и матросов с 4 пушками, под началом капитан-лейтенанта Белле, впоследствии усиленный еще сотней людей и 6 орудиями. Белле соединился с Руффо, по его просьбе стал обучать толпы народной рати и в конце мая двинулся вместе с Руффо к Неаполю, для нанесения окончательного удара Парфенопейской республике.
Командовавший французскими войсками в южной Италии генерал Макдональд должен был двинуться к северу на выручку своих, но запоздал, потому что требовалось время на сосредоточение войск, заготовление продовольствия, обеспечение укрепленных пунктов. Как только началось сосредоточение войск и французы покидали какую-нибудь часть края, там тотчас вспыхивала инсурекция. С неимоверными усилиями Макдональд выступил из Казерты 26 апреля и с величайшими затруднениями шел к северу, присоединяя к себе по пути все французские войска. Окруженные инсургентами колонны Макдональда следовали по опустошенной стране, терпели крайний недостаток в продовольствии, ежедневно отражали дерзкие нападения банд и только к 14 мая прибыли во Флоренцию, а затем 18 числа в Лукку, где оставались до 29 мая.