В южной Италии, едва показался в виду Неаполя английский флот и приблизился кардинал Руффо с авангардом капитана Белле из 600 человек при 6 орудиях, мечты республиканцев разлетелись как дым. Город взят штурмом и в продолжение нескольких дней представлял страшную картину убийств, пожаров и грабежей. Кардинал Руффо не в силах был обуздать неистовство своих банд и всю надежду возлагал на русский отряд. Русские действительно восстановили в городе некоторое подобие порядка, но по малочисленности своей смогли сделать это лишь тогда, когда больше 2,000 домов было разорено, по улицам валялись кучи трупов. Республиканские войска капитулировали, но прибывший в это время адмирал Нельсон нашел заключенное условие оскорбительным для короля, отверг капитуляцию и настоял на безусловной сдаче. Он приказал схватить заметных участников бывшего переворота и предать суду, как изменников. Суд был только средством для скорейшего перехода к казням, и казни не замедлили; вешали даже на мачтах английских кораблей. Но 19 июня прибыл к Неаполю король Фердинанд, и Нельсоновские казни показались детскими игрушками. Число приговоренных к смерти дошло до 40,000 человек; в ссылку и вечное заточение назначено гораздо больше; доносы, пытки, личные расчеты ежедневно увеличивали число тех и других. Шесть месяцев тянулись ежедневные казни не только в Неаполе, но и во всем королевстве. Это снова разбудило кровожадные инстинкты столичной черни, начались грабежи и убийства. Отряд Белле вынужден был оставаться безмолвным свидетелем кровавых сцен и успел спасти лишь несколько лиц, а потом принял участие в овладении замками и крепостями, бывшими еще в руках французов. Во второй половине июля на неаполитанской земле не оставалось ни одного вооруженного француза.
Таким образом, оставленные Макдональдом гарнизоны не принесли никакой пользы эфемерной Парфенопейской республике. Но это было распоряжение директории, не рассчитавшей, что лишний десяток тысяч был бы при встрече с союзниками в северной Италии гораздо нужнее, чем где-либо. Кардинал Руффо писал Суворову: "Все усилия мои остались бы тщетными без непрестанных побед предводимого вами воинства". Король Фердинанд признавал, что возвратился в свою столицу благодаря Суворову и выражал ему признательность рескриптом от 25 июля. Не в Неаполе или Риме, а на берегах Треббии окончательно решена судьба Неаполя и Рима.
Бездействие эрц-герцога Карла в Швейцарии упорно продолжалось. Силы обеих сторон были почти одинаковы, но у австрийцев гораздо больше сконцентрированы; несмотря на это австрийский главнокомандующий ничего не предпринимал. Как ни старался граф Толстой, не мог ничего сделать: ожидание корпуса Римского-Корсакова приводилось в виде неодолимого резона вместе с другими измышлениями. Сам ничего не делая, эрц-герцог мешал делать и другим. Венский кабинет давно разрешил присоединение к Суворовской армии войск Гадика, но эрц-герцог не отпускал их, ссылаясь на недостаточность своих сил. Когда Суворов бросился на встречу Макдональду, то по крайней необходимости сам притянул в Пьемонт часть Гадиковых войск. Эрц-герцог пришел в неописанное волнение из-за того, что якобы оставлен без прикрытия ключ театра войны (Сен-Готард), и хотел выводить свои войска из малых кантонов. Суворов не стал спорить и возвратил к Швейцарии войска, кроме 3 батальонов, но эрц-герцог заявил, что ему ничего не осталось, "как вовсе отказаться от наступательных действий".
На неудовольствия эрц-герцога нельзя смотреть иначе, как на каприз больного человека, ибо при силах в несколько десятков тысяч нет нужды изменять наступательные проекты в оборонительные из-за убыли 1500-2000 человек. Эрц-герцог Карл был действительно человек больной, временами даже очень больной, да и во взглядах на военное искусство с Суворовым не сходился. Как бы то ни было, армия эрц-герцога продолжала бездействовать, и неудовольствия между ним и Суворовым накоплялись.
Иначе и быть не могло при положении, которое создалось для русского полководца на театре войны в этот период. Никакие факты не могли сломить традиционной системы Венского кабинета, системы эгоизма, недоверчивости и робости. Едва победоносный фельдмаршал успел возвратиться к Александрии, как получил рескрипт императора Франца от 10 июля. В нем указывалось на "неоднократные" повеления об ускорении осады Мантуи; говорилось об ожидаемом усилении Моро и соединении его с Макдональдом; об опасном положении Кейма, оставленного в Турине; о мерах к спасению его отряда при наступлении неприятеля. Император верил в "опытность, храбрость и столь часто испытанное счастье" Суворова, но приказывал "совершенно отказаться от дальних и неверных предприятий, и о всяком важном предположении или действии предварительно доводить до его сведения".