Войска, утомленные до последней степени более чем полусуточным боем, расположились на ночлег на поле сражения. Преследование продолжали одни передовые части. Французы бежали по всем направлениям, их гнали, рубили, забирали в плен кучами. Лишь спустившаяся ночь дала им возможность свободнее вздохнуть. Как союзники понесли огромную потерю во время сражения, так французы особенно пострадали при отступлении. Очевидец говорит, что тела лежали вокруг Нови почти сплошь одно около другого, и было их так много, "как на самом урожайном поле не могло быть снопов сжатого хлеба". Приходилось заботиться только о своих, да и на это требовалось много времени. Собирать раненых французов, отвозить их в госпитали и хоронить мертвых приказано было окрестным жителям.
Войска отдыхали, лишь издали, из горных ущелий, доносились еще выстрелы: то передовые партии следовали за бегущими французами. Вдруг около полуночи раздалась ружейная трескотня в Нови, потом затихла и опять возобновилась. Войска поднялись, стали в ружье; Суворов послал туда один русский батальон. Оказалось, несколько сот французов укрылись в домах, садах и оврагах, и с наступлением ночи, при содействии жителей большой толпой напали на главный русский караул. Караул встретил их выстрелами и штыками, но был подавлен массою и почти поголовно лег на месте. Французы заперли городские ворота и вознамерились обороняться, но подоспевший русский батальон отбил ворота и ворвался в город. Французы были большей частью переколоты, остальные рассеялись и попрятались по домам. Между горожанами находилось много французских сторонников. Два раза в продолжение кампании Багратион занимал Нови, и все-таки они успевали наносить союзным войскам вред. Горожане из французской партии укрывали французов и даже участвовали в нападении на русский караул, доказательством чему служило пятеро из них убитых. Многие дома, где укрылись французы, были взяты, все попавшиеся под руку переколоты, имущество уничтожено и разграблено. Досталось конечно не одним укрывателям, потому что разбирать было недосуг, да и невозможно, но в это время явился Суворов и остановил солдат.
Этим закончилось сражение при Нови. Отличительная его черта состоит в необыкновенном упорстве обеих сторон и в естественном следствии этого - в огромных потерях. Суворов говорил, что не видал еще такого жестокого и упорного дела . У союзников больше всего потерпели войска Края, находившиеся в огне с раннего утра до вечера; у него выбыло из строя больше 5,000 человек. В русских войсках убыль доходила почти до 2,000; общие потери союзников составили 8,000; в числе раненых было несколько генералов. Урон французов был еще значительнее; самые умеренные показания определяют его в 9,500 человек убитыми, ранеными и пленными, но он был выше по меньшей мере на 1,500, если учесть, что много раненых французов следовало за отступавшей армией при помощи пленных австрийцев, приставленных к ним для этого. Сверх того у французов разбежалось несколько тысяч человек. Среди 4,600 пленных были 84 офицера и 4 генерала, из которых двое, Груши и Партуно, были отправлены в Петербург, так как Император повелел прислать к нему французских генералов, которые будут "взяты в полон без акорду". Союзники взяли 4 знамени и 39 орудий, т.е. почти всю полевую артиллерию, состоявшая из 40 орудий.
Суворов был доволен поведением войск в бою, и русских, и австрийских, о чем доносил обоим императорам, особенно одобрительно отзываясь о содействии Меласа. Представлен был длинный список отличившихся, и Император Павел пожаловал щедрые награды. Высочайше повелено жалованье убитых офицеров обратить в пенсию их женам по смерть, а детям до совершеннолетия; семьям убитых офицеров, находившимся за границей, выдать годовой пенсион на возвращение в Россию. Суворова Государь почтил рескриптом, написанным в самых милостивых выражениях; в нем говорилось, что Государь не знает, чем наградить главнокомандующего, который "поставил себя выше награждений". Однако Государь придумал награду именно в том роде, который для Суворова был особенно дорог. Он приказал, чтобы гвардия и все войска, даже в присутствии Государя, отдавали Суворову воинские почести, следующие по уставу только особе Императора. "Достойному достойное", заключал Государь свой рескрипт: "Прощайте князь, живите, побеждайте французов и прочих, кои имеют в виду не восстановление спокойствия, но нарушение оного".
Впечатление от новой победы в венских правительственных кругах принято по обыкновению сдержанно, в Петербурге же с искренним, горячим восторгом. С донесением был отправлен подполковник Кушников, ему было приказано при проезде через Вену не являться Тугуту. Кушникова чуть не носили в Петербурге на руках, Государь первый подавал пример своими милостями: произвел его в следующий чин, пожаловал два ордена, в том числе один с бриллиантами, звал к своему столу к обеду и к ужину. Государь - наследник, узнав, что у Кушникова нет теплого верхнего платья, подарил ему свою шубу, сказав: "Мне нельзя ехать в италийскую армию, так пусть там будет хоть моя шуба."