Причины к недовольству Венским двором быстро множились, так как русский Государь, взяв под свое покровительство курфирста Баварского и герцога Виртембергского, закрыл Австрии путь земельных захватов в южной Германии, и она старалась вознаградить себя в Италии. Павел стал догадываться, что Австрия ведет войну из корыстных расчетов. В его рескриптах попадаются заявления, что замыслы Венского двора не лучше посягательств Франции, говорится "о хитростях и каверзах" этого двора. Австрийскому послу в Петербурге объявлено, что русский Государь, "служа общему делу, не служит дому Австрийскому". Вопрос получал такую постановку, что нельзя было отделываться молчанием или отводить глаза дипломатической риторикой. Тугут заявил Разумовскому, что Австрия хочет присоединить к себе часть владений Сардинского короля и отделить часть Папской области для возмещения другим итальянским государям за уступки территории для округления австрийских владений. Разукомплектовали, что и русский Император может сделать некоторые приобретения, если позволит Австрии свободно распоряжаться в Италии; в противном случае Австрия выйдет из союза.
Император Павел, вступивший в войну с бескорыстными целями, не согласился с предложениями Тугута и потребовал детальных объяснений. Затем прибавились препятствия со стороны Вены к присоединению виртембергских войск к русским, происки австрийцев на Ионических островах, но больше всего продолжавшиеся обиды Суворову, козни против него австрийских "генералов-министров и министров-генералов", пренебрежение к заслугам русских офицеров. Император Франц все отрицал, поясняя, что Суворов никаких предписаний не получал от гофкригсрата иначе, как за его подписью; что все повеления ему давались на основе личного с ним соглашения. Все его жалобы не основательны, а сам император имел много причин жаловаться на фельдмаршала, но не делал и не делает этого в уважение его заслуг и скорого отбытия в Швейцарию.
Император Павел не придал большой цены объяснению Франца. В словесных высочайших повелениях, записанных Ростопчиным, мы встречаем под 7 сентября такое: "Приготовить ответ Римскому императору на его жалобы на Суворова, что поведение Суворова и приказания, ему данные его Государем, говорят за него".
Неприятности продолжались, и одна из них была особенно оскорбительной. При отпуске французских пленных на обмен, Мелас прислал им письмо, советуя не идти на Геную во избежание грабительства и притеснений от русских войск. Вероятно этот же самый случай имел в виду и Фукс, донося генерал-прокурору, что "Мелас причиняет всевозможные подлые шиканства, ибо управляется майором гр. Радецким, адъютантом кн. Суховским и майором Червенко, которые все находятся под покровительством любовницы Тугутова секретаря". Такой обиды Павел I не мог перенести и потребовал от Венского двора удовлетворения "за дерзость и неподчиненность господина Меласа". Из Вены спросили объяснения у Меласа, он отвечал молчанием.