В донесении Корсакова Государю дважды указано на откомандирование по приказу Суворова части войск к Готце, как на распоряжение, повлиявшее на исход боя; уже одно это подсказывало Суворову решение не в пользу Корсакова. Император Павел решил иначе: он повелел отставить от службы и Римского-Корсакова, и Дурасова; та же участь постигла и трех генералов, попавших в плен.
Русские войска отступили на правую сторону Рейна и расположились близ Шафгаузена, уничтожив за собой мосты. Французы преследовали их только вначале: Массена был озабочен движением Суворова.
Одновременно происходил и бой на Линте. В самом начале дела Готце и его начальник штаба были убиты; австрийские войска понесли полное поражение, потеряв почти половину людей убитыми, ранеными и пленными. Они отступили через Сан-Галлен к Рейнеку и перешли на правую сторону Рейна, разрушив за собой мосты. Одержавший победу французский генерал Сульт преследовал их слабо; его внимание тоже было обращено к верховьям Линты и Рейсы.
Прочие отдельные отряды австрийцев, исполняя общий план кампании, двинулись вперед; первый из них, встретив упорное сопротивление, а потом услышав про катастрофу на Линте, впал в панику и ретировался за Рейн. Линкен поступил еще хуже: будучи вместе с Елачичем сильнее французского генерала Молитора, против которого они действовали, он не пособил Елачичу, действовал боязливо, медленно и только увеличивал этим отвагу и решительность французов. Он должен был понимать, насколько обязательным было для него движение вперед и открытие сообщения, или по крайней мере сношений, с Суворовым. Несмотря на это он, будучи в одних силах с Молитором, простоял против него у Глариса 16 и 17 сентября, не предприняв общей атаки, а когда узнал о событиях на Лимате и Линте и об отступлении Елачича, то сам ретировался. Между тем в этот день, 17 числа, сотня казаков Суворова доходила до Кленталя, для открытия с ним сообщения. Так Линкен окончательно выдал французам Суворова, что называется головой, и никем не преследуемый отошел до Иланца.
Суворов остался против французов на всем театре войны один со своей маленькой армией, истощенной, истомленной вконец, без продовольствия, без артиллерии и, главное, без всякой надежды на чью-либо помощь.
Массена, не теряя времени, поехал по Люцернскому озеру в Альторф и узнав, что Суворов ушел, немедленно произвел рекогносцировку к Шахенталю. Вдоль тропинки, по склонам гор, валялись трупы людей, лошадей и мулов; было подобрано несколько человек еще живых, но искалеченных, или при смерти от усталости и голода. Узнав, что Суворов должен быть уже в Муттентале, Массена вернулся в Швиц и приказал сосредоточить туда части своих войск, а другим подкрепить Молитора, дабы таким образом запереть русским эти два выхода из западни, в которую они попали. Массена был убежден, что русским войскам нет спасения и они принуждены будут сдаться. Выезжая из Цюриха в Альторф, он обещал пленным русским офицерам увеличить через несколько дней их общество фельдмаршалом и великим князем. Положение Суворова в Муттентале было отчаянное. Теплой одежды не было, да и летняя имела вид рубища, а обувь и того хуже; в сухарных мешках людей не оставалось почти ничего; вьюки с провиантом тянулись сзади, и Бог знает сколько погибло в пропастях; артиллерии, кроме горной, не было; заряды и патроны на исходе; кавалерийские лошади обезножены и истощены бескормицей. Судьба войск, военная честь России и собственная репутация Суворова, все зависело от того, какое решение будет им принято и исполнено. Он приказал собраться военному совету, пригласив великого князя и 10 генералов; австрийского генерала Ауфенберга не позвали.
Суворов встретил их поклоном, закрыл глаза, как бы собираясь с мыслями, и потом с огнем во взоре, с одушевленным лицом стал говорить сильно, энергично, даже торжественно. Он будто преобразился; никто никогда не видал его в таком настроении. Объяснив вкратце, что произошло на Лимате, на Линте и с остальными австрийскими отрядами, Суворов, не сдерживая своего негодования, припомнил все затруднения в ходе Итальянской кампании, какие постоянно имел от Тугута и гофкригсрата; говорил, что русские удалены из Италии, чтобы не мешать австрийским захватам, что преждевременный выход из Швейцарии эрц-герцога Карла был верхом вероломства, что задержка русских в Таверне несёт явные признаки измены, что благодаря этому предательству Корсаков разбит, а он, Суворов, опоздал придти и не успел предупредить скопления неприятельских войск на Лимате и Линте. Сказав это, Суворов остановился, как бы давая время генералам вникнуть в его речь, и продолжал. Он объяснил, что сухарей у людей очень мало, зарядов и патронов и того меньше; на Швиц идти невозможно, отступать же стыдно; что со времени дела на Пруте при Петре Великом русские войска никогда не находились в таком отчаянном положении. "Помощи ждать не откуда, надежда только на Бога да на величайшее самоотвержение войск, вами предводимых; только в этом и спасение", продолжал говорить Суворов своим подчиненным с возрастающим волнением, горестью и негодованием: "Спасите честь России и её Государя, спасите его сына!" С этими словами он, в слезах, бросился к ногам великого князя.