В первых числах октября вся страна, за исключением Граубиндена, находилась снова в руках французов. После этого русские и австрийцы оставались союзниками только по названию, и совместные действия была невозможны.
Суворов стал однако обдумывать новый план вторжения в Швейцарию и сообщил об этом эрц-герцогу Карлу. Корпусам Дерфельдена, Розенберга и Петраша наступать из Фельдкирха через С.-Галлен к Винтертуру; Римскому-Корсакову, принцу Конде и части австрийских войск вступить в Швейцарию с севера; затем, по соединении всех сил на р. Туре, наступать к Цюриху и отбросить неприятеля за Лимат. План отличался практичностью, ибо войска Массены были в то время очень разбросаны, но эрц-герцог его не одобрил и предложил изменения.
В Фельдкирхе Суворов увидел, до какой степени расстроены его войска, получил известие о громадных потерях Корсакова под Цюрихом, и изменил свои мысли. Он двинулся 4 октября берегом Боденского озера на соединение с Корсаковым, чтобы расположиться на винтер-квартирах.
Он получил ответ эрц-герцога и отвечал, что соглашается на его план, но на другой день написал, что устраивает свои войска и считает необходимым отложить военные операции. Отправляя письмо, Суворов уже решил отказаться от военных действий, и 7 октября собрал военный совет. На совете Суворов объявил, что мало надежды на успех наступления, и на содействие Карла нельзя положиться. Военный совет решил единогласно, что от австрийцев ничего кроме предательства ожидать нельзя, а потому от наступательных действий надлежит отказаться, сосредоточив заботы на устройстве войск. Суворов принял это к исполнению и донес обоим императорам, прося утверждения. В переписке проскальзывает еще один мотив, о котором он не упоминает официально: необходимо было подчинить ему армию Карла. Он пишет Ростопчину, что только так будет устранено вмешательство Тугута.
Подошли войска Корсакова и принца Конде, составилась одна русская армия силою в 35,000 человек. Явились к нему Корсаков и Конде, но прием им был разный. Будучи горячим монархистом и христианином, Суворов, питал сочувствие к несчастию французской королевской фамилии и личное уважение к принцу Конде. Последний в свою очередь "считал за счастие" служить под началом непобедимого генералиссимуса, давно об этом мечтал и писал ему об этом. Прием принцу Конде был оказан полный уважения и почтения. Не так поступил он с Римским-Корсаковым. Надев полную форму и все ордена, Суворов вышел в приемный зал, где уже находились лица главной квартиры, и стал ходить по комнате с заметным волнением, то закрывая глаза, то охорашиваясь и приговаривая: "Александр Михайлович человек придворный, учтивый, делал французам на караул, надо принять его с почетом". Наконец приехал Корсаков, со смущением вошел в приемную и направился к Суворову со строевым рапортом в руке. Суворов отступил на шаг, выпрямился и, глядя Корсакову прямо в глаза, сказал: "Адда, Треббия, Нови - родные сестры, а Цюрих?" При этом он закинул голову назад и сделал презрительную гримасу. Корсаков молча протянул к нему рапорт, но Суворов не довольствуясь сказанным, схватил эспонтон, стал делать им приемы и язвительно спрашивал: "Как вы делали Массене на караул, - так, или эдак?" Он поманил за собою Корсакова в кабинет и запер дверь. Разговор между ними остался неизвестен, но Корсаков вышел расстроенный и быстро уехал.
Эрц-герцог Карл, получив известие от Суворова, пожелал разъяснить дело при личном свидании. Суворов отказался, прося сообщить письменно. Он избегал арены, на которой был слаб. Еще в первую Польскую войну просил он Бибикова избавить его от переговоров с австрийцами, объясняя, что "черт ли с ними сговорит"; впоследствии тоже уклонялся, как мог, от словопрений. "Юный эрц-герцог Карл хочет меня оволшебить своим демосфенством", писал он Толстому; "Вы с ним на три шага, решите с ним и меня разве уведомьте, у меня же ответ готов".
8 октября Суворов получил высочайшие повеления (от 7 - 18 сентября), с выражением сильного неудовольствия на Венский двор и с изложением мер даже на случай разрыва и возвращения войск в Россию. Теперь следовало откинуть всякую мысль о продолжении кампании и заботиться только о сохранении и устройстве войск.
Эрц-герцог продолжал переписку, и недовольство его росло. Он говорил Суворову, что сменил войска Корсакова и Конде своими для того, чтобы дать русским возможность перейти в наступление; что им следует по меньшей мере прикрыть Форарльберг; что он, эрц-герцог, будет протестовать против оставления русскими театра войны и ответственность за последствия возлагает на Суворова; что он, наконец, требует отменить принятое решение. Суворов, раздраженный предложением стеречь австрийскую границу, указал эрц-герцогу, что его преждевременное выступление из Швейцарии было виной злоключений русских войск, и бедственное состояние этих войск может быть исправлено только отдыхом, хорошим довольствием и полным снабжением, а потому они удаляются на зимние квартиры в Баварию. Эрц-герцог отвергал обвинение, что он был причиной неудачи кампании, укорял Суворова, что переход русской армии на квартиры в Баварию решен без его ведома, просил замедлить хоть на 5 дней выступление, пока австрийские войска успеют провести необходимые передвижения. На последнее Суворов согласился.