Суворов почувствовал себя серьезно нездоровым по выезде из Праги, а в Кракове должен был остаться для лечения. Особенно мучил его кашель, совершенно разбивавший грудь при малейшем ветре. Однако Суворов не поддавался болезни, пробыл в Кракове недолго и пустился в путь, соблюдая строгую диету. С трудом дотащился он до Кобрина и здесь слег. Хотя он и написал в Петербург, что остановился только на 4 дня, но остановка потребовалась в 10 раз длиннее. В средине февраля он пишет одному из племянников, что у него "огневица", что 11 дней он ровно ничего не ел и крупинка хлеба противнее ему ревеня; "Все тело мое в гноище, всякий час слабею, и ежели дня через два тоже будет, я ожидать буду посещения парков". Сыпь и пузыри, показавшиеся сначала на верхней части тела, стали распространяться книзу, бросились на ноги, преимущественно в сгибы; ноги стали пухнуть. Больной, отличавшийся всегда особою чистоплотностью, писал с отвращением о своём состоянии, что сознает близкий конец. "Мне к вам не писать", читаем мы в его письме к Ростопчину: "разве только - простите навеки...".
Болезнь, которую Суворов называл фликтеною, развивалась с каждым днем. Суворов не любил лечиться "латинскою кухней"; когда домашние средства и диета оказались недостаточны, он вспомнил про подаренную ему Императрицей Екатериной "аптечку" и написал Хвостову, чтобы ее разыскали и прислали. Надежда на "аптечку" была не велика: он тут же говорит, что желает иметь при себе подарок покойной Императрицы "для памяти". Суворов пригласил врачей; один приехал из Бреста, другой из Тересполя, третий был из ближних помещиков, потом прибыли два военных врача. Суворов держался больше одного, Кернисона, местного землевладельца, который был при нем безотлучно, днем и ночью, окружая тщательным уходом. "Дружба его меня радикально избавила от смерти", писал он Ростопчину и просил наградить Кернисона чином титулярного советника. Хотя Кернисон на службе не состоял, Государь исполнил просьбу.
В Праге и вскоре по выезде оттуда Суворов расстался почти со всеми своими родными и приближенными, которые разъехались, преимущественно в Петербург, по требованиям службы, и при нем остались двое или трое, в том числе Багратион. Когда болезнь усилилась, Багратион поехал с донесением к Государю, и в Кобрин прискакали посланные Государем сын Суворова и лейб-медик Вейкарт. Новый врач принялся за лечение, но больной его не слушался, спорил и советовался с фельдшером Наумом. "Мне надобна деревенская изба, молитва, баня, кашица да квас, ведь я солдат". Вейкарт возражал, что он генералиссимус. "Правда, но солдат с меня пример берет". Однако, было ли то естественным фазисом болезни, или Вейкарту удалось в некоторой степени переубедить больного, состояние Суворова стало несколько улучшаться. Князь Аркадий сначала доносил Государю о своем отце в выражениях неопределенных, говоря между прочим, что Вейкарт рассчитывает скорее на улучшение, чем на ухудшение; но потом стал писать, что болезнь проходит, велика только слабость, которая однако не мешает вскоре после 15 марта тронуться в путь.
Император был огорчен вестью о его болезни. Ростопчин писал, что все с нетерпением его ждут "с остальными героями, от злодеев, холода, голода, трудов и Тугута", что он жаждет поцеловать его руку. Писали в Кобрин, что генералиссимусу готовится торжественный прием, вернее сказать триумф. Для него отведены комнаты в Зимнем дворце. В Гатчине его должен встретить флигель-адъютант с письмом Государя. Придворные кареты приказано выслать до самой Нарвы. Войска предполагалось выстроить шпалерами по обеим сторонам улиц Петербурга и далеко за заставу. Они должны встречать генералиссимуса барабанным боем и криками ура, при пушечной пальбе и колокольном звоне, а вечером приказано зажечь во всей столице иллюминацию. Не мудрено, что подобные вести крепили его дух. Требовательный и тяжелый в тесном кружке домашних и близких людей, он сделался от болезни совершенно невыносим, но добрые вести из Петербурга подействовали успокоительно. Он повеселел, заводил разговор о милостях Государя, о торжестве, и пояснял, что это вылечит его лучше, чем Вейкарт. В переписке с Хвостовым он вошел в мельчайшие подробности своего въезда в Петербург и последующей жизни и службы.