Он понимал, что не годен для военной службы мирного времени, при известных взглядах Императора. Два года перед кампанией 1799 служили тому доказательством. Суворов хотел жить в деревне, но не в кобринском имении, которое задумал променять, а в Кончанске или по соседству. Он рассчитывал задать там праздник, построить каменный дом с церковью, вместо существующих деревянных, и обзавестись летним купаньем.
По временам, когда болезнь отступала, Суворов возвращался к мечтам о кампании будущего года, диктовал заметки о последней кампании. Но больше времени и свои последние силы он посвящал Богу, так как был великий пост, который он проводил со всей строгостью, предписываемой церковными уставами. Вейкарту это не нравилось, особенно употребление постной пищи, но протестовал он без успеха. Суворов ревностно посещал божественную службу, пел на клиросе, читал апостол, бил бесчисленные земные поклоны и Вейкарта заставлял бывать на молитве. В кобринском доме царили уныние, тоска, скука. Не было веселых обедов, как за границей. Приезжали разные лица по надобностям и приглашались к столу, но Суворов не показывался или появлялся ненадолго, чтобы приветствовать гостей. Фукс даже просил генерал-прокурора вызвать его "из здешнего печального места". Наконец Вейкарт разрешил ехать, да и то как можно тише. В Петербурге обрадовались известию, приняв его за выздоровления Суворова. Отправился в столицу не Суворов, а его призрак или тень: ехал он в дормезе, лежа на перине, сообщив по пути вперед, чтобы не было никаких торжественных встреч и проводов.
По дошедшим до нас сведениям можно заключить, что выздоровление его было больше чем сомнительно. В пути его постиг новый, тяжкий удар, которого он уже не мог вынести: внезапная немилость Государя. 20 марта, при пароле, отдано было в Петербурге высочайшее повеление: "Вопреки высочайше изданного устава, генералиссимус князь Суворов имел при корпусе своем, по старому обычаю, непременного дежурного генерала, что и дается на замечание всей армии". В тот же день последовал Суворову высочайший рескрипт:
"Господин генералиссимус, князь Италийский, граф Суворов Рымникский. Дошло до сведения моего, что во время командования вами войсками моими за границею, имели вы при себе генерала, коего называли дежурным, вопреки всех моих установлений и высочайшего устава; то и удивляясь оному, повелеваю вам уведомить меня, что вас понудило сие сделать". Неизвестно, последовал ли ответ Суворова; известно только, что немилость Государя объявили ему не сразу, и он продолжал путь под гнетом мало понятной опалы.
Первые дни он хотя с трудом, но выносил дорогу. Потом это стало ему не по силам, и он остановился в деревне недалеко от Вильны. Лежа на лавке, в крестьянской избе, он стонал в голос, перемежая стоны молитвами и жалея, что не умер в Италии. Однако припадки болезни мало-помалу стихли, больного повезли дальше. В Риге, где ему еще полегчало, он остановился на отдых, тем паче, что наступал праздник св. Пасхи. Суворов надел через силу мундир, был в церкви и разгавливался у генерал-губернатора. Но такое насилие над собой не прошло даром: дальнейший путь он продолжал еще медленнее, и на переезд до Петербурга потребовались две недели. В Стрельне встретили его многие из Петербурга, окружили дормез, подносили ему фрукты и цветы, дамы поднимали детей под его благословение; тронутый Суворов благодарил дам, благословлял детей. Следовало торопиться, чтобы прибыть в Петербург в тот же день, и Суворов поехал дальше.
Все приготовления к торжественной встрече были отменены. Он въехал в столицу 20 апреля в 10 вечера как бы тайком, медленно проехал по улицам до пустынной Коломны, остановился в доме Хвостова, на Крюковом канале, и тотчас слег в постель. Явился от Государя генерал, но не будучи до Суворова допущен, оставил записку, что ему приказано не являться к Государю.
Ростопчин в мае 1800 говорит, что за разрыв союза с Венским двором назначены четыре жертвы: Суворов, Воронцов, Англия и он, Ростопчин; что первые три уже принесены, а последний ожидает своего жребия (он впал в немилость через 9 месяцев, за две недели до кончины Государя). Некоторые главную причину опалы находят в отступлениях Суворова от устава и правил. Наконец, многие указывают на интриги недоброжелателей.