По получении вести, он с небольшим отрядом двинулся из Пинчова к Кракову, куда прибыл 24 января, соединившись с Браницким с 5 польскими коронными кавалерийскими полками. Они произвели рекогносцировку и разделили между собой дело. Браницкий принял на себя наблюдение и оборону от конфедератских шаек той стороны Вислы, а Суворов осаду замка.
Краковский замок расположен на высоте над городом; у подошвы холма протекает Висла. В замке находился кафедральный собор, полуразрушенный королевский дворец и несколько десятков домов. Замок обнесен крепкою стеною в 30 футов вышины и 7 футов толщины и окружен рвом; внешних укреплений он не имел. Выгодное его положение не давало надежды на успех штурма без предварительного сильного обстрела и пробития бреши, а у Суворова не было ни одного осадного орудия. Но по его приказанию, с чрезвычайными усилиями втащили несколько полевых пушек в верхние этажи наиболее высоких домов и оттуда открыли по замку огонь, а королевско-польский военный инженер повел две минные галереи. Город был разделен на 4 части и в каждую назначен особый комендант; на них возложено наблюдение за обывателями и ответственность за их верность. Еврейский квартал города поставлен на военную ногу; обыватели-евреи получили вооружение и содержали городские караулы.
Французы захватили краковский замок с порядочными, но неполными запасами; одних предметов было много, других мало, а в итоге они были снабжены худо. Попало в их руки много пороху, свинцу, хлеба в зерне; не доставало мяса, ядер; совсем не было огнивных кремней, врачебных пособий. Это скоро сказалось, так как гарнизон состоял без малого из 1000 человек.
Что касается до сил Суворова под Краковом, то они не могли быть велики. В начале года состояло под его командой 3246 человек, распределенных в пяти главных пунктах. Под Краковом едва ли можно было собрать больше половины, в том числе пехоты около 800 человек.
Через несколько дней по прибытии Суворова, Шуази выслал парламентера. Он просил взять из замка сотню пленных мастеровых, дозволить выйти в город 80 духовным лицам и снабдить его лекарствами. Во всем было отказано, так как в замке уже чувствовался недостаток продовольствия, а лечение раненых офицеров Суворов брал на себя, если они дадут слово не действовать по выздоровлении против России и Польского короля. Несмотря на категоричность отказа, духовенство пыталось дважды выйти из замка; первый раз его встретили безвредными выстрелами, во второй раз несколько человек было ранено.
Осажденные, видя критическое свое положение, несколько раз делали жестокие вылазки, которые приносили им больше вреда, так как прибавлялось раненых. При одной из таких вылазок командир Суздальской роты, расположенной вблизи замка, капитан Лихарев, оробел и бросил свой пост, а рота, оставшись без командира, в беспорядке побежала, горячо преследуемая. Это были около полудня; Суворов отдыхал. Разбуженный перестрелкой и криками, он вскочил и поскакал на выстрелы. Встретив бегущих, он остановил их и скомандовал атаку в штыки. Вылазка ретировалась, но Суздальская рота потеряла до 30 человек. Суворов арестовал Лихарева и продержал его под арестом около 4 месяцев. Этим взыскание и ограничилось. В приказе он говорит, что за такой проступок следовало бы отдать капитана под суд, "но так как у него иного дурного умысла не было, он находится давно под арестом, молод и в делах редко бывал, то выпустить". Суворов вообще был снисходителен в взысканиях за трусость с необстрелянных.
За неимением осадной артиллерии, пробитие бреши подвигалось плохо. Видя, что может быть придется штурмовать замок без бреши, Суворов решил утомить конфедератов ложными тревогами. С этой целью с 1 февраля он произвел несколько ложных ночных тревог и наконец 18 числа решился штурмовать.
При сильном артиллерийском и ружейном огне, три колонны двинулись в 2 часа ночи на штурм. Добравшись до главных ворот и прорубив их топорами (петарды не производили должного действия), штурмующие завязали через прорубленное отверстие перестрелку с осажденными, так как у начальника колонны не хватило решимости провести удар.
В другой колонне, добравшейся до калитки, не оказалось налицо начальника. Люди третьей колонны, приставив к стене лестницы, полезли с неустрашимостью в амбразуры, где стояли пушки, но встретили в своих противниках такую же храбрость. Четыре часа продолжались бесплодные усилия; в 6 часов утра русские отступили, потеряв до 150 человек.