В письме к Бибикову о неудачном штурме, Суворов говорит, что этот исход зависел от неискусства нашего в инженерном осадном деле, а свою попытку штурмовать без надлежащей предварительной подготовки объясняет тем, что если предпринимать одни осады, то конца не будет; пока отберем одну крепостцу, укрепятся в другой, а в год трех крепостей не отобрать. Объяснение это было отговоркой; Суворов убедился, что первоначальный план лучше и с этой поры ограничился блокадой замка, где уже ели конину и ворон. По временам он отправлял партии в окрестности, полные конфедератами, которые задались целью заставить русских снять блокаду. Этим обстоятельством отчасти извиняется попытка к штурму; сам Суворов находился некоторым образом в осаде и иногда лично должен был выступать против наиболее дерзких банд. Раз он отправился против Косаковского. В разгаре завязавшегося дела на него наскочил конфедератский офицер, выстрелил из двух пистолетов, но мимо, и бросился с саблей. Суворов отпарировал удар, но противник продолжал настойчиво нападать, пока не подоспело карабинер и положил конфедерата выстрелом в голову.
В начале апреля прибыли орудия большого калибра и была возведена скрытно от неприятеля брешь-батарея. Она обрушила часть стены у ворот, пробила брешь и произвела в замке несколько пожаров; польский инженер окончил тем временем минные галереи. В замке сильно голодали, число больных постоянно возрастало, дезертирство развилось до громадных размеров и в довершение всего составился между солдатами заговор - сдать замок русским. Шуази расстрелял виновных, но этим избежал только острой опасности, а положение дела оставалось по прежнему в высшей степени критическим. Шуази донес об этом Виоменилю и письмо послал с надежным унтер-офицером. Посланный на переправе через Вислу был захвачен русскими. Письмо расшифровали и прочли, Суворов убедился в безнадежном положении гарнизона.
Завладеть замком значило нанести смертельный удар конфедерации, а потому Суворов, сознавая, что храброму гарнизону трудно было сделать первый шаг к сдаче геройски защищаемой крепости, взял почин на себя. Он послал капитана Веймарна в замок с объявлением, что все готово к штурму и если гарнизон не сдастся теперь, то будет весь истреблен. Апреля 8, ночью явился из замка один из офицеров, Галибер, и с завязанными глазами был приведен к Суворову. Суворов принял его ласково, посадил около себя и продиктовал главные статьи капитуляции. Предложенные условия были выгодны, потому что Суворов желал скорой сдачи, но это дало Шуази надежду на еще большую снисходительность русских. На следующий день утром, Галибер явился снова, был угощен завтраком, но когда перешла речь на капитуляцию, стал заявлять возражения. Суворов решил положить конец пустым надеждам и объявил Галиберу новые условия, строже прежних, прибавив, что в следующий раз получит условия еще более суровые. Сроком для получения ответа Суворов назначил следующий день.
Галибер прибыл в русский отряд раньше срока с полным согласием. Сдача происходит через три для; люди гарнизона сохраняют свое частное достояние; все же остальное имущество, имеющееся в замке, сдают. Французы сдаются не военнопленными, а просто пленными, так как войны между Россией и Францией нет, и размен невозможен. Французы Виомениля будут перевезены в Львов, французы Дюмурье - в Бялу, в Литву, конфедераты - в Смоленск. Лица невоенные отправляются куда хотят; больные получают надлежащую помощь.
Накануне дня сдачи русские провели ночь под ружьем. Рано утром 15 апреля гарнизон стал выступать из замка по 100 человек. Шуази подал свою шпагу Суворову; за ним и все остальные французские офицеры, в числе восьми. Суворов шпаг не принял, обнял Шуази и поцеловал его. Затем офицеры были угощены завтраком, а Браницкий пригласил их к обеду. Всего взято до 700 пленных. Начальнику эскорта полковнику Шевелеву Суворов дал предписание "содержать их весьма ласково".
Императрица Екатерина наградила Суворова за взятие Кракова 1000 червонных, а на подчиненных его, участников в этом деле, пожаловала 10,000 рублей.
Не выходя из Кракова, Суворов захватил небольшой укрепленный городок Затор, принял капитуляции от нескольких конфедератских начальников, оставлявших конфедерации, предпринял осаду Тынца и Ланцкороны. В это время вступили в краковское воеводство австрийские войска.