Состояние дел в Крыму обострилось. Шагин-гирей оказался почти таким же, как Сагиб-гирей. Пользуясь присутствием русских войск, он поступал круто и неблагоразумно, отличался надменностью со своими приближенными и делал все, чтобы раздражать подданных и взволновать край. Не подозревая, он играл в пользу затаенных планов русского правительства, облегчая переход крымских татар в русское подданство. В начале октября вспыхнул бунт, и так как Прозоровский упустил время, мятеж стал разрастаться. Произошло кровопролитное сражение между взбунтовавшимися татарами и русскими войсками; мы потеряли до 450 человек убитыми и ранеными, татары до 2000. Но эта победа не прекратила ни мятежа, ни военных действий.
Румянцев в переписке с Прозоровским заметил, что князь нигде не упоминает Суворова и потребовал объяснения. Прозоровский донес, что Суворов по болезни не возвратился и где находится ныне, неизвестно. Румянцев изъявил Прозоровскому неудовольствие, запретил отпуски из заграничных войск, а Суворову предписал немедленно явиться на службу.
21 ноября Суворов послал Румянцеву рапорт и письмо. В рапорте говорилось: "ордер вашего сиятельства от 14 ноября, мною получен"; ничего больше. Письмо объясняло, что болезнь препятствует ему исполнить приказание немедленно, но через некоторое время, когда будет в состоянии, отправится к месту, только не на почтовых. Суворову видимо не хотелось ехать в Крым под начало Прозоровского; 20 ноября он снова писал Потемкину, ввернув фразу: "благополучие мое зависит от одной власти высокой особы вашей светлости; не оставьте покровительствовать". Потемкин исполнил на этот раз его просьбу, и Румянцев получил приказание о назначении Суворова для командования кубанским корпусом. Поблагодарив Потемкина за покровительство и пообещав ему "полную точность в исполнении повелений, невозвратную преданность и правость души", Суворов вследствие болезни прибыл на Кубань лишь в половине января.
Приехав в копыльское укрепление, главный пост на Кубани, Суворов прежде всего озаботился независимостью своего положения, потому что кубанский район считался в ведении командующего войсками в Крыму. Суворов пишет Румянцеву 18 января, что ему необходимо "независимое от стороннего распоряжения, ибо излишняя переписка подвергает иногда нужные предприятия медленности". Затем он отправился осматривать линию постов от моря до Кубани и до Копыла, изучая вместе с тем страну. Результатом объезда было топографическое описание края и любопытные этнографические сведения, с цифрами и данными, в которых не забыты даже Некрасовцы, хотя их было не более 800 человек, способных к войне. Он обратил внимание на здоровье войск и состояние госпиталей. Смертность была большая. Для её уменьшения Суворов прибег к широкому расположению скученных дотоле войск и к эвакуации госпиталей. Чтобы избавить конницу от постоянных изнурительных разъездов по Кубани, он приказал выжечь приречные камыши, чтобы горцы не могли скрытно подкрадываться; летучие кавалерийские отряды расположил по укреплениям и учредил между укреплениями наблюдательные посты.
С конца января Суворов приступил к постройке новых укреплений, несмотря на стужу и набеги хищников, решив сократить протяжение кордона и соединить его с моздокской линией. Везде он был сам, всюду указывал и наблюдал. В апреле он проехал в Азов и дорогой назначил места для редутов на линиях сообщения, приказав тотчас же начать работу. Система укрепленных пунктов должна быть окончена в мае; не дожидаясь срока, он потребовал артиллерию для вооружения шанцев и несколько полков на подмогу. Подкрепление было нужно в виду цели, которую приходилось ему преследовать: преградить набеги хищников из-за Кубани, водворить спокойствие и оседлость между ногайскими татарами и быть в состоянии отражать турецкие десанты. Под началом Суворова было 12000 человек, в основном кавалерии; просил он еще 2-3 полка пехоты и один конницы, что в итоге было все-таки мало; но у него цифра никогда не играла главной роли. Он с замечательным искусством проектировал распределение войск по линии, не впав в обыкновенную при подобных условиях ошибку - излишнее раздробление сил. В крепости он назначил по две роты пехоты, в фельдшанцы по одной и меньше, до двух капральств; остальное - в резерв, крупными частями в важнейших местах. Войска упражнялись в строевых ученьях и маневрах, применительно к условиям и характеру местной войны. В донесении Румянцеву он прямо говорит, что количественный недостаток будет пополнен качественным достоинством: "не оставлю неизнурительного выэкзерцирования при наступлении лучшей погоды, дабы способностию сею увеличить число их". Он внушал своим подчиненным необходимость постоянной бдительности на линии.