Вслед затем, 8 октября, Суворов получил высочайшие повеления (данные между 7 и 18 сентября), с выражением сильного неудовольствия на Венский двор и с изложением мер даже на случай разрыва и возвращения войск в Россию (о них упоминалось раньше). Теперь следовало уже откинуть всякую мысль о продолжении кампании и заботиться только о сохранении и устройстве войск. Между тем эрц-герцог продолжал переписку, и неудовольствие его росло. Он говорил Суворову, что сменил войска Корсакова и Конде своими только для того, чтобы дать Русским возможность перейти в наступление; что им следует по меньшей мере прикрыть Форарльберг; что он, эрц-герцог, будет протестовать против оставления Русскими театра войны и ответственность за последствия возлагает на Суворова; что он, наконец, "требует" отменить принятое решение, и т. под. Суворов, раздраженный предложением - стеречь австрийскую границу, указал эрц-герцогу, что его преждевременное выступление из Швейцарии было виною всех злоключений русских войск, что бедственное состояние этих войск может быть исправлено только отдыхом, хорошим довольствием и полным снабжением, а потому они удаляются на зимние квартиры в Баварию. Эрц-герцог опровергал обвинение, будто он был причиной неудачи кампании; укорял Суворова в том, что распределение русской армии по квартирам в Баварии сделано без соглашения с ним, эрц-герцогом; наконец просил замедлить хоть на 5 дней выступлением, пока австрийские войска успеют произвести необходимые передвижения. На последнее Суворов согласился.
В переписке этой, принявшей под конец характер почти личный, обе стороны были не правы, но Суворов пошел дальше эрц-герцога Карла и дозволил себе выражения и выходки, которых можно было избежать. В одном письме он писал: "такой старый солдат, как я, может быть проведен раз, но было бы с его стороны слишком глупо поддаться вторично". В другом письме, написанном накануне выступления из Линдау, говорилось: "наследственные владения должны быть защищаемы завоеваниями бескорыстными: для этого нужно привлечь народную любовь справедливостью, а не покидать Нидерландов, не жертвовать двумя прекрасными армиями и Италией. Вам говорит это старый солдат, который почти 60 лет несет лямку; который водил к победам войска Иосифа и Франца; который утвердил в Галиции владычество знаменитого дома Австрийского; который не любит болтовни Демосфеновой, ни академиков, только путающих здравый смысл, ни сената Анибалова. Я не знаю зависти, демонстраций, контр-маршей; вместо этих ребячеств - глазомер, быстрота, натиск, - вот мои руководители". Наконец, в ответ на последнее письмо эрц-герцога, где движение русской армии с театра войны названо было "отступлением", Суворов с негодованием писал, что он во всю свою жизнь не знал ни отступлений, ни обороны, а ведет теперь войска на отдых. К этому он прибавил язвительное и не совсем верное замечание, что в начале кампании "оборонительное положение в Тироле стоило свыше 10,000 человек, т.е. больше, чем завоевание Италии".
Такая ненормальность отношений двух главнокомандующих вытекала из хода предшествовавшей кампании и усиливалась новыми поводами. Петербургские и венские письма, полученные Суворовым в Фельдкирхе и Линдау, трактовали о происках и замыслах Тугута и подбавили горечи и раздражения к существовавшим неудовольствиям. К темам политическим и военным присоединился вопрос личного самолюбия: до Суворова дошли слухи (оказавшиеся потом вымыслом), будто Венский двор намерен лишить его фельдмаршальского звания. Весьма вероятно также, что раздражительное состояние Суворова увеличивалось необходимостью - отказаться от продолжения кампании, не загладив последних неудач. По крайней мере в письмах своих к эрц-герцогу, он не раз говорит о своих надеждах на продолжение войны против Франции и не считает минувшую кампанию последнею. В свою очередь и эрц-герцог Карл, хотя втайне сознававший вину своего правительства и свою собственную по отношению к Русским, имел причины к неудовольствию против последних, особенно против Суворова, так как они затрагивали национальное самолюбие Австрийцев. Мы уже говорили, что Русские не стеснялись выражением своего негодования к союзникам, называя их поведение изменою, предательством и проч.; все это конечно доходило до эрц-герцога и должно было его возмущать, а тем более случаи, особенно резкие, каковы следующие.