Созданные отделы коллегии провели огромную работу по практическому осуществлению декретов СНК по строительству и организации новой армии. Верховным органом руководства вооруженными силами с самого начала возникновения Советского государства являлся Совет Народных Комиссаров во главе с В. И. Лениным. Непосредственное управление войсками было сосредоточено в Народных комиссариатах по военным и морским делам. Кроме того, войсками руководили ж другие параллельно действующие органы: оперативная группа, в которую вошли военные специалисты старой армии и сотрудники упраздненного Революционного полевого штаба; до апреля 1918 года продолжали функционировать Главное управление Генерального штаба, Главный штаб и некоторые управления прежнего военного ведомства, обслуживавшие демобилизующуюся старую армию и нарождающуюся Красную Армию.
В первые дни после революции, при сломе старой военной машины демобилизации многомиллионной царской армии, когда необходимо было избежать стихийного развала фронтов, спасти большую часть вооружения и боевой техники, под руководством революционных коллегий стали стихийно создаваться первые штабы. Сыграв свою положительную роль, эти, по словам В. И. Ленина, "случайные, расплывчатые"{8} не объединенные профессиональным военным центром органы не могли справиться е новыми задачами, возникшими после Брестского мира.
3 марта 1918 года был подписан Брестский мирный договор с Германией. Получив кратковременную передышку, Советское государство сразу же приступило к социалистической перестройке экономики страны, продолжая одновременно формировать вооруженные силы на добровольных началах. Большое внимание уделялось созданию органов военного управления сверху донизу, органов формирования, снабжения, обучения армии и флота, а также разработке единых штатов, законоположений, уставов и наставлений.
Учитывая трудности, возникшие в ходе минувших событий из-за отсутствия единого военного центра, для организации обороны страны постановлением Совета Народных Комиссаров от 4 марта 1918 года учреждается Высший военный совет в составе военного руководителя М. Д. Бонч-Бруевича и двух политических комиссаров{9}. В связи с этим должность Верховного Главнокомандующего упразднялась. Постановлением Совнаркома от 19 марта функции и права Высшего военного совета значительно расширялись. Он должен был определять военному и морскому ведомствам основные задачи по обороне государства и по организации вооруженных сил, объединять деятельность армии и флота в разрешении всех общих для военного и морского ведомств вопросов, наблюдать за выполнением этими ведомствами возложенных на них задач. Расширен был и состав Высшего военного совета, а несколько позднее при нем был создан небольшой штаб с весьма ограниченными задачами.
Но эти мероприятия были полумерой. Высший военный совет лишь номинально являлся единым органом военного управления и верховного командования. Параллельно с ним оперативное руководство войсками осуществляли Оперативный отдел Наркомвоена (Оперод), возглавляемый С. И. Араловым. Кроме того, у руководства Наркомвоена и Высшего военного совета не было единых взглядов на пути дальнейшего строительства вооруженных сил.
Обеспокоенные создавшимся положением, ЦК партии и Советское правительство были вынуждены принять срочные меры по реорганизации центрального аппарата военного управления. 8 мая 1918 года вместо Всероссийской коллегии по организации и формированию Красной Армии и ряда центральных управлений военного ведомства старой армии создается Всероссийский главный штаб (Всероглавштаб), подчиненный Высшему военному совету, а после ликвидации последнего - Революционному военному совету (Реввоенсовету) Республики.
Всероссийский главный штаб являлся высшим исполнительным военным органом. В его составе были управления: командного состава, мобилизационное, организационное, оперативное, военных сообщений, Главное управление военно-учебных заведений и другие. Штаб ведал вопросами мобилизации, формирования, устройства и обучения войск, разработкой штатов, уставов, инструкций и положений для войск. Работой его руководил совет, состоявший из начальника штаба Н. Н. Стогова и двух военных комиссаров - Н. И. Бессонова и А. И. Егорова. После бегства Стогова к белым начальником Всероссийского главного штаба стал А. А. Свечин, которого вскоре сменил Н. И. Раттэль.
Таким образом, организационные вопросы советского военного строительства были сосредоточены в одном органе. В оперативном руководстве армии по-прежнему не было единства: наличие штаба при Высшем военном совете и Оперативного отдела Наркомвоена приводило зачастую к параллелизму в управлении войсками, несогласованности в отданных распоряжениях и т. и. Это вызывало не только нарекания работников Наркомвоена, командиров и комиссаров действующих войск, но и поток писем с предложениями в ЦК партии и Совнарком.
Учитывая эти обстоятельства, а также резкое осложнение внутренней политической обстановки, рост численности создаваемой регулярной Красной Армии, Советское правительство во второй половине 1918 года провело реорганизацию органов военного управления, ликвидировало непригодные инстанции и образовало новые, а также разработало положения и инструкции, более четко определявшие их компетенцию.
10 июля 1918 года V Всероссийский съезд Советов принял постановление "О строительстве Красной Армии", в котором одобрил мероприятия ЦК РКП (б) и Советского правительства по созданию регулярной армии Это повелительно диктовалось тяжелым положением страны, необходимостью отразить нападение внешней и внутренней контрреволюции, разорвать кольцо фронтов вокруг Советской республики и отстоять ее свободу и независимость. В постановлении съезда говорилось, что период случайных формирований отрядов и кустарного строительства армии должен отойти в область истории; впредь все формирования должны производиться в полном соответствии с утвержденными штатами, согласно разверстке Всероссийского главного штаба, при строгом соблюдении классового принципа; особое внимание обращалось на установление централизованного управления Красной Армией и железной революционной дисциплины в войсках. Съезд законодательно закрепил введение в армии и на флоте института военных комиссаров, указал на необходимость строить Красную Армию на основе военной науки, обогащенной опытом мировой войны, используя знания и опыт старых военных специалистов. Одновременно ставилась задача широкой подготовки командного состава из среды рабочих и крестьян.
Таким образом, с лета 1918 года начинается новый этап в строительстве Советских Вооруженных Сил - период создания массовой регулярной армии.
2 сентября 1918 года постановлением Всероссийского Центрального Исполнительного Комитета страна объявляется военным лагерем, так как военно-политическая обстановка потребовала мобилизовать все силы Республики на нужды войны и провести максимальную централизацию управления. В связи с этим Высший военный совет и Коллегии по военным и морским делам упраздняются, а вместо них создается единый орган управления всеми вооруженными силами - Революционный военный совет Республики. Для руководства войсками действующей армии учреждается должность Главнокомандующего Вооруженными Силами Республики. Главкому предоставлялась самостоятельность в решении лишь оперативно-стратегических задач в пределах директив и указаний ЦК партии и СНК при условии полной подотчетности Реввоенсовету Республики. Кроме главкома все отдаваемые войскам приказы должны быть подписаны членом РВСР.
Вместо расформированного штаба Высшего военного совета и Оперативного отдела Наркомвоена создается единый оперативный орган - Штаб Реввоенсовета Республики, который 2 октября 1918 года преобразуется в Полевой штаб.
Таким образом, в период гражданской войны Реввоенсовет Республики руководил вооруженными силами с помощью Полевого штаба, существовавшего вплоть до 1921 года, и Всероссийского главного штаба. Первый занимался оперативной работой, то есть руководством боевыми операциями, второй устройством тыла, укомплектованием войск, их учебой и другими административными вопросами.
Полевой штаб возглавлял опытный генштабист Н. И. Раттэль; с 22 октября 1918 года - Ф. В. Костяев, а с 16 июня по 13 июля 1919 года - М. Д. Бонч-Бруевич. После него начальником Полевого штаба стал опытный оперативный работник П. П. Лебедев, который и руководил им до конца гражданской войны.