30 ноября 1918 года постановлением Всероссийского Центрального Исполнительного Комитета создается Совет рабочей и крестьянской обороны под председательством В. PL Ленина. Учреждением этого чрезвычайного органа, которому предоставлялась вся полнота прав по мобилизации сил и средств на оборону страны, завершилось создание аппарата государственной власти на период войны. К этому времени сложилась довольно устойчивая структура и органов высшего военного руководства Республики, что позволяло надежно руководить строительством вооруженных сил и организовывать борьбу на фронтах гражданской войны.
Структура центрального аппарата военного управления и верховного командования, принятая в 1918 году, просуществовала в своей основе вплоть до окончания гражданской войны, она постоянно подвергалась улучшению.
С осложнением обстановки, организации и задач Красной Армии некоторые звенья центрального военного аппарата в ходе гражданской войны подвергались изменениям и уточнениям. Вопрос, связанный с совершенствованием руководства Вооруженными Силами Республики, находился под постоянным контролем ЦК партии и Советского правительства, о чем свидетельствуют решения VIII съезда РКП (б), состоявшегося в марте 1919 года. В резолюции съезда по военному вопросу в разделе "Практические меры" указывалось:
"VIII съезд РКП поручает ЦК партии принять немедленно меры:
1. Для реорганизации Полевого штаба с установлением более тесной связи с фронтами и непосредственного ими руководства;
2. Для урегулирования работы Реввоенсовета Республики;
3. Для упорядочения работы Всероссийского главного штаба в связи с дефектами в его деятельности (формирование, издание уставов и пр.) и необходимостью усиления во Всероссийском главном штабе представительства партии..."{10}
На основании решений съезда и последовавших затем мартовского, июньского и июльского Пленумов ЦК РКП (б) был укреплен центральный военный аппарат, улучшена его организационная структура, повышена оперативность в руководстве войсками. Полевой штаб РВСР был переведен из Серпухова в Москву. В соответствии с решением июльского Пленума ЦК партии на должность главкома вместо И. И. Вацетиса Совет Народных Комиссаров назначил С. С. Каменева. 19 июня Регистрационное (разведывательное) управление, а 31 июля Центральное управление военных сообщений (ЦУПВОСО) реорганизуются и передаются из Полевого штаба РВСР в непосредственное подчинение Реввоенсовету Республики. При Полевом штабе РВСР в течение августа - октября 1919 года создаются: РВСР, Инспекция кавалерии и Управление связи Красной Армии. При Всероссийском главном штабе 3 августа учреждается Главное управление всеобщего военного обучения (Всевобуч){11}
В связи с приближением окончания гражданской войны Советское правительство, стремясь улучшить управление и приспособить его к решению новых задач, 3 августа 1919 года создало специальную комиссию для устранения параллелизма в работе Управления делами Реввоенсовета, Полевого штаба РВСР и Всероссийского главного штаба. На основе выводов комиссии в 1920 году в системе центрального военного аппарата были проведены организационные изменения. 15 марта Мобилизационное управление Всероглавштаба передается в Полевой штаб. Реорганизуется Оперативное управление Полевого штаба РВСР. В нем создаются отделы: 1-й - оперативно-разведывательно-учебный; 2-й - связи; 3-й - учебно-организационный; 4-й - информационно-исторический. С августа 1919 года начальником разведывательного отделения 1-го отдела был Б. М. Шапошников (с октября 1919 года - начальник Оперативного управления Полевого штаба РВСР).
17 марта при Полевом штабе учреждается Инспекция бронетанковых частей, 11 мая вводится второй помощник начальника штаба; во Всероссийском главном штабе создаются Управление по формированию частей красных коммунаров и восточный отдел. Организационным изменениям подверглись и другие органы военного управления.
Таким образом, в тяжелейших условиях гражданской войны партия и Советское правительство создали регулярную, новую по своей классовой сущности Красную Армию, нашли достаточно стройную систему военного руководства. Центральным органом армии стал объединивший все звенья управления Революционный военный совет Республики, деятельностью которого руководил Совет рабочей и крестьянской обороны, а позднее, с марта 1920 года, - Совет труда и обороны. Эта структура военного руководства с некоторыми изменениями просуществовала до весны 1921 года, когда была проведена коренная реорганизация центрального военного управления и создан Штаб РККА.
В связи с победоносным окончанием гражданской войны, укреплением международных позиций страны Коммунистическая партия и Советское правительство решили перевести Красную Армию и Флот на мирное положение, сократить расходы на их содержание, с тем чтобы эти средства обратить на восстановление народного хозяйства. Это касалось и разбухшего центрального аппарата, его управлений, штатная численность которых к середине 1921 года достигала 11 тыс. человек, не считая приданных им для обслуживания 9 тыс. красноармейцев и рабочих{12}. Прежде всего следовало провести поэтапно демобилизацию личного состава, определить систему дальнейшего строительства вооруженных сил и организацию военного аппарата на новых началах, реорганизовать структуру частей и соединений, перестроить обучение и воспитание войск, а также командных кадров в системе военно-учебных заведений, наметить пути технического усиления армии и флота. 29 января 1921 года Реввоенсовет Республики принял постановление о реорганизации и сокращении центрального военного аппарата, а 14 февраля отдал приказ о слиянии Полевого штаба РВСР и Всероссийского главного штаба в единый орган Штаб Рабоче-Крестьянской Красной Армии. Штаб РККА помимо оперативного планирования должен был также заниматься боевой подготовкой и внутренней службой войск, вопросами организации, мобилизации и формирования войсковых частей.
Таким образом, Штаб РККА стал единым центром военного управления, объединившим в себе как оперативные, так и административные функции. Штаб сначала возглавил П. П. Лебедев. Ему подчинялись три помощника, начальник ВОСО, начальник связи РККА и начальник бронесил. Первому помощнику были подчинены: Оперативное управление, Управление по обучению и подготовке войск, Управление по внутренней службе и отдел связи штаба; второму Организационное и Мобилизационное управление; третьему - Управление корпуса военных топографов, Управление по комсоставу, Административно-хозяйственное управление, отдел по потерям и склад учебных пособий. Управление по Всевобучу было выделено в самостоятельное управление с подчинением РВСР. Инспекции по родам служб подчинялись непосредственно главкому.
В течение 1921 года штаты Оперативного управления пересматривались трижды. В апреле были упразднены Регистрационное управление РВСР и разведывательная часть Оперативного управления, на базе которых было развернуто Разведывательное управление штаба РККА; создан отдел Штаба РККА по управлению военными оркестрами; образовано Центральное управление начальника бронесил РККА.
Состоявшийся в марте 1921 года X съезд РКП (б) в развернутом решении по военному вопросу определил основные направления строительства армии и флота при переходе к мирному времени с учетом международной и внутренней обстановки. Съезд отметил, что основой вооруженных сил Советского государства на ближайший период должна являться регулярная Красная Армия, по возможности сокращенная. В ней должно быть сохранено основное ее ядро, которое, как говорил В. И. Ленин на VIII Всероссийском съезде Советов, "не будет возлагать непомерной тяжести на республику в смысле содержания, и в то же время при уменьшенном количестве армии мы лучше, чем прежде, обеспечим возможность в случае нужды снова поставить на ноги и мобилизовать еще большую военную силу"{13}. Вместе с тем съезд признал возможным в крупных промышленных районах с пролетарским составом населения осуществить частичный переход к милиционным формированиям.