Его первая жена развелась с ним после того, как обнаружила любовные письма итальянской кинозвезды Джины Лоллобриджиды. От первого брака у него были сын и дочь. Через год он женился на 19-летней дочери южноафриканского миллионера Барбаре Золнер, которая родила ему двух сыновей. Брак длился 12 лет и был расторгнут в 1982 г., так как Барбара высказывала недовольство по поводу того, что ее муж подолгу не бывает дома, и чувствовала усталость от беспорядочной жизни, которую они вели. Барнард отчаянно пытался спасти семью, даже опубликовал в крупнейшей южноафриканской газете открытое письмо к жене, полное признаний и раскаяния.
В 66 лет профессор женился в третий раз. Ей было 24 года. В газете появилась фотография, где его невеста — фотомодель Карин Зетцкорн — в шестилетнем возрасте сидит у него на коленях. Теперь у Барнарда было шестеро детей, причем разница между старшей и младшей дочерьми составляла 44 года. И опять развод состоялся по инициативе жены: Карин не желала быть лишь супругой великого хирурга и мечтала о собственной карьере. К тому же ей не нравился их «уединенный отдых» на ферме-заповеднике в Киру, в 680 км от Кейптауна, среди диких животных, которых Барнард спасал от истребления.
«Я вообще люблю всех женщин… Поверьте, я не горжусь числом своих жен. Каждый развод — это трагедия. Расставание с человеком может вызвать больший стресс, чем его смерть. Особенно страдают дети, выросшие в неполных семьях. Но единственная истинная любовь — это любовь родителей к ребенку. Когда мужчина и женщина любят друг друга, он хочет от нее секса, она от него — денег. И лишь отец или мать ничего не хотят от своего ребенка взамен». Единственное, в чем Барнард обвинял себя, — самоубийство старшего сына. Тот очень просил отца помочь другу, которому была нужна пересадка сердца. Он сделал операцию, но сердце запустить не удалось… Эту трагедию юноша перенести не смог, а отца в нужный момент рядом не оказалось.
Мало кто знал, что в своих зарубежных турне легендарный хирург не только получал награды и давал интервью, но и бесплатно оперировал сотни пациентов. Кстати, ни за одну из 165 операций по трансплантации сердца он не взял ни гроша. Он держал в руках тысячи сердец не ради денег и богатства, а ради продления полноценной жизни. В клинике Кристиана Барнарда в Кейптауне бесплатно лечились дети со всего мира.
В 1983 г. профессор Барнард неожиданно для всех прекратил хирургическую деятельность. От оперативной практики он отказался не только из-за артрита. «Мне не хватает задач, моя профессия не приносит мне больше удовлетворения. Считаю, если я это понял, то нужно прекращать свою работу». С той поры он все больше стал задумываться над тем, как сделать человека здоровым. Ученый занялся исследованием причин старения организма на генетическом уровне. Кристиан Барнард пришел к выводу, что все дело в артериях, а сохранить их можно только при отлаженной профилактике и здоровом образе жизни. В 1999 г. в содружестве с двумя журналистами профессор написал книгу «50 путей к здоровому сердцу», в которой высказал нетрадиционный взгляд на многие казалось бы, прописные истины: диеты, физкультуру, секс, стресс. Она вызвала очередной переполох в мире медицины. Обычно врачи говорят пациентам, как им нельзя жить. А книга Барнарда рассказывает о том, как жить можно! По его мнению, например, стресс вовсе не так плох, как принято считать: «он создает мотивацию и способствует самоутверждению человека. Хотя, конечно, нервничать по любому поводу не стоит». В качестве примера профессор приводит совет своей давней приятельницы Софи Лорен, однажды добровольно отдавшей грабителям все драгоценности: «Никогда не плачь о вещах, которые не могут плакать о тебе». Удивительно, но эта книга, как и многие другие, написанные Барнардом, имеет психотерапевтический эффект.
В том же 1999 г. Кристиан Барнард начал осуществлять еще одну благородную идею: он создал фонд, носящий его имя, который проводит благотворительные акции по всему миру. Деньги для фонда профессор зарабатывал сам, выпуская экологически чистые продукты и издавая свои книги. Одной из первых акций стала финансовая помощь детской клинике Института онкологии в Минске для пострадавших от аварии на Чернобыльской АЭС. Фонд финансировал строительство детской деревни в Зимбабве для детворы, чьи родители умерли от СПИДа. Но в первую очередь профессор, конечно, помогал детям с больным сердцем.
Он никогда не жалел на это ни времени, ни сил, тратя огромные гонорары от своих многочисленных публикаций и книг.
Незадолго до смерти Кристиан Барнард организовал фонд «Сердце мира», главная цель которого — помочь детям и матерям из стран с низким жизненным уровнем. Основная область его деятельности — Африка и Азия. А одно из отделений фонда «Дети в беде», в частности, оказывает помощь нуждающимся детям. «За преумножение добра на Земле» этот удивительный человек был награжден орденом Николая Чудотворца.