Пинкертон воспользовался опытом, приобретённым во время Гражданской войны. Один из его сыщиков, Джозеф Уичер (по странному совпадению, однофамилец известного английского сыщика Уичера, который расследовал «Убийство в Ред-Хилл»[178]), под видом демобилизованного солдата-конфедерата путешествовал по местам действий банды Джеймсов. В конце концов, выйдя на след бандитов, он устроился на работу в ферме, находившейся неподалёку от семейной фермы Джеймсов.
Видимо, артистических способностей для изображения конфедерата Уичеру не хватило. Преступники разоблачили его, и Джесси Джеймс-младший лично застрелил агента Пинкертона.
Вслед за тем бандиты, без лишних разбирательств, сожгли ферму, на которой нашёл пристанище Уичер, и убили её хозяина.
Ещё два агента Пинкертона, Луи Дж. Лулл и Джон Бойл, погибли в перестрелке с бандитами. Теперь Пинкертон рассматривал войну с братьями Джеймс как личную вендетту.
Он наладил сбор информации среди сторонников Севера, осевших на территории деятельности банды. Пользуясь полученными данными, в ночь на 25 января 1875 года его агенты под его личным руководством, совершили налёт на семейную ферму Джеймсов-Сэмюэлей. В ходе короткой стычки кто-то из детективов (не исключено, что сам Пинкертон) бросил в дом ручную зажигательную бомбу.
Взрыв убил на месте сводного брата Джеймса — юного Арчи Сэмюэля, названного в честь партизана-конфедерата Арчи Клемента. Ещё одному обитателю фермы, чернокожему слуге и бывшему рабу Джесси Джеймса Зерельде Сэмюэлю, тем же взрывом оторвало руку. Вскоре он скончался.
Дом почти полностью сгорел, но остальным членам банды удалось отбиться от жаждавших крови «пинки» и скрыться.
Позже Пинкертон отрицал, что целью рейда был поджог. Но относительно недавно было обнаружено письмо прославленного детектива, в котором он пообещал «сжечь осиное гнездо и выкурить негодяев».
Местные жители, в основном поддерживавшие «Робин Гуда» и его людей, обвинили Пинкертона в ничем не мотивированном нападении на респектабельный семейный дом. На волне общественного возмущения конгресс штата Миссури едва не принял закон об амнистии братьев Джеймс, объявляя их героическими защитниками граждан штата. Закон не прошёл, но теперь уже Пинкертону пришлось скрываться от разъярённого Джесси Джеймса, поклявшегося отомстить за гибель «невинного ребёнка». Джеймс появился в Чикаго и всерьёз принялся выслеживать своего врага. Агенты Пинкертона сумели скрыть своего шефа от глаз «миссурийского Робин Гуда» и его информаторов. Джеймс убрался из Чикаго ни с чем, а Пинкертон продолжил вендетту.
Несмотря на то, что агенты наседали и почти уничтожили банду Джеймсов, точку в деле поставило предательство двух преступников-новобранцев, братьев (опять братья!) Форд, Чарли и Роберта. Они были подкуплены губернатором Миссури Томасом Криттенденом. Криттенден пообещал братьям Форд по пять тысяч долларов за голову Джесси Джеймса и его людей. 3 апреля 1882 года Роберт Форд, в присутствии своего брата, застрелил Джесси Джеймса.
Роберт и Чарльз Форды были арестованы и осуждены за убийство первой степени, но тут же помилованы губернатором. Впоследствии, на деньги полученные за предательство, Боб Форд открыл салун. Но долго наслаждаться нормальной жизнью ему не пришлось. Спустя короткое время, его застрелил прямо в салуне один из поклонников Джесси Джеймса.
Старший из братьев Джеймс, Фрэнк, через полгода после гибели брата, сдался властям. При этом, передавая лично губернатору Криттендену кобуру с револьвером, он сказал: «Губернатор, вы — первый человек с 1861 года, которому я позволяю прикоснуться к моему револьверу».
Фрэнк Джеймс провёл год в тюрьме штата, ожидая суда, и, в конце концов, был оправдан. Ни по одному преступлению ему не были предъявлены обвинения.
После освобождения он вёл мирную жизнь законопослушного обывателя. Один из театров, ставивший спектакль по истории братьев Джеймс, привлёк его для рекламы, сделав девизом премьеры лозунг: «Принеси билет, прокомпостированный Фрэнком Джеймсом!» Позже Фрэнк восстановил семейную ферму и водил по ней любопытных — по цене 25 центов за экскурсию. Умер он в 1915 году, пережив и своих преследователей, и своих подельников.
Теоретик и практик
Пинкертон завёл правило фотографировать преступников. Он создал первый в США альбом таких фотографий. Второй созданный им альбом содержал тысячи снимков лошадей, что помогало пресечь мошенничество на скачках.
Свой опыт криминалиста-практика Пинкертон стремился сдлеать достоянием широких кругов. Например, в книге «Тридцать лет сыщиком» он подробно рассказал о профессиональной специализации преступников, с которыми ему приходилось сталкиваться. В предисловии к книге он пишет: