Однако между этими государствами почти сразу же начались ожесточенные войны, которые привели к ослаблению обоих и сделали их уязвимыми от внешних агрессий. Этим воспользовались иранцы, войска которых в 40-е гг. XVIII века вторглись в Среднюю Азию и захватили значительную часть ее территории. Но и это насильственное объединение не дало положительных результатов. После смерти иранского правителя Нидир-шаха вновь усилилась вражда между Бухарским эмиратом и Хивинским ханством, в которую вмешалось и вновь созданное Кокандское ханство. Средняя Азия снова превратилась в центр острых противоречий.
Первые попытки россиян проникнуть в Среднюю Азию были предприняты еще на рубеже XVI и XVII веков яикскими (уральскими) казаками. Известно, что в 1600 году на Хиву ходил в поход атаман Нечай с тысячным отрядом, а пять лет спустя – другой атаман с 500 казаков. Обоим удалось захватить и разграбить город. Но, отяжеленные богатой добычей, отряды на обратном пути настигались кочевниками и наголову уничтожались. И только единичные, чудом уцелевшие и проданные в рабство казаки затем поведали через купцов о печальной судьбе своих товарищей. Кочевники же, желая обезопасить себя от ударов с запада на будущие времена, устройством нескольких плотин отвернули воды Аму-Дарьи от Каспийского в Аральское море, превратив тем самым Закаспийский край в труднопроходимую пустыню.
В период царствования Петра I было предпринято несколько попыток проникнуть в глубь Средней Азии. Первой со стороны Сибири туда в июле 1715 года была направлена экспедиция подполковника И. Д. Бухгольца. Его отряд, состоявший из трех тысяч пехотинцев и полутора тысяч драгун, поднялся вверх по Иртышу и, проделав большой переход по суше, в начале октября достиг озера Балхаш и заложил на его берегу крепость.
Это пришлось не по душе казахскому хану Кантайте. Собрав под свое начало около 10 тысяч воинов, он в конце февраля 1716 года внезапно напал на крепость. Русские войска отразили первый удар противника, но затем, оказавшись в плотной осаде, были вынуждены принять условия казахов. Срыв крепость, они вернулись в Сибирь. Эта экспедиция обошлась России 3800 человеческих жизней и не достигла поставленных перед ней целей.
Вслед за первой были предприняты еще ряд попыток проникновения в Среднюю Азию, но теперь уже со стороны Каспийского моря. Эта сложная задача была возложена на капитана лейб-гвардии Преображенского полка Александра Бековича-Черкасского. Для решения этой задачи Бековичу было выделено 6655 человек войска и 18 судов.
Русские войска высадились в Красноводском заливе и заложили там крепость в месте, определенном командиром отряда и совершенно не подходящем для начала колонизации огромного края. Оставив в крепости гарнизон из 2473 человек, Бекович с остальными вернулся в Астрахань, а затем по вызову в Петербург. Через полтора года из гарнизона, брошенного на произвол судьбы на берегу Красноводского залива, в живых осталось немногим более 300 человек. Остальные преимущественно вымерли от болезней, и лишь немногие погибли в стычках с кочевниками.
В 1717 году Бекович во главе 3,5-тысячного отряда предпринял очередную попытку добраться до Хивы. На этот раз начало экспедиции было удачным. Русские отряды достаточно быстро продвигались к столице ханства, и, казалось, уже не было сил, способных их остановить. Но хивинцы обманули русских. Заявив о своей лояльности к русскому царю, они ослабили бдительность Бековича. Поверив послам, он распорядился расположить отряд частями по окрестным селениям, а сам с несколькими помощниками и 700 казаками конвоя поехал в столицу на встречу с ханом.
Русские оказались жестоко обманутыми азиатами. Везде их ждали сильные и хорошо организованные засады. Отряды гибли один за другим в скоротечных боях. Сам Бекович также не избежал общей участи. Он и сопровождавшие его люди были изрублены в самом городе, а их головы еще долго торчали на шестах на крепостных стенах.
Новое наступление России в Средней Азии началось в период царствования Анны Иоанновны с укрепления ее владычества в Башкирии. Первоначально оно происходило без применения военной силы. Проведением нескольких социальных акций население края было разделено на свободных воинов и тяглых скотоводов. Первые были обязаны по приказу казанского губернатора нести пограничную службу, вторые – платить небольшую подать. Для контроля за соблюдением порядка и с целью расширения торговли русские власти посреди башкирских земель в 1734 году воздвигли города Уфу и Самару, ставшие форпостами в дальнейшем наступлении на юго-восток.