Но первая неудача не остановила Перовского. В том же 1840 году он собирался повторить экспедицию силами уже 19-тысячного корпуса. Однако хивинцы, узнав об этом и испугавшись последствий, начали переговоры с русскими властями и добились отмены похода, возвратив 417 пленных. Это было представлено Петербургу как победа. Перовскому был пожалован чин генерала от кавалерии. А на границе наступило затишье, которое продолжалось до 1847 года. За этот период оренбургский губернатор постепенно вынес посты вперед на реки Иргиз и Тургай, где были построены одноименные укрепления. Этим было завершено покорение Малой Орды, а к России были присоединены значительные территории, простиравшиеся от Оренбурга и Орска на юг до Каспийского и Аральского морей. В 1847 году отряды русских войск и казаков вышли к побережью Аральского моря, где вскоре была заложена крепость и создана флотилия. В результате к коннцу первой половины XIX века граница России со среднеазиатскими государствами установилась по линии, проходившей от северного побережья Каспийского моря до Аральского моря, озера Балхаш и далее по реке Ил до границы с Китаем.
Обстановка на границе была неспокойной, особенно на участке между Каспийским и Аральским морями. Слабость и большая удаленность гарнизона Аральского укрепления от главных сил позволяла кочевникам, не считаясь с присутствием русских, безнаказанно грабить киргизские племена. Так, в 1850 году в 50 верстах от Аральска они за два набега отбили у киргизов около 56 тысяч голов скота. В следующем году, в результате одного крупного набега, кочевники завладели 75 тысячами голов скота. Кроме того, воинственные южане обложили все киргизское население приграничной полосы тяжелой данью. Землевладельцы должны были отдавать треть собранного урожая, а кочевники с каждой кибитки ежегодно присылать 6 баранов, 24 мешка угля, 4 больших вьюка саксаула и тысячу снопов камыша. Также они требовали, чтобы киргизы по старинному обычаю конно участвовали во всех походах хивинского и кокандского ханов.
Русские власти с трудом терпели своеволие азиатов. Было разработано несколько проектов обуздания их набегов. Большинство из них предусматривали овладение крепостью Ак-Мечеть, являвшейся одним из важнейших центров кокандцев в их происках против России. Но пока шло обсуждение этих проектов, кокандский комендант Ак-Мечети, собрав отряд из 1700 человек, в марте 1852 года в результате дерзкого рейда разгромил и разграбил более сотни киргизских аулов, кочевавших по русской территории на удалении около 150 верст от границы.
Узнав о набеге, комендант Аральского укрепления майор П. К. Энгман послал вслед кокандцам отряд из 116 казаков-добровольцев при одном единороге. Он перехватил отяжеленных добычей кокандцев неподалеку от урочища Акча-Булак, находившегося в 55 верстах восточнее Аральска. После нескольких залпов из единорога и залпового ружейного огня казаков грабители, бросив часть добычи, обратились в бегство. Были отбиты 100 верблюдов, 162 лошади, 52 325 баранов. Кочевники увезли с собой более 70 убитых и раненых товарищей. Потери русского отряда составили всего 4 человека ранеными.
Дерзость кокандцев вынудила Перовского действовать более решительно. Он поставил своей целью овладеть крепостью Ак-Мечеть в 1853 году. Для осуществления этого замысла был создан экспедиционный отряд численностью около трех тысяч человек при 17 орудиях. Выступив в конце мая из Оренбурга, этот отряд за 24 дня преодолел 900 верст сложного пути и 20 июня подошел к кокандской крепости и взял ее штурмом 28 июля. Большая часть ее гарнизона полегла на поле боя. Из 74 человек пленных мужчин 35 были раненые. Потери русских войск в ходе всей экспедиции составили 44 человека убитыми и умершими от ран и 131 ранеными.
После взятия кокандская крепость Ак-Мечеть была переименована в форт Перовский, ставший самым южным плацдармом России на пути в Среднюю Азию.
Но праздновать победу было рано. После поражения остатки кокандских войск отошли к Пишпеку, куда со всех сторон начали прибывать подкрепления. Перовский решил овладеть Пишпеком и следующим укрепленным городом Токмаком. С этой целью из форта Верный была направлена экспедиция из двух тысяч человек при 12 пушках, 7 мортирах и 4 ракетных станках. Во главе этого отряда был поставлен полковник А. Э. Циммерман.
26 августа русский отряд подошел к Токмаку и после переговоров в 18 часов начал обстрел крепости из мортир. До наступления сумерек по ней было выпущено 50 разных снарядов. После этого из крепости вышел парламентер и заявил о безоговорочной капитуляции ее гарнизона. Таким образом, русские заняли Токмак без потерь с обеих сторон.