К радости большинства офицеров, командующим вместо Веймарна был назначен генерал Бибиков, человек отменно образованный и прозорливый, позволявший Суворову действовать свободнее. Бибиков считал себя ровней Румянцеву. Когда за десять лет до появления маркиза Пугачёва забурлил заводской люд в Оренбургской и Казанской губернии, именно Бибикова направили усмирять крамолу. Предъявляли свои требования властям лихие казаки, нашлись обиженные люди и среди крестьян. Сформировались отряды, пролилась кровь. Бибиков тогда не сплоховал. Причём проявил себя не просто эффективным усмирителем, но и миротворцем. Он воздержался от кровопролития, арестовал лишь сравнительно небольшую группу зачинщиков — и всё затихло. «Бибиков был остр, смел и забавен», — пишет Державин. Бибикова уважал Фридрих Великий — и русский генерал переводил с французского сочинения прусского монарха.
Императрица тем временем подписала грамоту на пожалование Суворову ордена Св. Александра Невского: «За оказанную Нам и отечеству отличную услугу совершенным разбитием восставшего противу наших войск литовского гетмана Огиньского, всемилостивейше жалуем вас кавалером нашего ордена Святаго Александра Невского, которого здесь включённые знаки, самим вам на себя возложа, носить повелеваем. Мы надеемся, что сие Наше Монаршее к вам отличное благоволение послужит вам вящим побуждением посвятить себя службе Нашей».
После победы при Столовичах конфедераты попали в отчаянное положение. Их главные боевые силы уничтожены. Русский экспедиционный корпус и королевские польские войска контролировали большую часть Речи Посполитой. Три потрёпанных отряда конфедератов всё ещё пытались оказать сопротивление: под Краковом действовал отряд Валевского, под Ченстоховой — отряд Пулавского, в Великой Польше — группировка Зарембы.
Оказавшись перед опасностью полного разгрома, конфедераты усилились новым французским контингентом во главе с генерал-майором бароном де Виоменилем, который в Бяле формировал новые отряды. Французы намеревались захватить древний Краков и провозгласить там новое правительство Польши. Бибиков поручает Суворову действовать в Краковском воеводстве — там, где ожидались основные события заключительного этапа войны. Суворов расположил в Кракове Суздальский полк во главе с Штакельбергом, который не внял требованиям Суворова проявлять бдительность. Конфедераты подкупили краковского трактирщика Залесского, с его помощью лазутчики Виомениля ночью пробили брешь в стене замка — и в ночь на 22 января 1772 г. полковник Шуази повёл войска на захват замка. Авангардный десант из пятидесяти человек уничтожил караульных, на судах к Кракову прибыл отряд из пятисот конфедератов с пятью орудиями. Им удалось овладеть Краковским замком. Штакельберг запросил помощи у подполковника Елагина, стоявшего с отрядом в Пинче. В ночь на 24-е Елагин занял позиции у Краковского замка, прикрывая его от новых возможных атак конфедератов со стороны Бялы и укреплённого монастыря Тынца.
Суворов, соединившись с верными короне польскими кавалеристами Браницкого, выступил в Краков, утром 24 января начав осаду замка. Под командованием Суворова граф Казимир Браницкий, самый влиятельный и удачливый из польских командиров, верных Станиславу-Августу, действовал успешно. Патрули Суворова перекрыли все пути к замку, рассеяли отряды конфедератов в окрестностях города. Во время осады Краковского замка огорчил Суворова капитан Иван Лихарев, командовавший отрядом из шестидесяти человек. Суворов писал о Лихареве: «Он, увидя вышедших не весьма большое число возмутителей, приступающих только к тому дому, не имея ещё от возмутителей ни сам, ни команда его вреда, пришед в позорную и предосудительную робость, не только на них нападения не сделал, но ниже регулярно поступал, не чиня отпору и не выстреля пяти раз, сказав команде своей, чтоб только всякий спасал жизнь; сам, оставя пост, от них уехал, почему вся команда рассеялась и в бегство обратилась; и того посту не удержал, но при том случае убито у него мушкетёр два, ранено четыре человека… За что он, Лихарев, содержится под арестом». Трусости на поле боя Суворов не признавал, трудно было обосновать перед Суворовым даже минимальное отступление. Лихарева наказали вполне по заслугам.
Штурм Кракова Суворов планировал провести четырьмя колоннами с четырёх сторон — под командованием подполковников Эбшелвица, Елагина, Гейсмана и майора Гагрина. Но Шуази удалось отразить двухчасовой штурм 18 февраля: он надёжно укрепил брёвнами ворота, и их не удалось взорвать. Суворов убедился, что без тяжёлой артиллерии Краковского замка не взять. Воодушевлённые французы предприняли атаку со стороны Тынца. Конный отряд Сапеги оттеснили кавалеристы премьер-майора Нагеля, которым помогала польская королевская кавалерия. Суворов принял решение блокировать Тынц двумя отрядами — Браницкого и Ланга. 2 марта под Тынцем завязался бой с переправившимся через Вислу отрядом маршалка Зиберга. Получив известие о переправе и перестрелках поляков с казаками, Суворов незамедлительно прибыл на место действия. В трёхчасовом бою русским кавалеристам удалось разгромить этот отряд. Зиберг на пароме переправился к Тынцу.
Попытался прорваться к Кракову из Тынца и другой отряд, но его остановили и рассеяли конники графа Браницкого.
Гарнизоном Краковского осаждённого замка железной рукой командовал французский полковник Шуази, готовый к длительной блокаде. Суворов решил лишить конфедератов надежд на победу, уничтожив отряды в районе Бялы. Для поиска на Бялу был сформирован отряд под командованием Браницкого и премьер-майора И.И. Михельсона. 28 марта отряд вернулся в Краков с победой, приведя два десятка пленных, в том числе — французского полковника Мальцана. На следующий день возле Живца был разбит ещё один небольшой отряд конфедератов. В начале апреля Суворову удалось разгромить ещё несколько малых конфедератских отрядов. 12 апреля Шуази, осознавший бессмысленность сопротивления, отправил к Суворову парламентёра с условиями капитуляции. Суворов согласился с условиями Шуази, и 15 апреля русские войска вошли в Краковский замок, разоружив конфедератов. Пленных Суворов под конвоем отправил в Люблин.
Узнав о краковских событиях, разочарованный генерал Виомениль вместе с группой французских офицеров спешно вернулся на родину.
Начиналась весенняя теплынь. Во второй половине апреля Суворов обосновался в Краковском замке. Тогда он рапортовал А.И. Бибикову из занятой польской цитадели: «Войском её императорского величества, состоящим под командою моею, 15 числа сего месяца занят Краковский замок, а возмутительской гарнизон всеми употребляемыми способы принуждён сдаться». Ещё не раз Суворову предстоит скрестить шпаги и с поляками, и с французами — кто знает, может быть, и именно с теми, пленёнными в Кракове…
За эту победу Суворова наградили тысячей червонцев (червонцы — это вам не ассигнации!) — и он энергично продолжил искоренять отряды конфедератов. Теперь было необходимо занять Тынец, где расположился гарнизон из шестисот не сложивших оружие конфедератов. Суворов запросил у командования артиллерию: 4 медные 12-фунтовые пушки и 6 мортир. Получив эти орудия, 9 мая Суворов начал осаду Тынца. Напротив мощной монастырской стены установили батарею, начали бомбардировать стену из 12-фунтовых орудий. В стене была пробита брешь. К этому времени — 22 мая — к русским войскам присоединились австрийцы, которым удалось выждать подходящий момент, наблюдая за взаимным ослаблением Польши и России. Австрийские войска генерал-майора Дальтана вошли в Тынец, не считаясь с мнением Суворова. Россия была вынуждена уступить союзникам часть лавров. Но Суворов продолжал побеждать. Был взят укреплённый город Затор, Суворов (хотя и мечтал служить на Дунае, под знамёнами П.А. Румянцева) планировал новые походы, новые поиски в воеводствах Речи Посполитой, но настало время договора о разделе Польши между Россией, Австрией и Пруссией.
Король Станислав-Август так вспоминал о действиях Суворова в войне с конфедератами: «Справедливо здесь отдать должное добросовестности господина Суворова: из всех русских командиров его менее всего можно было упрекнуть в чём-либо похожем на жадность или жестокость». Жаль, что эта оценка не учитывалась позднейшими польскими комментаторами истории последних 35 лет XVIII столетия.