Работа в аппарате ЦК КПСС была для Зюганова началом его политической карьеры всероссийского масштаба. Зюганов занимал не самые большие должности, в январе 1989 г. он становится ответорганизатором идеологического отдела, в декабре этого же года становится заведующим группой ответорганизаторов и заместителем заведующего укрупненного идеологического отдела, который возглавлял новый ставленник Горбачева, А. Н. Яковлев. Это был уже относительно заметный пост, позволявший влиять на решение каких-то вопросов, но долго на нем Зюганов не задержался в силу краха правящей партии и ее руководства.
Встречавшийся с ним в это время писатель А. Проханов так описывает его: «Я поразился тому, как не похож Зюганов на традиционного партийца. В его облике не было властности, бессознательно усвоенной самозначительности, жреческого всеведения, которое проявлялось даже у самых деликатных и интеллигентных людей, если политический эскалатор возносил их на высшие роли в партии… В нем было радушие, некая простоватость, ожидание услышать нечто для себя важное и полезное, поучиться хотя бы мимолетно, используя встречу с неизвестным человеком. В нем был интерес и в силу этого — эмоциональная зависимость от собеседника. Он давал человеку простор, а сам словно отступал. И самое первое от него впечатление — это присутствие пытливого интереса, направленного на узнавание. В дальнейшем это первое впечатление от Зюганова, усложняясь, подтверждалось в главном. Он собиратель, ищущий и неутомимый. Не коллекционер, не энциклопедист, не скопидом, а, пожалуй, пчеловод, огородник, садовник, имеющий дело с живой природой, прилагающий усилия к тому, чтобы жизнь приумножалась, не разорилась, усовершенствовалась сама в себе. Это народный, пожалуй, деревенский тип человека, проводящий век с природой, а не с вещью. И это природное качество спасло и будет спасать Зюганова в периоды, когда цивилизация вещей и предметов взрывается, ломая колоссальные суммы механических представлений и ценностей».
Начатые М. С. Горбачевым перемены в обществе обещали первоначально не только продолжение столь хорошо зарекомендовавшего себя курса Андропова, но и продвижение к каким-то новым высотам. Этих перемен и новаций давно ждали все — и коммунисты и беспартийные. Зюганов видел бюрократизацию управленческого аппарата, отлично понимал, что в 80-х гг. постепенно нарастала конфликтность существования советского общества, и приветствовал начало реформ. Это легко доказывается тем, что реформирование страны и обновление партэлиты реально начал Андропов, но он не успел зафиксировать этот процесс, сделать его необратимым. Как перевести общество в динамичное состояние? Этот вопрос волновал ЦК КПСС, многие работники которого в общем и целом были по-настоящему озабочены судьбой страны. Они понимали, что обновление такой гигантской страны — пока еще второй сверхдержавы мира — требует работы высочайшего уровня ответственности и подготовки. Горбачев вроде бы подходил по внешним данным. Отгносительно молодой, с университетским образованием, весьма речистый, энергичный и даже симпатичный, он был бодро нацелен на перспективу и новые подходы. Как из рога изобилия посыпались новаторские концепции и понятия: ускорение, человеческий фактор, гласность, новое мышление, общеловеческие ценности, демократизация, правовое государство, гражданское общество, многопартийность, экономическая реформа, механизм ускорения, механизм торможения, наконец — сама перестройка… Зюганов позитивно воспринимал новые веяния и не спешил сразу осуждать то, во что не верилось. Он много работал, ездил по стране, анализировал увиденное. И вот в командировке в Ставрополе вдруг услышал поразивший его отзыв о Горбачеве его земляков: «Ничего не умеет. Только руками машет. Затевает всякие реорганизации и ничего не доводит до конца. Только разваливает все». Зюганов был в известной растерянности.
Надо помнить — Зюганов был из советского времени, воспитан в комсомоле, вырос в партийной номенклатуре и традиционно чтил генсека правящей — своей партии. Была партдисциплина, причем строгая. Поощрялась исполнительность, а не творческие подходы второразрядных функционеров аппарата. Но Зюганов серьезно задумался. Столько концепций, а результатов-то — ноль! Новации вроде бы интересные, но как-то все они противоречили друг другу, а главное практике и результату. «Социалистический выбор», а социализма все меньше, «революция продолжается», а ГДР сдается, «новое мышление» и партнерство с Западом, а Варшавский договор разрушается, а НАТО остается и укрепляется… Ускорения нет и в помине, зато теневой сектор экономики свободен в своих действиях и требует введения частной собственности. Как развиваться дальше, за счет каких ресурсов, по какому социальному вектору? Горбачев твердит одно — процесс пошел… процесс пошел. А куда пошел, а зачем пошел, во имя чего пошел — не говорит. Не знает. Все должна показать якобы практика. Но ведь практика оказалась не созидательной, а такой разрушительной. В доисторические времена Господь карал, согласно Библии, народы мором, голодом, трясением земли, потопом, войнами. В СССР все это оказалось лишним, ибо оказалось достаточным появиться Горбачеву и все пришло само собой — войны внутри страны, всеобщий дефицит, катастрофы, крушение государственности, анархия… Кто он, Горбачев — наивный идеалист или сознательный разрушитель Отечества, коммунистический Манилов или «князь тьмы» (по выражению Б. Олейника), объективный агент влияния Запада или неподготовленный демагог-управленец, а может, просто обыкновенный эгоист и карьерист? Тогда мало кто задумывался об этом, за исключением немногих, и вообще никто не знал точного ответа.
Бывший помощник Горбачева А. Черняев в книге «Дневник помощника Президента СССР» описал деятельность этого правителя и его окружения. Поступки президента, оказывается, определялись такими заурядными людьми, которые, как описано в труде помощника, были озабочены в основном зарплатой, кабинетами, подарками и подношениями, потреблением алкоголя, сексуальными фантазиями, а не судьбой реформ. Дневник свидетельствует о разложении псевдокоммунистической элиты, жившей собственными заботами и интересами, как впрочем, и сам сибарит Горбачев. Еще более неприглядную картину нарисовал помощник Горбачева Болдин в известной книге «Крушение пьедестала». 5 марта 1991 госсекретарь США Бейкер сказал Горбачеву: «Мы хотим, чтобы Вы добились успеха. Мы хотим этого столь же сильно, как Вы, а может быть, даже сильнее». Горбачев смущенно промямлил в ответ: «Ну, это вряд ли». Он, вероятно, не задумался — почему так полюбил его геополитический противник СССР? А может, и задумался. А может, просто знал, но промолчал. Чужая душа потемки, особенно такая.
Зюганов уже в 1992 г. даст ему сокрушительную характеристику. Горбачев, по его словам, объективно «оказался главным агентом влияния, президентом-резидентом. Внешне привлекательный, а по сути аморальный и подлый. Если посмотреть на все, что им сделано, — это не вписывается ни в какие рамки, ни политики ни морали. Он единственный лауреат Нобелевской премии, который надломил свою державу». В 1995 году Зюганов назовет Горбачева «гениальным разрушителем, путаником и приспособленцем». Отсутствие продуманной теоретически стратегии партии привело к непониманию механизма реорганизации общественных структур, роли и места в ней партии, был разрушен теоретический фундамент партии, что подорвало профессиональные основы коммунистического политического деятеля и демонстрировало его как защитника якобы «иллюзий и утопий». Все это делалось для того, чтобы сказать про партаппарат: «А король-то голый». В результате уже в 1990 г. оказалось, что в коммунистической партии каждый третий разочаровался в социалистических идеях. Начался процесс массового перехода партийных кадров из партийных в советские исполнительные органы. Исполнительная вертикаль становилась основной и подминала партийные комитеты и советские представительные органы.