После этого, спасаясь от мятежников, Морган с несколькими офицерами поднялся на борт корабля «Мейфлауэр», принадлежавшего погибшему капитану Джозефу Брэдли, и взял курс на Ямайку. Их сопровождали Лауренс Принс на «Пирле», Джон Моррис на «Долфине» и Томас Харрисон на «Мэри».
Даже спустя год после описанных событий флибустьеры, по данным сэра Томаса Линча, «ужасно бранили» Моргана за то, что он заставил их «страдать от голода, обманул и сбежал». Ричард Браун писал, что голода, охватившего рядовых участников похода на пути из Панамы в Сан-Лоренсо-де-Чагрес, можно было избежать, если бы командиры погрузили на мулов достаточный запас продовольствия, а не «серебро и другие продукты грабежей стоимостью около 70 тысяч ф. ст., не считая иных богатых товаров, и не обманули солдат на очень большую сумму». Он также отметил, что из тридцати семи судов, отправившихся с Морганом в «эту несчастную экспедицию», 19 судов рассеялись и пропали навсегда, а до Ямайки смогли со временем добраться не более десяти.
Браун вообще недоумевал, что подтолкнуло «наших грандов» отправить такой большой флот по такому ничтожному поводу, как действия капитана «жалкого маленького 8-пушечного испанского боевого судна, который пришел хвастливо на эти берега с каперской грамотой от королевы Испании… взял одно суденышко… сжег 4 или 5 домов и забрал около 30 свиней… а потом и сам был захвачен со своим кораблем». Мы, продолжает он, за один час нанесли испанцам больше вреда, чем они нам — за семь лет; потери, которые они получили от нас в Панаме, просто невероятны, а «единственной причиной раздоров были испанское золото и серебро».
Морган вернулся в Порт-Ройял с четырьмя судами 12 (22) марта. Через некоторое время пришли еще шесть судов. 20 (30) апреля адмирал составил отчет о панамской экспедиции, который был передан губернатору и Совету Ямайки. 31 мая (10 июня) в Спаниш-Тауне состоялось заседание ямайского совета. В протоколе заседания записано:
«В Совете, созванном в Сант-Яго-де-ла-Веге [Спаниш-Тауне] 31 мая 1671 года. Присутствовали: его превосходительство сэр Томас Модифорд, губернатор; подполковник Джон Коуп, подполковник Роберт Бринолосс [Биндлосс], подполковник Уильям Айви, майор Чарлз Уитфилд, майор Энтони Коллир и капитан Генри Моулзвёрт.
Адмирал Генри Морган представил отчет об экспедиции на Панаму губернатору и Совету, которые весьма благодарили его за выполнение его последнего поручения и весьма одобрили его действия.
Это точная копия протокола.
Совершенно иначе итоги панамского похода оценили его рядовые участники, а также их кредиторы и родственники. Год спустя Ричард Браун писал секретарю Джозефу Уильямсону, что «во времена сэра Томаса Модифорда» на Ямайке «было очень много жалоб на адмирала Моргана, Коллира и других командиров, но ничего нельзя было сделать, и лишь с прибытием [нового губернатора] сэра Томаса Линча они вернулись к законности. Командиры осмеливаются появляться [на людях] лишь изредка; вдовы, сироты и оскорбленные жители, которые возлагали такие большие надежды на сей славный проект, теперь разорены из-за ухода приватиров».
Но гораздо более ужасные последствия поход Моргана имел для жителей Панамы и окрестностей. Дон Франсиско де Маричалар, занявший в октябре 1671 года пост исполняющего обязанности президента Панамы, с горечью писал королеве: «Коротко говоря, Ваше Величество, это королевство находится в таком плачевном состоянии, что вы не можете себе даже представить: жители наги, бедны, без еды и все больны. Со времени вторжения случилось столь много смертей, что, как меня заверили, умерло более трех тысяч человек».
7 (17) ноября того же года в Панаме судили бывшего президента дона Хуана Переса де Гусмана. Его обвиняли в провале военной кампании на реке Чагрес, в поражении под стенами Панамы и в приказе сжечь город, чем был нанесен ущерб в размере от 11 до 18 миллионов песо. Защитником дона Хуана выступил опытный юрист дон Франсиско Хаймес. Он умело подорвал доверие судей к ключевым свидетелям, таким как капитан Франсиско Гонсалес Саладо, лейтенант Луис де Кастильо и генеральный прокурор дон Франсиско де Валье (последний слыл личным врагом опального президента). Все 13 пунктов обвинения были разбиты Хаймесом в пух и прах. 10 (20) февраля 1672 года дон Хуан был полностью оправдан. Он умер спустя три года в Мадриде — униженным, но отстоявшим свою честь.