Военный совет приостановил действие гражданского права и до 10 (20) августа ввел законы военного времени, о чем было немедленно объявлено. Морган настоял на возведении новых батарей между фортами Чарлз и Руперт. Было построено укрепление, ставшее известным как форт Морган или Морган-Лайн, в котором установили 16 пушек; их доставили моряки с корабля «Хантер». Как писал его капитан, «[я отправил] 30 наших людей на берег, дабы затащить большие пушки на новый форт Морган».
В августе, сентябре и октябре военный совет Ямайки несколько раз продлевал осадное положение, «так как опасность от французов не исчезла, а фортификации не были завершены». Морган по-прежнему большую часть своего времени посвящал организации работ по укреплению оборонительных рубежей как в самом Порт-Ройяле, так и в других частях южного побережья. Кроме того, он рассылал письма знакомым флибустьерам, продолжавшим грабить испанцев под прикрытием французских каперских грамот, обещая всем, кто вернется на Ямайку, не только прощение, но и земельные участки.
15 (25) сентября граф Карлайл подготовил очередной отчет для госсекретаря Ковентри, в котором, в частности, отметил: «С 30 августа я провел в Пойнте три дня, а в пятницу утром отправился с сэром Генри Морганом в Три-Риверс, что примерно в двенадцати милях от Пойнта, и вокруг Грейт-Харбор — к Скалам (Rocks), откуда мы осмотрели наиболее удобные проходы, чтобы обезопасить как Пойнт, так и Лигуаней в случае нападения на них со стороны суши. Еще сотню негров добавили к рабам в Пойнте, чтобы возводить там укрепления».
Далее граф поделился печальным известием, что в понедельник 1 (10) сентября умер сэр Томас Модифорд. Бывшего губернатора отпевали в церкви Святой Екатерины в Спаниш-Тауне. Морган был среди тех, кто проводил своего бывшего покровителя и компаньона в последний путь. На могиле сэра Томаса позже написали, что он был «душой и жизнью всей Ямайки… первым сделал ее такой, какая она есть… самым лучшим и дольше всех управлявшим губернатором, самым крупным плантатором, самым способным и справедливым судьей этого острова из всех, каких он когда-либо имел».
В период губернаторства графа Карлайла — явно при попустительстве сэра Генри — флибустьерство на Ямайке вновь переживало «золотые денечки». Так, когда власти узнали о пиратских похождениях капитанов Джона Коксона, Бартоломью Шарпа и Ричарда Сокинса в Гондурасе, губернатор и Морган закрыли глаза на эти «шалости». Получив от флибустьеров взятку, они разрешили им через подставных лиц доставить добычу в ямайские гавани и, уплатив пошлины, сбыть ее.