Тем временем сэр Томас Линч получил все необходимые документы, назначавшие его генерал-капитаном, вице-адмиралом и главнокомандующим Ямайкой. В дополнение к стандартным полномочиям ему было дано право назначать и увольнять членов Совета Ямайки. Это означало, что для Моргана и его друзей вскоре должны были настать плохие времена.
В конце лета сэр Генри узнал, что король после консультаций с ямайским полковником Сэмюэлом Лонгом распорядился распустить «за ненадобностью» две роты. В письме сэру Леолайну Дженкинсу, датированном 22 августа (1 сентября), Морган признался, что шокирован подобным решением, ибо «наш ежедневный опыт доказывает обратное». По его словам, эти роты были «постоянно задействованы либо в море, либо на суше, доставляя беглых или мятежных негров и подавляя пиратов, которые, как я уже рассказывал вам, весьма многочисленны. Двадцать солдат в настоящий момент на борту “Норвича” заняты преследованием сильного и отчаянного пирата [Лаурента де Граффа], и я слышал, что имела место стычка, хотя подробности мне пока не известны. Уже по этому вы можете судить об их полезности». Сэр Генри заверил госсекретаря, что не преследует никакой личной выгоды и хлопочет об отмене упомянутого выше распоряжения исключительно для пользы дела.
В сентябре Дженкинс отправил Моргану письмо с уведомлением, что решение о его отставке с постов вице-губернатора и генерал-лейтенанта уже принято. Понимая, что кормило власти вот-вот вырвут у него из рук, сэр Генри продолжил укреплять имущественное положение своей семьи. 7 (17) октября он приобрел 120 акров земли в новом приходе Сент-Джордж, недалеко от бухты Аннотто, уплатив Уильяму Томпкинсу и его жене Мэри символическую плату в пять шиллингов, а спустя несколько дней заключил с ними договор «по культивации и управлению данной собственностью». 7 (17) декабря адвокат Роджер Эллетсон и его жена продали ему еще три небольших участка земли в том же приходе (всего 212 акров) и участок земли в приходе Порт-Ройяла (площадь неизвестна). Имение в приходе Сент-Джордж он назвал Пенкарн — в память о ферме близ Тредегара, где прошло его детство. Позже, 6 (16) марта 1682 года, Томас Саут продал сэру Генри 20 акров земли за 50 фунтов стерлингов, однако документы умалчивают, в каком приходе находился этот участок земли.
Пока ожидали прибытия на остров нового губернатора, Морган продолжал управлять колонией. В январе 1682 года он и члены Совета Ямайки рассмотрели петицию французского протестанта Пьера Лепена, капитана королевского фрегата «Ла Тромпёз». Лепен, рассказав о жестоких преследованиях протестантов во Франции, просил ямайские власти позволить ему поселиться на острове и перейти в подданство к английскому королю. Обсудив эту просьбу, вице-губернатор и члены совета «единодушно решили» принять Лепена под защиту короля Англии. Позже Линч расследовал это дело и установил, что Лепен фактически был пиратом, который похитил упомянутый корабль в Кайенне (Французская Гвиана). Морган разрешил Лепену продать корабельный груз без уплаты таможенных пошлин. Затем «Ла Тромпёз» был зафрахтован двумя ямайскими купцами, Бэнксом и Уордом, и отправлен в Гондурасский залив за кампешевым деревом. Французский пират Жан Амлэн, прослышав об этом, догнал «Ла Тромпёз», пригласил шкипера и его помощника на борт своего шлюпа, а затем захватил упомянутый корабль. Отведя «Ла Тромпёз» в укромную бухту, он переоснастил его и стал нападать на все торговые суда без разбора.
Трудно сказать, знал ли Морган об истинном обличье капитана Лепена, но, судя по его отчетам, он продолжал предпринимать усилия по поимке закоренелых преступников. Об этом, в частности, сэр Генри докладывал госсекретарю Дженкинсу в письме от 8 (18) марта 1682 года:
«С тех пор как я казнил во исполнение королевских приказов трех пиратов, целая группа, которая два последних года беспокоила испанцев в Южных морях, с помощью испанского пилота прибыла на [Британские] Подветренные острова; шестнадцать из них отправились в Англию с Бартоломью Шарпом, их вожаком; остальные находятся на Антигуа и соседних островах, исключая четырех, которые прибыли сюда; один из них сдался мне, другие трое были мной с большим трудом обнаружены и арестованы. После этого они были найдены виновными и осуждены. Тот, который сдался, видимо, получит помилование от короны как информатор. Один из осужденных оказался кровавым и отъявленным негодяем и достоин наказания; двое других, как мне доложили судьи, могут быть прощены, но я не буду дальше рассматривать это дело до получения приказов Его Величества. Я искренне рад такому мнению суда, ибо питаю большое отвращение к кровопролитию и весьма сожалею, что за время моего недолгого правления мне так часто приходилось наказывать преступников смертью. Путешествие сих людей необычайно примечательно, поскольку менее чем за четыре месяца они прошли от Кокимбо, что находится в Перу на пятом градусе южной широты, до Барбадоса, находящегося на тринадцатом градусе северной широты. Наши заготовители кампешевого дерева недавно потеряли восемь судов, захваченных у них [испанцами], а их людей увезли пленными… Мне известно, что в Гаване, Мериде и Мехико находится много английских заключенных».