26 октября (5 ноября) в Сантьяго-де-ла-Веге состоялось заседание Совета Ямайки, на котором было решено выплатить ряду высших должностных лиц задолженности по зарплате: лорду Карлайлу и генерал-майору сэру Фрэнсису Уотсону — 125 фунтов стерлингов каждому, верховному судье Роберту Биндлоссу — 64 фунта, Сэмюэлу Лонгу — 8 фунтов стерлингов. Сэр Генри Морган потребовал заплатить ему 533 фунта стерлингов 6 шиллингов и 8 пенсов по тому же поводу, на что ему ответили, что он получил на руки деньги, причитавшиеся королю, «от пиратов Южного моря» и факт этот документально подтвержден. Тем самым Моргану дали понять, что отныне он отстранен от официальной «кормушки».
С прибытием очередного авизо из Лондона сэр Томас Линч получил на руки королевский приказ и распоряжение госсекретаря Дженкинса о задержании капитана Лепена, бывшего командира судна «Ла Тромпёз», для возмещения ущерба, который он нанес королю Франции. 6 (16) ноября в письме, адресованном Дженкинсу, Линч сообщил, что велел задержать Лепена, находившегося в то время в Сантьяго-де-ла-Веге, и доставить его в тюрьму. Письмо с приказом короля губернатор показал Чарлзу Барре, бывшему секретарю Моргана, и попросил его о помощи. «Три дня спустя, когда Барре был у меня, — рассказывает Линч, — я послал за Лепеном… и спросил его, где находятся двадцать пять тысяч крон, упомянутых в памятке [французского] посла. Он сказал, что эта сумма не соответствует реальности, ибо он доставил сюда лишь двенадцать тысяч фунтов сахара различного сорта, оцененного здесь в 1400 ф. ст., на 200 или 300 ф. ст. аннато (так называемое «помадное дерево». — В. Г.) и шестнадцать бочек вина из Фаяла… Вино и аннато он продал сам, а сахар он передал некоему капитану Хоскинсу, который вел все дела сэра Генри Моргана. Этот Хоскинс умер примерно месяц назад, поэтому я послал за его администратором, чтобы получить отчет об этом сахаре, и поручил Барре отправить его в письменном виде заинтересованному лицу; насколько я помню, он говорил мне, что Хоскинс получил около 120 000 фунтов сахара и, не имея возможности продать его здесь, отправил его по указанию Лепена в Англию. Он заплатил Лепену около 1200 ф. ст., которые предназначались шкиперу…»
Линч предложил Барре собрать всю необходимую информацию по делу Лепена, чтобы можно было привлечь француза к ответственности. Кроме того, губернатор подробно рассказал Дженкинсу о мерах, предпринятых им по поимке пиратов, — в частности, тех, что захватили фрегат «Ла Тромпёз».
В апреле и июне Линч отправил в Лондон еще несколько писем, в которых настоятельно просил короля Карла и правительство официально уволить Моргана с должности заместителя губернатора и передать этот пост сэру Хендеру Моулвёрту.
В начале сентября сэр Генри и ряд других членов Совета Ямайки были делегированы на заседания ассамблеи, «чтобы обсудить с ними порядок принятия законов», но Моргану не удалось найти общий язык с большинством депутатов ассамблеи, являвшихся сторонниками Линча.
На октябрьском заседании Совета Ямайки полковник Сэмюэл Бэрри и девять других членов совета проявили лояльность в отношении губернатора Линча и заявили «о своей готовности поддержать его во всех мероприятиях ради сохранения мира». Его превосходительство сердечно поблагодарил их за поддержку. Затем, в ходе дебатов по поводу «недавних беспорядков», политические противники Моргана обвинили его друга и свояка Роберта Биндлосса в неуважении к совету, нанесении удара Томасу Мартину и злостной клевете в адрес полковника Моулзвёрта. Биндлосса вывели из состава совета и приказали в течение часа покинуть город под угрозой сурового наказания. После этого был объявлен перерыв до второй половины дня. На вечернем заседании главный судья предложил Линчу отпустить из-под стражи капитана Чарлза Пенхоллоу, ранее осужденного решением жюри присяжных, собранных по инициативе Моргана. Под занавес зачитали показания свидетелей, допрошенных сэром Генри, и пришли к выводу, что оснований для продолжения рассмотрения «дела о беспорядках» пока что нет.
12 (22) октября 1683 года состоялось еще одно заседание совета. В протоколе записано:
«Генерал [Линч] уведомил сэра Генри Моргана, что он и Совет, обсудив последние беспорядки, страсти и дурные поступки в Порт-Ройяле, пришли к мнению, что они произошли в основном по его вине, при заступничестве злых людей, замешанных в том, и сие привело к нарушению спокойствия; что он во всех случаях демонстрировал свое нерасположение и причинял беспокойства своим правлением, а также поощрял [адвоката Роджера] Эллетсона, который ранее причинил немалые хлопоты Совету и правительству; поддерживал Крэдока, Уильяма Арчболда и других, которые насмехались и действовали с ним заодно; что Скарлет и его брат Арчболд не отстаивали интересы короля и организовали собрания, направленные против Билля о доходах назло его превосходительству; что пятеро или шестеро приватных людишек под их протекцией поносили и оскорбляли правительство, из-за чего ассамблея решила, что необходимо поручить генералу и Совету рассмотреть оное и защитить правительство и город; и затем генерал рассказал ему [Моргану] обо всем, что было получено под присягой, показав, что он вышел за рамки, как и мятежник капитан Пен-холлоу и прочие, которые образумились и попытались сохранить спокойствие, только не капитан [Чарлз] Морган и иные, которые повели себя вызывающе… и стали причиной раздоров между вигами и тори; он осыпал проклятиями ассамблею и поносил во время своих дебошей генерала, что стало весьма опасным для правительства и привело к волнению народа, в частности на Пойнте. И затем генерал объявил Совету, что сэр Генри рассказал ему о преступном замысле некоторых людей, собиравшихся свергнуть капитана [Чарлза] Моргана и убить его, дабы не позволить ему стать майором вместо [Сэмюэла] Бейча; сэр Фрэнсис Уотсон объявил, что он говорил нечто подобное и ему, однако же ничего подобного не было… как и прочих нелепиц, выдуманных сэром Генри.