На исходе ночи 12 марта монарх был уже на коне. К вечеру того же дня он прибыл в Понтуаз, а 13-го — в Бове. Дабы отрезать испанцам путь к отступлению, 27 марта он предпринял не увенчавшуюся успехом попытку взять Аррас. Хотя камни в почках причиняли Генриху IV нестерпимые боли, он отказался от необходимого отдыха. Болезнь продолжала терзать его и по возвращении в Бове, откуда он отдавал необходимые распоряжения и взывал к благородству и преданности французского дворянства, напоминая ему, что «нет смерти почетнее, чем отдать свою жизнь за государя».
В тот ответственный период, когда решалась судьба королевства, Генрих IV столкнулся, помимо обострения болезни, еще с одной проблемой, вдвойне неприятной оттого, что ее создавали товарищи по борьбе — протестанты, все больше выражавшие недовольство политикой короля. Вступление Генрих IV на престол ничего не изменило в действующем законодательстве, и декларация Сен-Клу от 4 августа 1589 года жестко ограничивала права протестантов. Они не допускались к публичным должностям за пределами тех мест, которые были предоставлены им. Мантский эдикт 1591 года явился первой уступкой протестантам, включив в себя положения эдикта веротерпимости, принятого в Пуатье в 1577 году. Переходя в католицизм, Генрих IV поклялся католическим сеньорам отменить все положения, противоречившие эдиктам об умиротворении, однако позднее он молчаливо одобрил отправление реформатского культа. Эти либеральные меры возмущали католиков, не удовлетворяя при этом и протестантов. Последние все больше помышляли о создании собственного государства в государстве, подтвердив свою приверженность этой идее клятвенными обещаниями на генеральной ассамблее, проходившей в Манте с октября 1593-го по январь 1594 года. В мае того же года они с согласия короля провели ассамблею в Сент-Фуа-ла-Гранд с целью придания гугенотской партии политического статуса. Это была почти республиканская организация в рамках королевства.
Однако протестанты не собирались отказываться от блага быть подданными французского короля. Ассамблея, проведенная в Сомюре в феврале 1595 года, во исполнение решений, принятых в Сент-Фуа-ла-Гранд, потребовала от короля разрешить реформатам наряду с католиками занимать любые государственные должности, учредить в парламентах палаты, формировавшиеся на паритетных началах из католиков и протестантов, и для обеспечения безопасности гугенотов предоставить в их распоряжение все города, которые в тот момент находились в их руках. Эти требования, в сочетании с намерением гугенотов «жить раздельно» (с католиками), были столь чрезмерны, что Генрих IV ограничился уклончивым ответом. Второй их шаг отнюдь не был более успешным: так, вожди протестантов Ла Тремуйль и Тюренн покинули королевское войско во время осады Ла-Фера в июне 1595 года. Дюплесси-Морне, протестантский советник Генриха IV, тогда говорил королю: «Эти люди, отвергнутые двором, полны решимости самостоятельно найти выход из положения — они, совершенно не страшась, уже перешли Рубикон». Кроме того, протестанты взяли из публичных касс деньги для поддержания своих гарнизонов в крепостях, и в этих условиях в любой момент вновь могла вспыхнуть гражданская война.
2 апреля 1596 года гугеноты учредили в Лудене свою постоянную ассамблею, которая впоследствии заседала в Вандоме, Сомюре и, наконец, в Шательро. В ее состав входило около 80 членов, наиболее видных деятелей гугенотской партии. Генрих IV не хотел разрывать с ними отношений и потому направил на собрание в Луден своих представителей. Все были согласны относительно необходимости эдикта об умиротворении, но разногласия начались при составлении конкретных статей. Захват Амьена испанцами ужесточил притязания ассамблеи в Шательро. Вожди протестантов отказались присоединиться к королевской армии и начали сепаратные переговоры с Елизаветой Английской.
Очень некстати вновь возникли осложнения с Парижским парламентом, слишком легко и быстро прощенным королем и потому опять проявлявшим свою строптивость, отказываясь вотировать кредиты, необходимые для содержания армии. Больной и раздраженный Генрих IV вернулся в Париж. Народ приветствовал его, а члены парламента продолжали упорствовать, набивая себе цену и, видимо, намереваясь поставить короля под свой контроль. Это был прежний дух Лиги, еще не выветрившийся из многих из них. По возвращении в Париж 13 апреля 1597 года король обратился к парламенту с посланием, в котором просил выделить средства на армию, однако того не тронуло обращение монарха. Члены парламента, уязвленные тем, как их привели к повиновению, долго тянули с ответом. 27 апреля они направили депутацию к королю, осмелившуюся заявить ему, что Бог вручил им судебную власть и только перед Богом, а не перед королем, ответственны они в своих решениях. На это Генрих IV возразил, что ему Бог вручил судебную власть, а уж он делегирует ее им, членам парламента. Однако и после этого парламент продолжал юлить и изворачиваться, и у короля лопнуло терпение. 13 мая Генрих IV, в боевом облачении и при оружии, лично явился к депутатам и грозным приказанием напомнил им об их долге, что незамедлительно возымело действие, и требуемое решение было принято.