В Великий вторник 6 апреля 1599 года она, возлежа на носилках, покинула Фонтенбло. Король проводил ее до берега Сены. Поскольку «царская невеста» была на девятом месяце беременности и ей трудно было переносить тряску в карете, для переезда избрали водный путь. Возлюбленные расставались со слезами на глазах, еще не зная, что более им не суждено свидеться. По прибытии в Париж Габриель, предварительно освежившись в Арсенале у своей сестры Дианы, направилась в дом финансиста Замета (с которым, если верить Бассомпьеру, была весьма близко знакома), где отобедала. Сразу же затем она поехала в особняк своей тетки мадам Сурди, хотя из-за враждебности толпы переезды по столице и не доставляли ей удовольствия. На следующий день она присутствовала на богослужении в монастыре Пти-Сен-Антуан, во время которого почувствовала себя плохо, хотя в ее распоряжение и предоставили, дабы оградить от назойливого внимания посторонних, отдельную капеллу. Там она пообщалась с дамами семейства Гизов, передавшими ей последние парижские новости, отнюдь не поспособствовавшие улучшению ее самочувствия: королю, которого испанцы хотят «убить или женить», угрожают новые покушения, а саму герцогиню де Бофор подозревают в сговоре с гугенотами; авторы памфлетов не перестают обвинять короля в потворстве гугенотам, говоря, что горбатого могила исправит, поэтому не обойтись без новой Варфоломеевской ночи.
Возвратищиись в особняк мадам Сурди, она слегла. 8 апреля у нее начались родовые схватки, и на следующий день она родила мертвого ребенка. 10 апреля Габриель д’Эстре умерла в страшных муках. Еще будучи в полном сознании, она послала гонца уведомить короля. Тот, как только получил тревожное известие, вскочил на коня, однако, еще не добравшись до места, повстречал других гонцов, которые сообщили ему о смерти его возлюбленной. На самом деле она еще была жива, но короля решили задержать, опасаясь, как бы он не заключил брак с Габриелью in extremis, при последнем издыхании метрессы. Генриха проводили в соседнее аббатство, где он рухнул на постель, словно сраженный молнией. Затем он возвратился в Фонтенбло, не желая видеть, как парижане шумно выражают свою кощунственную радость по поводу смерти ненавистной герцогини.
Родственники покойной действовали, как всегда, деловито. Антуан д’Эстре, претендовавший на наследство своей дочери, незамедлительно направил в ее особняк повозки, чтобы вывезти мебель и драпировки прежде, чем люди короля оприходуют их. Таинственным образом стали исчезать драгоценности, даже кольца, которые были на пальцах покойной. И все же в принадлежавших ей апартаментах в Фонтенбло удалось найти бриллиантов и жемчуга на 84 тысячи экю. У принцев крови, когда они узнали о внезапной кончине королевской метрессы, вырвался вздох облегчения: теперь ее сыновья Сезар и Александр не будут дофинами. Конде, еще мальчик, ломал непристойную комедию. Изображая глубокую скорбь, он закрыл лицо плащом, а затем, в ответ на вопрос матери, что происходит, внезапно откинул покров и, громко хохоча, сказал: «Мадам герцогиня умерла!»
Тысячи людей побывали тогда в особняке Сурди, бесстыдно пялясь на «королевскую шлюху», облаченную в платье из алого бархата, которое было приготовлено для ее свадьбы. Эта женщина, еще вчера настолько красивая, что лишала рассудка короля, теперь лежала до неузнаваемости обезображенная мучительной агонией. Дабы пресечь неизбежные в подобных случаях слухи, вызванные странной болезнью и скоропостижной смертью, провели вскрытие, выявившее в качестве причины летального исхода послеродовую горячку. Но почему ребенок умер еще во чреве матери, из-за чего хирургам пришлось извлекать его «по кускам и частям»? Разумеется, результат вскрытия ничуть не убедил падкую на сенсации публику. Замета тут же обвинили в отравлении, но зачем ему надо было делать это? Одни говорили, что он действовал в сговоре с французскими противниками брака Генриха IV с Габриель д’Эстре, другие называли в качестве заказчика преступления Алессандро Медичи, кардинала Флорентийского, мечтавшего выдать замуж за французского короля свою племянницу Марию — забегая вперед скажем, что так оно вскоре и случилось. Находились и такие, которые выдвигали совершенно невероятную на первый взгляд версию, утверждая, что Замет действовал по приказу самого Генриха IV. Видимо, основанием для подобного предположения послужило то, что король слишком быстро (до неприличия быстро) утешился после смерти любимой метрессы, благо недостатка в утешительницах не было. Неужели Генрих IV в последний момент признал справедливость доводов Сюлли, осознал, что, заключая осуждаемый всеми брак, ставит под удар все, чего с таким трудом добивался на протяжении десятилетий? Королевство вновь охватили бы смуты, а кинжал наемного убийцы, возможно, добрался бы до короля на десять лет раньше. Но как бы то ни было, в скоропостижной кончине Габриели д’Эстре далеко не все до конца понятно (проводившееся вскрытие не очень убеждает) — слишком уж своевременной и для многих выгодной была она.