Есть все основания полагать, что дело обстояло бы иначе, если бы Генрих IV был внимательным и степенным супругом, чего королева по праву могла ожидать от пятидесятилетнего человека, который уже с избытком заплатил дань Венере. Но нет: буквально с первых дней супружеской жизни Генрих покинул жену, чтобы отправиться к любовнице и обрюхатить ее. Но и этого мало: когда обе, и жена и любовница, были беременны, Генрих IV пустился в одну из самых некрасивых своих любовных авантюр: он купил за 50 тысяч ливров благосклонность мадемуазель де Ла Бурдезьер, родственницы Габриель д’Эстре, и не постыдился прямо объявить об этой связи и жене, и метрессе. Впрочем, и эта хорошо оплаченная «любовь» не мешала ему заводить мелкие интрижки с фрейлинами королевы.
История с мадемуазель де Ла Бурдезьер получила широкую огласку благодаря главным образом упрекам Сюлли, которого приводила в ярость мысль о том, что придется выплатить из государственной казны столь значительную сумму. Внесли свою лепту и сетования доверенных людей королевы, утверждавших, что «бедняжка» не получает ни гроша из 12 тысяч экю своего пенсиона, тогда как король без счета тратит деньги на любовниц. Казалось, Генрих IV получал удовольствие, давая повод для критики: он похвалялся, что четыре дамы в Париже одновременно беременны благодаря его стараниям, и сокрушался по поводу того, что фрейлина королевы оказалась не девственницей. Когда Мария Медичи выговаривала ему за его любовные похождения, он без стыда ответил ей, что любит ее как свою супругу, а других — ради своего удовольствия.
Когда 27 сентября 1601 года королева рожала дофина, будущего Людовика XIII, король показал себя образцовым супругом, не отходя от жены во время родов и прослезившись от радости, узнав, что родился сын. Но уже 4 ноября того же года этот положительный образ супруга и отца он вчистую смазал, оказав те же самые знаки внимания Генриетте д’Антраг, разрешавшейся от бремени, и точно так же, как при рождении дофина, прослезившись от радости при появлении на свет бастарда. Генрих IV мало заботился о том, что говорят о нем. За неделю до рождения сына Генриетты д’Антраг он писал ей: «Дорогая, моя жена, полагаю, опять беременна. Поторопись же подарить мне сына, чтобы я мог сделать тебе еще дочь». Программа была безупречно выполнена, и во второй раз королева и фаворитка разрешились от бремени с интервалом в два месяца.
Это скандальное поведение Генриха IV не осталось без последствий в период заговора семейства д’Антраг: Генриетта утверждала, что именно она родила дофина, а у «флорентийки» — бастард. К Марии Медичи она относилась теперь с еще большей наглостью и презрением.
Всего за годы супружества у королевской четы родилось шестеро детей, и тем самым Мария с честью выполнила наказ, полученный ею от дяди, великого герцога Тосканского, в момент отъезда из Флоренции: «Постарайся забеременеть». К тому времени еще не изгладилась из памяти долгая бездетность Екатерины Медичи, ставшая для нее источником многочисленных неприятностей и огорчений. Только рождение здорового потомства могло упрочить положение Марии при дворе и завоевать если не любовь, то хотя бы признательность Генриха IV. Вслед за первенцем в 1602 году появилась на свет Елизавета, будущая королева Испании, в 1606-м — Кристина, в будущем герцогиня Савойская, в 1607-м — Николя, умерший в детстве, в 1608-м — Жан Батист (Гастон), будущий герцог Орлеанский, и в 1609 году — Генриетта, будущая королева Англии.
Королева показала себя не слишком изобретательной в своем противоборстве с фавориткой короля — она лишь негодовала и беспрестанно устраивала сцены супружеской ревности. Однажды она чуть было не отвесила беспутному супругу увесистую оплеуху, но присутствовавший при скандале королевской четы Сюлли, который и описал в своих мемуарах эту сцену, вовремя успел перехватить тяжелую руку Марии, предотвратив непоправимое. Монарх, словно нарочно желая обострить конфликт, заявил, покидая королевские апартаменты и отправляясь к своей метрессе, что не вернется в Лувр, если маркиза де Верней не поселится там. Мария отвечала, что не желает иметь ничего общего с королевской шлюхой.