К Генриху возвращался его прежний наставник Ла Гошри, а на должность гувернера заступил другой стойкий гугенот — месье Гуляр де Бовуар. Екатерина Медичи наглядно продемонстрировала собственную приверженность к веротерпимости, одинаково не приемля ни ультракатолицизм Гизов, ни скандальные выходки гугенотов. Л а Гошри, достаточно хорошо владевший латинским и древнегреческим языками, применял свою методику преподавания. Он не заставлял Генриха зубрить правила грамматики, читать и писать, а велел многократно повторять схваченные на слух фразы. В результате латынь и греческий усваивались естественным образом, подобно тому, как ребенок учится родному языку. Любимым изречением Генриха было «Aut vincere aut morí» — «Победить или умереть». Екатерина Медичи, однажды узнав об этом, была немало удивлена и поинтересовалась, кого это собирается победить принц Наваррский и за что он готов умереть. Будучи достаточно просвещенным человеком, она понимала смысл этого древнего изречения, но была решительной противницей того, чтобы детям с малолетства внушали подобного рода убеждения, делающие их упрямыми и несговорчивыми. Она полагала, что такие люди, не желающие идти ни на какие компромиссы, обречены на неудачу. Видимо, Генрих усвоил урок королевы, в дальнейшем сделавшись непревзойденным мастером компромисса.
Домашнее воспитание принца Наваррского дополнялось посещением занятий в Наваррском коллеже, где он обучался вместе с двумя другими Генрихами — герцогом Анжуйским, будущим Генрихом III, и герцогом Гизом, с которыми судьба связала его навсегда, до смертного конца тех двоих, то дружбой-соперничеством, то непримиримой враждой и политической конкуренцией. Наваррский коллеж, учрежденный королевой Жанной Наваррской, супругой короля Франции Филиппа Красивого, без малого за три века до описываемых событий был наиболее престижным учебным заведением Латинского квартала. Здесь Генрих получал начальное, так называемое грамматическое образование, предшествовавшее обучению в университете. Часы, проведенные в коллеже, были наполнены не только учебными занятиями, но и тесным общением с юными принцами, на что и рассчитывала Екатерина Медичи, желавшая воспитывать их в дружбе и товариществе. Однако взаимоотношения трех Генрихов не были столь безоблачны, как хотелось королеве-матери. Между Генрихом Наваррским и Гизом то и дело возникали стычки, от словесной перебранки до драки. Их за это наказывали, что не меняло дела. Одни объясняли происходившее несовместимостью темпераментов, а другие усматривали уже тогда зародившуюся в Генрихе Гизе ненависть к Наваррцу, которому он хотел мстить заодно с Колиньи и прочими вождями протестантов, повинными, по его убеждению, в недавней гибели его отца, герцога Гиза.
Франсуа Гиз по прозвищу Меченый был вероломно убит при осаде Орлеана 24 февраля 1563 года гугенотом Польтро де Мере. Вдохновителем этого преступления объявили Колиньи, который прямо заявлял, что смерть Гиза является величайшим благом для королевства, церкви и лично для него. В дальнейшем он сам поплатится за это жизнью, а пока что единственной, кто безусловно выиграл, была Екатерина Медичи. Освободившись от тягостной для нее опеки со стороны клана Гизов, она почувствовала себя полновластной правительницей королевства. Еще ранее, 19 декабря 1562 года в битве при Дрё, когда королевская армия одержала блестящую победу, в плен к протестантам попал коннетабль Монморанси, политические претензии которого также были весьма обременительны для королевы-матери. Провидение избавило ее от обоих не в меру ретивых «защитников» веры и монархической власти во Франции, и Екатерина Медичи смогла в очередной раз продемонстрировать свою приверженность мирному сосуществованию, подписав 19 марта 1563 года Амбуазский мир, знаменовавший собой завершение первой Религиозной войны, и издав Амбуазский эдикт. Памятуя о Варфоломеевской ночи, принято думать, что королева-мать была фанатичной католичкой. Это представление весьма далеко от истины. Воспитанная в свободомыслии итальянского Ренессанса, Екатерина Медичи была почти безразлична к конфессиональным вопросам. Она была настолько убеждена в необходимости согласия между католиками и протестантами, что готова была существенно ограничить притязания своих католических подданных ради умиротворения королевства. Амбуазский эдикт провозглашал свободу совести и предоставлял право отправления протестантского культа, хотя и ограниченное, распространявшееся главным образом на верхушку общества. Учитывая, что в военном отношении гугеноты потерпели поражение, эта уступка им со стороны королевской власти была даже слишком большой, однако они отнюдь не испытывали чувство удовлетворения, при любом удобном случае выражая недовольство. Еще больше были недовольны католики, не понимавшие столь терпимого отношения королевы-матери к еретикам. Никто не хотел мира, и для новой войны достаточно было любого повода.