Врач Амбруаз Паре, бывший, несмотря на то, что являлся гугенотом, придворным хирургом Генриха II, Франциска I, Карла IX и Генриха III, основывавший хирургию на знании анатомии, ампутировал Колиньи два пальца и извлек застрявшую в руке пулю. Рана оказалась неопасной, и состояние здоровья адмирала не вызывало опасений. О покушении незамедлительно проинформировали Карла IX, который в приступе гнева воскликнул: «Никогда мне не будет покоя! Вечно какие-то беспорядки!» Король распорядился провести самое тщательное расследование. Тем временем у изголовья раненого собрались Генрих Наваррский, Конде, Ларошфуко и другие представители гугенотской верхушки. Ожидали прибытия Карла IX. Екатерина Медичи, не желая допустить общения сына наедине с Колиньи, во всеуслышание заявила: «Весь двор должен засвидетельствовать свое почтение жертве столь гнусного преступления». В такой многочисленной компании Карл IX не имел возможности поговорить с адмиралом с глазу на глаз, а тот при лишних свидетелях не решился называть имена виновных. Дело ограничилось высокопарным заявлением и грозным обещанием со стороны короля: «Хотя ранили вас, боль испытал я. Но, клянусь Богом, я беспощадно покараю виновных, так что запомнят навсегда!»
Найти вдохновителя, организатора и исполнителя покушения на Колиньи не составило труда. Следствие сразу же вышло на Морвера, которого наняли, а затем укрывали Гизы, предоставив ему из своей конюшни лошадь, дожидавшуюся наемного убийцу на заднем дворе, на которой тот после неудачного выстрела поспешил скрыться. Что же касается аркебузы, найденной на месте преступления, то она имела маркировку Генриха Анжуйского. Не дожидаясь дальнейшего развития событий, Гиз попросил у короля разрешения покинуть Париж, а пока что укрылся в своем особняке. Протестанты передвигались по городу группами, не выпуская из рук оружия. Некоторые из них сочли за благо покинуть столицу, пока не поздно. Католические проповедники с амвона метали в еретиков гром и молнии. Париж был подобен пороховой бочке, в смятение пришли даже наиболее уравновешенные его обитатели.
Королева-мать уже знала, что протестанты считают ее ответственной за покушение, и небезосновательно опасалась вспышки гнева Карла IX. Надо было действовать незамедлительно, нанося упреждающий удар. После полудня в субботу она собрала своих сторонников под предлогом прогулки в саду Тюильри. Присутствовали Гонди, Бираго (миланец, заменивший Мишеля Лопиталя на посту королевского канцлера), Невер и Таванн, позднее описавшие эту встречу в своих мемуарах, а также герцог Анжуйский и еще несколько приближенных. На этом тайном совещании было решено убить, чего бы это ни стоило, адмирала, а заодно, дабы совершенно обезглавить гугенотскую партию, с дюжину других наиболее видных предводителей протестантов. В этот список не попали принц Конде, за которого заступился его родственник герцог Невер, и Генрих Наваррский, которым не желали жертвовать ни Екатерина Медичи, ни Карл IX. Ликвидировать обреченных на смерть предстояло открыто, не прибегая к хитростям и уловкам, требующим так много времени, которого уже совсем не оставалось. Однако без согласия короля это сделать было невозможно, а он, как известно, обещал отомстить за покушение на Колиньи… Присутствие духа, смелость и находчивость, проявленные в этой ситуации Екатериной Медичи и Генрихом Анжуйским, заслуживали бы самого искреннего восхищения, если бы нашли свое применение в благом деле, а не в совершении столь чудовищного преступления. Зная непредсказуемость характера Карла IX, они реально рисковали, однако у них не оставалось выбора. Протестанты не скрывали своих намерений. Накануне за ужином молодой гасконец Пардальян, паж Генриха Наваррского, отважно заявил, обращаясь к королеве-матери: «Если адмиралу и суждено потерять руку, поднимется тысяча других рук, чтобы устроить такую резню, от которой по королевству прольются кровавые реки!» Понятно, что подобного рода заявления не прибавляли Екатерине Медичи оптимизма.
В восемь часов вечера 23 августа она в своем обычном черном платье, еще больше оттенявшем бледность ее лица, в сопровождении Генриха Анжуйского вошла к королю. Говорила сама Екатерина, даже не пытаясь скрывать участия в покушении на Колиньи — ни своего собственного, ни Генриха Анжуйского. Главным ее аргументом было намерение спасти королевство и особу самого короля, которым угрожал чудовищный заговор. Адмирал, утверждала она, прикрывал красивыми словами собственную измену. Единственное, чего он добивался, — власть для гугенотов, для достижения которой он готовил резню католиков, начиная с королевского семейства. Многочисленные гугеноты, приехавшие с Генрихом Наваррским на его свадьбу, не имели иной цели, кроме как, воспользовавшись удобным случаем, захватить Лувр и пленить короля. Всё прочее — лишь коварные уловки проклятых еретиков… Так продолжалось долгих два часа. Потрясенный услышанным, Карл IX тем не менее все никак не мог усомниться в лояльности Колиньи, однако мало-помалу возражения с его стороны стали сменяться молчаливым согласием. Уловив нужный момент, Екатерина Медичи выложила свой главный козырь, спросив короля, чего он боится. Неужели присутствия гугенотов во дворце? Разве он менее отважен, чем его брат-победитель при Жарнаке и Монконтуре? Слышать подобное для Карла IX, именно за эти победы ненавидевшего своего брата, было выше его сил, и он выкрикнул: «Пусть будет так, черт побери! Но тогда уж убейте их всех, чтобы некому потом было упрекать меня! Немедленно отдайте приказ».