Комитет шестнадцати, воспользовавшись беспорядками, провел чистку парламента, в лояльности которого у него были основания сомневаться. Он провозгласил себя Комитетом общественного спасения, принимал самые жестокие меры, вплоть до казней, и рассылал манифесты и воззвания провинциальным городам. Благодаря их стараниям, а также усилиям вождей Лиги мятеж перекинулся на Шартр, Лион, Орлеан, Тулузу и Руан, помимо множества менее значительных городов. В Блуа Генрих III попытался было опереться на Генеральные штаты, но, убедившись в тщетности этой попытки, распустил это собрание. Отказался он и от мысли провести задним числом процесс по делу Гизов, поскольку Екатерина Клевская, вдова герцога Гиза, обратилась в Парижский парламент с ходатайством о проведении расследования убийства ее супруга.
Герцог Майенн, брат убитых Гизов, счастливо избежавший их участи, 15 февраля вступил в Париж во главе пятисот дворян-кавалеристов и четырех тысяч пехотинцев. Ему был оказан поистине королевский прием. У Майенна имелся четкий план действий. Он собрал в ратуше всю городскую верхушку и стал доказывать необходимость формирования верховного совета Лиги, авторитет которого не ограничивался бы одной столицей, но распространялся бы на всю Францию. Предложение было принято, и членов совета выбрали тут же, причем 15 из них по предложению герцога. Верховный совет Лиги назначил Майенна генеральным наместником королевства с прерогативами суверена. Герцог Омаль получил должность губернатора Парижа, а на 15 июля наметили созвать Генеральные штаты.
Фактически смещенный с престола лигёрами Генрих III не знал, что предпринять. Избавившись от опасного соперника, он тем не менее оставался, как говорили, «ничтожным королем». Среди его советников по-прежнему не было единого мнения. Если одни предлагали перещеголять в фанатизме лигёров, беспощадно преследуя протестантов, то другие, наоборот, убеждали его в необходимости сближения с королем Наваррским, поскольку союз с ним в данной ситуации мог быть единственным спасением. Генрих III приободрился, получив от герцога Эпернона первое подкрепление в составе 120 человек дворянской конницы и двух тысяч аркебузиров. За этим небольшим отрядом вскоре последовали и другие, заставив короля думать, что не все еще потеряно: вопреки стараниям его врагов по крайней мере часть народа сохраняла верность ему, поскольку экстремизм парижских «Шестнадцати» претил здравому смыслу французов.
Город Блуа в стратегическом отношении был слишком уязвим, и Генрих III решил перевести королевскую администрацию в Тур. Таким образом, как во времена Столетней войны, при Карле VII, во Французском королевстве образовалось двоевластие: два парламента, две счетные палаты, две канцелярии. Тем временем дипломаты Генриха III предпринимали усилия, чтобы добиться от папы Сикста V прощения за убийство кардинала Гиза. Однако папа хотя и был отлично осведомлен о воинственном характере кардинала и его деятельности, пригрозил королю отлучением от церкви. Генриху III, проклятому папой и находившемуся под угрозой столкновения с герцогом Майенном, не оставалось выбора. Если он хотел спасти государство, под коим подразумевалась монархия во Франции, то ему надо было договариваться с королем Наваррским.
Понятно, что гугеноты, зная, в сколь бедственном положении находится Генрих III, рассчитывали извлечь немалую выгоду для себя. Однако среди них не было единства, поскольку наиболее непримиримые не желали пачкать свое правое дело союзом с королем. Иного мнения был сам Генрих Наваррский, усматривавший в сложившейся ситуации уникальную возможность разделаться со своими противниками и приблизиться к трону Франции. Его позиция заметно укрепилась после того, как из Женевы прибыло послание от Теодора де Беза, рекомендовавшего ему заключить союз с французским королем. Мнение, высказанное вождем кальвинистов, разом замкнуло уста непримиримых противников сближения двух королей. Генрих Наваррский направил своего лучшего советника Дюплесси-Морне в Тур к Генриху III, чтобы предложить ему помощь гугенотов. Можно представить себе, какие душевные муки переживал государь-католик, искренне ненавидевший еретиков: ведь он, вступая в союз с гугенотами, губил свою душу! Подспудно, видимо, все еще надеясь договориться с единоверцами-католиками и потому не желая раньше времени предавать дело огласке, он принял Дюплесси-Морне тайком, велев ему явиться в переодетом виде. И все-таки в конечном счете соображения государственного интереса, желание спасти монархию, взяли верх над религиозными убеждениями. Впрочем, гугеноты не так много и требовали: перемирие сроком на шесть месяцев на условиях статус-кво, возможность отправления своего культа и крепость на Луаре, которая могла бы служить им опорным пунктом. 3 апреля 1589 года соответствующий договор был подписан. Генрих Наваррский получал Сомюр, занимавший ключевое положение на Луаре, куда и вступил 21 апреля. Насколько трудно далось это решение Генриху III, можно судить уже по тому, что, как свидетельствуют очевидцы, при подписании договора он даже прослезился, выдвинув в качестве дополнительного условия сохранение его в тайне в течение двух недель. Для чего это было ему нужно? На что он еще рассчитывал?