Осмелев, она повторила поступок Колиньи, который провел в своем доме в Фонтенбло протестантское богослужение. В Сен-Жермене триста человек откликнулось на приглашение королевы Наваррской, они пришли к ней петь псалмы в прекрасном переводе Клемана Маро. Жанна даже дерзнула пригласить на эту церемонию папского легата, кардинала Феррарского. Как сообщает пфальцский курфюрст, в этот день в хоре слышались детские голоса Генриха Наваррского и его кузена Конде.
Королева-мать не отставала, она решила открыть часовню Святого Людовика для двух религий: один день там проходили протестантские причащения, а на другой — служили католические мессы. В Фонтенбло она уже присутствовала на проповеди адмирала Колиньи, теперь же она ходила на оба богослужения. Что касается Антуана, то он сопровождал Карла IX на мессу, потом Жанну на причащение.
Екатерина Медичи решила изменить религиозное воспитание своих детей, она позволила им читать молитвы на французском и петь псалмы. По просьбе Жанны Теодор де Без не уехал после окончания коллоквиума Пуасси. С его помощью она хотела попытаться обратить в новую веру самого короля, который с некоторых пор проявлял к этому готовность. Первые результаты были обнадеживающими: «Когда я буду править самостоятельно, — заявил Карл IX, — я откажусь от католицизма. Но я прошу вас держать мое решение в тайне, чтобы это ни в коем случае не дошло до ушей моей матери». Жанна предприняла попытку переубедить герцога Орлеанского, будущего Генриха III, за которого Антуан мечтал выдать замуж свою дочь Екатерину. Мальчик, до этого ревностный католик, быстро поддался влиянию. Его сестра Маргарита, всегда остававшаяся верной католицизму, пишет в своих мемуарах, что он даже пытался вырвать у нее из рук молитвенник и бросить его в огонь.
Эти крайности не понравились королеве-матери, и она запретила Жанне воспитывать строптивую Маргариту в новой вере. Но в то же время она смотрела сквозь пальцы на кощунственные забавы юных принцев, в которых участвовал и принц Беарнский. 24 октября 1561 г. испанский посол сообщает, что когда Екатерина Медичи беседовала с папским легатом, дверь с шумом распахнулась, и принцы верхом на ослах ворвались в комнату. Во главе процессии ехал маленький Беарнец в красной сутане, за ним следовали Карл IX, его братья и товарищи, переодетые в прелатов и монахов. Екатерина расхохоталось, кардинал из вежливости тоже вынужден был улыбнуться. В ноябре богохульство повторилось, но на этот раз за Карлом IX в митре и стихаре следовали Генрих и принцы Валуа. Такие, как выразилась Екатерина, «детские шалости» были характерны для этих странных месяцев.
К концу года кальвинизм все больше заполонял страну. На молитвенных собраниях присутствовали огромные скопления людей — до 6 000 человек. С полным основанием можно предполагать, что численность французских протестантов достигла 2 миллионов из 17 или 18 миллионов подданных королевства. Мишель де Л'Опиталь при участии Беза и Колиньи готовил январский эдикт, который впервые должен был разрешить во Франции протестантские службы, правда, при определенных ограничениях.
В католическом лагере возрастало беспокойство. Французское духовенство выступало с многочисленными протестами. Рим и Мадрид объединили усилия, чтобы помешать Екатерине Медичи продолжать свою «сатанинскую» политику. Под их влиянием в начале 1562 г. за несколько недель ситуация резко изменилась. Антуан получил от Испании заманчивое предложение относительно Сардинии с условием, что он проведет в Королевском Совете предложение о запрещении кальвинизма. Королева-мать поняла, что она зашла слишком далеко, поэтому начала искоренять ересь в собственном доме: бывшие учителя Карла IX вернулись к своим обязанностям, придворные дамы были призваны к порядку. Гизы снова были в фаворе, Шатильоны, соответственно, удалились.
В наваррской королевской семье с неистовой силой вспыхнула враждебность между супругами. Антуан сделал окончательный выбор в пользу Рима, и Без называл его новым Юлианом Отступником. Понуждаемая мужем вернуться к католичеству, Жанна воскликнула: «Если б у меня по одну руку было все мое королевство, а по другую — мой сын, я скорее утопила бы их обоих в морской пучине, чем отступилась бы». Антуан после уговоров перешел к строгим мерам. Он запретил жене присутствовать на протестантском богослужении, будь то дома или в другом месте. Узнав, что она тайно ходит на причащения в дом Конде, он впал в бешенство и увез еретичку в Париж. В довершение всего он поселил ее во дворце своего фаворита Филиппа де Ленонкура, епископа Оксеррского, репутация которого была отнюдь не безупречной. Анонимное письмо, адресованное Жанне, называло его «высокопоставленным сутенером парижских мещанок». Разлад в семье достиг апогея. Здоровье Жанны, подорванное бурными сценами, резко ухудшилось. К радости Антуана, одно время даже опасались за ее жизнь. Он уже подумывал развестись с ней, чтобы угодить Мадриду. Если бы небо вернуло ему свободу, он попросил бы руки вдовы Франциска II, Марии Стюарт, вернувшейся к тому времени в Шотландию. Этот брак сделал бы его племянником Гизов!