Опасаясь нападений гугенотов, двор сначала укрылся в Венсенне, старом замке Карла V, огромном, как город. В конце весны Генрих находился там со своими кузенами, но недолго. Королева-мать, вынужденная непрерывно переезжать с королем в зависимости от военных операций, решила разъединить семью. Александра и Маргариту отправили в Амбуаз. Антуан Бурбонский, командовавший тогда королевской армией, тоже опасался за безопасность сына. Вскоре Филипп II потребовал отдать в заложники Генриха до заключения обмена Наварры на Сардинию. Отец испугался и гордо ответил, что судьба принца Беарнского находится в руках короля Франции, чьим верным подданным он являлся, и поспешил спрятать сына в безопасном месте.
Для этого он выбрал принцессу, которой безоговорочно доверял, Рене Французскую, вдовствующую герцогиню Феррарскую. Дочь Людовика XII с 1559 г. уединенно жила в своем замке Монтаржи. Как и Маргарита Ангулемская, она была известна своими симпатиями к кальвинизму и давала убежище гонимым за веру. Как Жанна д'Альбре, она публично объявила о своей вере и так же, как она, позволила гугенотам разграбить церкви Монтаржи. Она пользовалась уважением в обоих лагерях, так как ее дочь Анна вышла замуж за герцога Гиза. Выбор Антуана был удачным. Таким образом, принц Беарнский оказался в Монтаржи под охраной герцогини.
Антуану Бурбонскому, командовавшему католическими войсками, было поручено отобрать у протестантов завоеванные ими города Луары. После поражения у Орлеана ему удалось взять Блуа, Тур и Бурж. На обратном пути он с королевой-матерью и королем заехал в Монтаржи навестить больного оспой сына. Его оставили на попечение врачей, которые усиленно лечили его слабительными средствами и ревенем. Позже, когда гугеноты попытались его похитить, он был срочно перевезен в Париж.
Королевская армия направилась в Нормандию, чтобы отвоевать у гугенотов и английских отрядов, посланных королевой Елизаветой, Руан. Антуан и герцог Гиз сначала взяли приступом форт Святой Екатерины. Оба имели обыкновение отважно сражаться в первых рядах, как простые солдаты. Обходя 16 октября траншеи форта, которые находились на расстоянии выстрела от города, Антуан решил там на некоторое время задержаться. Едва он вышел из-под укрытия земляного вала — говорят, для удовлетворения естественной потребности, — как был сражен выстрелом из аркебузы. Позже происхождение выстрела оспаривалось. Рана показалась несмертельной, хотя врачи не смогли извлечь пулю. Через несколько дней герцог Гиз сломил сопротивление города. Он распорядился нести раненого на носилках во главе войск во время входа победителей в Руан. Состояние здоровья Антуана быстро ухудшалось. Он угасал целый месяц. Забыв о размолвке, он тщетно призывал жену приехать. Жанна не торопилась. Она будет еще в Наварранксе, когда узнает о смерти мужа.
Поскольку королевская армия должна была срочно покинуть Нормандию — боялись нападения гугенотов на Париж, — 15 ноября раненого погрузили на галеру, плывущую вверх по Сене. Через два дня на ее борту Антуан испустил свой последний вздох. Последние дни жизни как в зеркале отразили неопределенность его религиозных убеждений. До отплытия он принял католического священника, который его исповедал и причастил, но на борту он попросил своего врача-кальвиниста читать Священное Писание. Перед смертью он пообещал, что если выживет, будет исповедовать протестантизм, потом схватил за бороду своего слугу и сказал: «Верно служите моему сыну, а он пусть верно служит королю». Ему было сорок четыре года.
Его сын Генрих был тогда в Венсенне. Позже он рассказывал, что видел во сне своего умирающего отца, который заклинал его «никогда не сворачивать с пути добродетели». Двор погрузился в глубокий траур. Екатерина Медичи была в растерянности, в лице Антуана она потеряла политическую опору, но одновременно и командующего войсками. Кому теперь доверить наместничество королевства? Венецианский посол утверждал, что обсуждали кандидатуру маленького Генриха, но больше говорили о других Бурбонах, кардинале, герцоге Монпансье и даже о мятежном Конде. Можно догадаться, что Мадрид отнесся к этим планам отрицательно. Королева из осторожности решила не делать никаких назначений и дожидаться совершеннолетия Карла IX. Так она стала единоличной правительницей королевства.
После смерти Антуана Екатерина доброжелательно вела себя по отношению к Жанне. Разумеется, она настаивала, чтобы принц Наваррский воспитывался при французском дворе, но руководство воспитанием она предоставила его матери. Ребенка водили попеременно то на мессу, то на протестантское богослужение, а его учителя-католики были отстранены. Королева-мать проявила свою благосклонность к ребенку, дав ему жалованные грамоты (25 декабря и 1 января 1563 г.) на должности, которые занимал его отец, — то есть наместника короля, губернатора Гиени и адмирала той же провинции, и к тому же полк в сто копий. Естественно, это делалось не без заднего умысла, так как Генрих был удобным заложником. В ноябре она заставила его подписать в Блуа протест против въезда во Францию немецких наемников, завербованных его дядей, принцем Конде. Жанна возмутилась, что его принудили подписать эти требования, «противоречащие справедливости и воспитывающие в ненависти к протестантской религии» (март 1563 г.).