Наваррский коллеж был по тем временам самым крупным и самым знаменитым учебным заведением Латинского квартала. Со времени его основания королевой Жанной Наваррской, женой Филиппа Красивого, он никогда не терял своей тесной связи с монархией, так как короли часто выбирали среди его выпускников наставников для юных принцев. Из стен Наваррского коллежа вышли знаменитые гуманисты Бюде, Рамус, Данес, Фине.
Во время уроков в коллеже принц Наваррский общался с другими маленькими принцами. Существовало ли между «тремя Генрихами», Наваррским, Анжуйским и Гизом, то доброе согласие «без размолвок», о котором так любят писать мемуаристы? Дипломатические депеши опровергают это упрощенное представление: «Имела место потасовка между принцем Наваррским и герцогом Гизом, за которую оба они были наказаны. Некоторые считают, что они плохо уживаются (15 мая 1563 г.)». Генрих Гиз, бесспорно, питал тайную ненависть к Беарнцу, включая его в свои планы мести адмиралу Колиньи и протестантским принцам, повинным в смерти его отца, герцога Франсуа.
Вернувшись после уроков в коллеже в Лувр, Генрих получал домашнее образование, более соответствующее желаниям его матери. Уроки де Ла Гошри, а потом Пальма Кайе способствовали развитию памяти и укреплению характера с помощью старого метода запоминания изречений. Новшество состояло в отборе этих изречений, которые учителя заимствовали не у средневековых комментаторов, а у классических античных авторов. Мемуаристы цитируют большое количество затвержденных Беарнцем максим, касающихся добродетелей хорошего государя, таких, как великодушие, любовь к народу, отвращение к лести: «Монарх, который любит лесть и боится правды, имеет вокруг своего трона одних рабов… Счастливы короли, у которых есть друзья! Несчастье тем, у кого есть только фавориты».
Учитель-кальвинист прививал ему уважение к Богу, чья воля присутствует во всех деяниях. Мотив Божьей воли будет постоянно присутствовать в переписке Генриха: ничего не может произойти, «если Бог не приложит к этому свою всемогущую длань».
При таком воспитании характер Генриха неизбежно должен был закалиться. Он доказал это во время придворной лотереи, которая состоялась в аббатстве Сен-Жермен-л'Оксерруа. Выигрыш присуждался после жеребьевки билетов, на которых каждый должен был написать не имя, а девиз — прекрасная возможность показать свою ученость. На билете Генриха было написано на греческом и латыни его любимое изречение: «Или победить, или умереть». Королева-мать, убедившись, что ее племянник понимает то, что написал, сделала выговор его учителям. Она запретила учить его подобным вещам, сказав, что они развивают упрямство. Воплощение гибкости, дипломатии, она не могла допустить, чтобы нацеливали на поиски абсолюта принца, которого она намеревалась держать в подчинении.
Протестанты или католики, но юные принцы воспитывались в духе культа героев, особенно великих полководцев античности Кира, Александра, Помпея, Цезаря и Августа. Тон задавал перевод Амио «Истории знаменитых мужей», хотя, как говорят, Карл IX предпочитал ему чтение Макиавелли, а Генрих Гиз — Тацита. Но тем не менее «Параллельные жизнеописания» Плутарха оставались для этих юношей подлинным зеркалом героизма, в котором они стремились увидеть свое изображение. Агриппа д'Обинье позже высмеет подобные стремления: «Дети мои, для вас полезнее подражать посредственным, а не великим, потому что в борьбе с себе подобными вам следует использовать ловкость, которой недостает принцам. Генрих Великий не любил, чтобы люди из его окружения увлекались чтением жизнеописаний императоров и полководцев. Увидев, что Неви слишком привязан к Тациту, он посоветовал ему найти историю жизни своего современника».
Впрочем, Агриппа д'Обинье был не очень высокого мнения об образованности Беарнца. Услышав, как тот приводит множество примеров из античной истории, которые оправдывали его желание жениться на своей любовнице Коризанде, Агриппа скажет: «Зная, как вы не любите читать, я сомневаюсь, что вы сами нашли приведенные вами примеры». Скалигер говорил то же самое: Генрих не умел делать две вещи — «сохранять серьезность и читать».
Однако была одна книга, которая не переставала волновать Генриха Наваррского и которую он перечитывал всю жизнь: рыцарский роман «Амадис Галльский». Кроме «Амадиса», принц читал Цезаря и Вегетия, считая, что их произведения являются необходимым подспорьем для будущего воина. Он даже перевел несколько страниц из Цезаря, так как, благодаря усилиям Гошри, Генрих хорошо знал латынь. Скалигер писал, что «при короле нельзя плохо говорить на латыни, он сразу же это заметит». Стало быть, метод заучивания изречений все же принес свои плоды. Переписка и речи короля не оставляют в этом никакого сомнения. Вызубренные в детстве сентенции служили обычным арсеналом для его речей, когда он хотел одолеть в споре своего противника.