Двор сначала направился в Сане, потом в Труа, где был подписан договор с Англией. Через два дня, 14 апреля, Генрих упал и ударился головой. Ушиб был пустячным, но происшествие послужило поводом для Екатерины написать Жанне любезное письмо: «Если бы наше дорогое дитя не ушиблось, играя в мяч, мы были бы уже в Шалоне. Прежде чем пуститься в путь, я хотела убедиться, что он в состоянии ехать с нами, хотя, хвала Господу, он почти здоров. И я смею вас уверить, что он чувствует себя хорошо, и надеюсь, что вы к своему удовольствию найдете его в добром здравии, так как те, кто его видит, считают его самым красивым ребенком на свете. Надеюсь, он не станет хуже в моих руках».
Королева-мать напомнила «своей товарке», что ее присутствие было бы желательно на следующей остановке. После Бар-ле-Дюк, где она крестила своего первого внука, сына герцогини Лотарингской, Екатерина и двор направились в Лангр, а потом в Дижон, где юные принцы участвовали в учебном обстреле города королевской артиллерией. В Шалоне путешественники сели на корабли и поплыли в Масон, куда несколько дней тому назад прибыла королева Наваррская.
Ее прибытие не прошло незамеченным. Жанну д'Альбре сопровождали восемь одетых в черное кальвинистских священников и вооруженный эскорт из трехсот всадников. Их вид и поведение резко отличалось от пестрой и шумной толпы французских придворных. Более того, известия из Беарна были пугающими. После возвращения на Юго-Запад, Жанна внедряла кальвинизм, не останавливаясь перед самыми крайними мерами. Кальвин послал ей в помощь священника Жана-Раймона Мерлена. В церквах Ласкара и По были запрещены католические богослужения, статуи разрушены. В Беарне была провозглашена свобода совести и теоретическое равенство двух конфессий — теоретическое потому, что фактически протестантские обряды повсюду возобладали над мессой, к ярости католического духовенства и его прихожан. Кардинал д'Арманьяк безуспешно пытался отговорить свою кузину от раскола, предупреждая о возможных последствиях ее опрометчивых действий. Жанна не осталась в долгу. Она вдребезги разбила теологическую аргументацию кардинала, обозвав его при этом «старым невеждой», что привело их к окончательному разрыву. Папа вызвал упрямую мятежницу на суд Инквизиции. Все понимали, что заочный приговор, который будет неизбежно вынесен судом, лишит ее всех владений. К счастью, за нее вступилась перед Римом неожиданная союзница. Екатерина Медичи не могла допустить, чтобы Святой престол распоряжался по своему усмотрению короной, так как такой прецедент был бы опасен также и для Франции.
Из чувства благодарности Жанне следовало бы вести себя в Масоне сдержанно, но ее непримиримость не знала границ. 1 июня, на следующий день после своего прибытия, они ничего не сделала, чтобы помешать своим людям оскорблять процессию в честь праздника Тела Господня, которая шла по улицам во главе с ее деверем, кардиналом Бурбонским. Как и в Вандоме, это было оскорблением не только религии, но и семьи, Бурбонов. Прискорбное происшествие в Масоне вызвало возмущение католиков и омрачило встречу королевы Наваррской с сыном, когда через два дня после этого скандального инцидента двор прибыл в Масон. Тотчас же уведомленная кардиналом, Екатерина решила действовать. Она не хотела, чтобы ее обвинил в слабости испанский посол, который участвовал в путешествии и обо всем подробно информировал своего короля. Королева-мать организовала другую процессию, пригласив на нее Жанну и всех беарнцев, которые должны были идти обнажив голову.
Путешествие продолжилось торжественным въездом в Лион. Генрих, одетый в темно-красный бархат, расшитый золотом, ехал верхом третьим, за королем и его братом. Но Жанне претила вся эта мишура и суетность. Ее все раздражало, и в первую очередь ее деверь, принц Конде, гугенотский герой Орлеана, который стал посмешищем, признав недавно своим сыном ребенка от Изабеллы де Лимейль, одной из красавиц «летучего эскадрона» королевы-матери. Жанна считала своим долгом бороться с безнравственностью, нечестивостью, легкомыслием двора, грозившими погубить душу ее сына. Лион был городом, пронизанным духом Реформации, очагом гуманизма и центром распространения новых идей. Жанна сочла время и место подходящими для перевоспитания сына. Она водила его на протестантские богослужения, проводимые под открытым небом в знак протеста против запрещения короля служить в зданиях. Но она быстро обнаружила, что ее сын больше ей не принадлежал. Он был Бурбоном, его дядя кардинал представлял его иностранным послам как первого принца крови, что подразумевало его принадлежность к католичеству. Более того, чтобы оградить его от влияния матери, принца заперли в его апартаментах и запретили туда доступ кому бы то ни было.