Эпизод в Лектуре произошел, вероятно, во время инспекционной поездки по стране, которую королева поручила сыну. В стране не восстановилось спокойствие, и наваррский заговор не остался без последствий. Екатерина Медичи тайно поддерживала мятежников и их вождя, графа де Люкса, которого она наградила цепью королевского ордена святого Михаила. В 1568 г. ее представитель, Мот-Фенелон, неоднократно пытался добиться прощения для заговорщиков и уговорить Жанну вернуться с детьми ко двору. В июле, когда характер переписки между двумя королевами внушал надежды на перемирие, Генрих воспользовался этим обстоятельством, чтобы потребовать полного осуществления своих обязанностей наместника Гиени, то есть отстранения Блеза де Монлюка, который был назначен на период его несовершеннолетия.
Бегство
Война в Голландии поставила под вопрос примирение двух королев. Испанские войска одержали победу над гезами, но гугенотская партия во Франции приняла сторону восставших. Королева-мать больше всего боялась ответных мер со стороны короля Испании, крайне разгневанного тем, что Франция помогала мятежникам. Она также с удивлением констатировала явное нежелание своих католических подданных соблюдать эдикты о веротерпимости. Настал момент расправиться со всеми вождями протестантской партии, кем бы они ни были, чтобы обезглавить оппозицию. Она отдала приказ арестовать Конде, Колиньи, Андело, кардинала де Шатильона и, разумеется, Генриха Наваррского. После чего направила в Гасконь Жана де Лосса, бывшего наставника принца, поручив ему привезти последнего, будь-то по доброй воле либо «хитростью или силой, когда он будет охотиться».
Намерения Екатерины Медичи стали известны другой стороне. 15 августа 1568 г. Жанна спешно вернулась из Тарба в Нерак. Для ее защиты туда прибыли вооруженные отряды гугенотов. Возвращение Ла Вопильера, которого она послала ко двору требовать претворения в жизнь эдикта о мире, положило конец всем ее сомнениям: отныне любой компромисс был невозможен, монархия решила открыто бороться с гугенотами. Жанне ничего не оставалось, как уступить настойчивым просьбам своих приближенных «сесть с детьми в одну лодку с протестантами». Так королева Наваррская стала во главе французской Реформации.
Эмиссары королевы-матери повсюду терпели фиаско. Все гугенотские вожди сумели вовремя покинуть свои дома и бежали в Ла Рошель. Настала пора уезжать и королеве. 6 сентября она покинула Нерак вместе с Генрихом, Екатериной и пятьюдесятью дворянами. Эмиссар королевы-матери Ла Мот Фенелон, последовал за ней, чтобы уговорить ее вернуться. По дороге он спросил Генриха о причинах его путешествия в Ла Рошель. Тот холодно ответил: «Чтобы не тратиться на траурные одежды», подразумевая под этим, что если принцы крови умрут все сразу, будет меньше расходов на похороны. На следующий день Ла Мот сказал ему, что он будет той головешкой, которая воспламенит Францию, на что Генрих ответил: «Я потушу этот пожар ведром воды, которое заставлю вылакать кардинала Лотарингского, чтобы он лопнул от водянки».
28 сентября 1568 г. Жанна, Генрих и Конде прибыли в Ла Рошель. За несколько дней до воссоединения гугенотов со своими вождями в Ла Рошели Карл IX попытался урезонить своего кузена и друга детства, но жребий был уже брошен. Прикрываясь мифом об общественном благе и своей ролью протестантского мессии, Генрих начал борьбу против короля. Карл IX молниеносно отреагировал на концентрацию сил мятежников. Эдикт от 25 сентября запрещал исповедовать протестантскую религию, предписывал пасторам в двухдневный срок покинуть страну и лишал должностей всех королевских чиновников, примкнувших к Реформации. Кроме того, король отдал приказ своему наместнику в Суле оккупировать Беарн и Наварру.
Военные действия начались. К бургундским отрядам, которые привели Конде и Колиньи, присоединились дворяне из Пуату и Сентонжа. Жанна привела восемь кавалерийских эскадронов и три пехотных полка, набранных в Беарне и Гаскони. Франсуа д'Андело командовал своими бретонцами и анжуйцами. Ожидалось также пополнение из Лангедока. Однако эти дворянские военные соединения были малочисленными, поэтому решили набрать наемников, которые всегда были решающей силой на поле боя. В 1568 г. подошли отряды ландскнехтов, присланные Вильгельмом Оранским и его братом Людвигом Нассау, национальными героями, которые возглавили восставших гезов. Свою помощь пообещал также герцог Баварский.