В ожидании подкрепления Ла Рошель стала опорным пунктом сопротивления. Жанна обосновалась в городе как глава административной, дипломатической и финансовой власти, тогда как Колиньи и Конде брали штурмом соседние города. Их противником был другой Бурбон, герцог Монпансье, наместник короля в Анжу и Турени. Генрих Наваррский участвовал в этих операциях. Первым его штурмом стал Ангулем, за ним последовали Понс и Бле.
В конце лета Екатерина Медичи начала концентрировать свою армию в Орлеане. Командование она поручила не королю, которого нельзя было подвергать опасности, а его брату Генриху, бывшему герцогу Орлеанскому, ставшему два года назад герцогом Анжуйским — последний занял к тому времени вакантную после смерти Антуана Бурбонского должность наместника королевства. Обе противоборствующие армии насчитывали примерно 30000 солдат. Королевская армия двинулась в поход от Луары на Юго-Запад, чтобы помешать гугенотам соединиться с чужеземными войсками, идущими из Германии. После небольших столкновений противники встретились у Лудена, но началась зима и боевые операции были отложены. Биографы Генриха утверждали, что он настаивал на наступлении, несмотря на время года, но исстари не было принято воевать зимой.
В феврале 1569 г. стало ясно, что наемники не подоспеют к назначенному сроку, оставалось только надеяться на обещанное подкрепление с Юга, поэтому Колиньи и Конде двинулись в южном направление. Узнав об этом, герцог Анжуйский немедленно снялся с лагеря и 13 марта перехватил их около Жарнака. Сражение сразу же приняло для гугенотов скверный оборот. Колиньи был окружен противниками, Конде ринулся ему на помощь, но во время рукопашной схватки упал. Вставая, он поднял забрало, чтобы его узнали королевские офицеры, которым он хотел сдаться, но капитан гвардии герцога Анжуйского сразил его в упор выстрелом из пистолета. Эта короткая расправа лишила гугенотов их главного вождя.
Упомянутое событие стало решающим для судьбы принца Наваррского. Несмотря на свой юный возраст — пятнадцать лет и три месяца, он неожиданно выдвинулся на передний план. Жанна отважно взвалила на свои плечи бремя ответственности за семью — она заложила свои драгоценности и часть владений, чтобы пополнить армию. Перед строем войск и в присутствии мэра Ла Рошели она представила нового верховного главнокомандующего — своего сына. После того как он поклялся своей душой, честью и жизнью служить правому делу, войска восторженно приветствовали его и провозгласили вождем.
Портрет, хранящийся в Женевской библиотеке, изображает принца в возрасте пятнадцати или шестнадцати лет в кожаном военном колете. Лицо вытянулось и стало мужественнее, щеки слегка впали, нос начал «бурбонизироваться», коротко подстриженные волосы открывают высокий лоб, взгляд волевой и проницательный. Увеличилось сходство с матерью, но с виду это уже юный сатир, дерзкий и насмешливый.
О главенствующей роли принца Наваррского свидетельствует возросший объем его переписки. Он просит помощи и субсидий у курфюрста Саксонского или у королевы Англии, ведет письменные переговоры с герцогом Анжуйским о судьбе раненых, взятых в плен при Жарнаке. Мать все еще руководит им, ее язвительный стиль легко угадывается в его письмах, особенно в тех, где содержатся упреки по поводу убийства Конде или протесты против претензий Гизов, заявивших, что ведут свое происхождение от Карла Великого. После бесчисленных проволочек останки принца Конде были возвращены и захоронены в Вандоме, вероятно, в соборе святого Георгия.
Отступление адмирала
После поражения при Жарнаке Колиньи решил ожидать подкрепление. В конце марта отряды герцога Баварского вступили во Францию и продвигались через Бургундию; и Берри. Войска соединились в Сент-Ирье. Благодаря этому пополнению гугенотская армия превосходила теперь королевскую на 4–5 тысяч кавалеристов и на 10–12 тысяч пехотинцев. Но неожиданные обстоятельства вынудили адмирала разделить свои войска. Поскольку граф де Люкс, несмотря на приказы короля, не спешил с вторжением в Беарн, герцог Анжуйский поручил эту задачу более энергичному военачальнику, Антуану де Торриду. За два месяца Торрид выполнил это приказание, не сумев взять лишь крепость Наварранкс. Гугеноты не могли допустить оккупации Беарна, единственного оплота Реформации, поэтому Колиньи послал часть войска с Габриелем де Монгомери, поручив ему набрать пополнение в Керси, Альбигуа и графстве Фуа, чтобы отвоевать занятые Торридом земли. Затем адмирал выступил против королевской армии и осадил Пуатье, но энергичная оборона города Генрихом Гизом вынудила его снять осаду и отступить.