Второй, более серьезный, скандал с двором произошел в 1583 г. Генрих III был недоволен возвращением своей сестры. В то время он попал под влияние двух своих фаворитов, герцогов Жуайеза и д'Эпернона, которым он ни в чем не отказывал. Второму он с удовольствием отдал бы наместничество в Гиени и руку принцессы Наваррской. Маргарита регулярно информировала мужа о событиях при дворе, чтобы заманить его в Париж. Она язвительно высмеивала обоих герцогов, выскочек незнатного происхождения, которых она презирала, а также нравы своего брата. Поведение Маргариты тоже не было безупречно — она снова встретила своего бывшего любовника, красавца Шамваллона, «свое солнце», своего «паладина и раба», и стала преследовать его своими домогательствами, даже когда он решил жениться.
Кризис разразился летом 1533 г. Генрих III переживал тогда приступ мистицизма, увеличив число паломничеств и процессий, которые он чередовал с лечением от бесплодия на водах. Одержимый идеей укрепления римской католической церкви и проблемами, связанными с его престолонаследием, он осудил действия своего брата в Нидерландах. 3 июля он узнал, что Месье набирает новые войска и, возможно, при сообщничестве Маргариты замышляет его гибель. Реакция этого слабовольного и импульсивного человека была неистовой. Его гнев пал на Маргариту. В прошлом месяце он уже попросил сестру удалить за распутство двух ее придворных дам, мадам де Бетюн и мадам де Дюра, и вернуться к мужу, но она этого не сделала. 4 августа он написал Генриху, что требует отъезда этих двух дам «как опасной нечисти». Через три дня он повторил свой приказ сестре покинуть Париж и послал двух стражников обыскать жилище Шамваллона.
Не говоря уж о знаменитом эпизоде в Лувре, когда Генрих III во время бала прилюдно оскорбил сестру, последний приказ короля поверг всех в изумление. Маргарита, как побитая собачонка, отправилась по дороге на Гасконь, а дамы удалились по другой дороге. Генрих III, в тот же день уехавший на воды в Бурбон-Ланей, встретил по дороге кортеж сестры и снова унизил ее, сделав вид, что не узнает. Эта встреча, по-видимому, воскресила его ярость, так как через некоторое время он послал стражников остановить кортеж королевы Наваррской. Маргариту попросили снять маску, которую она носила во время путешествия, как все знатные женщины, обыскали ее багаж и арестовали слуг. Другие стражники задержали двух дам, которых король лично допросил, интересуясь поведением сестры.
На письмо от 4 августа Беарнец ответил с холодной вежливостью: он давно знает о «скандальном поведении мадам де Дюра и мадам де Бетюн», но так как его жена «имеет честь быть вашей сестрой, я был бы слишком низкого мнения о вашей природной доброте, если бы заботился о ней издалека больше, чем Ваше Величество вблизи». Маргарита, писал он, несомненно, согласится расстаться с ними и сумеет окружить себя «достойными женщинами и мужчинами». Однако, когда страсти улеглись, оскорбление, нанесенное королеве Наваррской, предстало в истинном свете и мужу, и Генриху III, и еще больше ее матери, узнавшей о скандале задним числом. Муж решил потребовать объяснений и 17 августа послал к Генриху III Морнея. Морней попросил короля сообщить ему, «совершила ли королева поступок, стоящий подобного оскорбления», и чьим свидетельствам он поверил, так его государь хочет узнать правду и соответственно встретить жену или как виновную, или как жертву. Смущенный Генрих III извинился за огласку и посоветовал подождать, пока не выскажется его мать, женщина благоразумная, мудрая и безупречной репутации. «В Париже Клермон предостерег Белльевра, верного советчика Екатерины, сказав ему, что король Наваррский не примет жену без убедительных объяснений, которые оправдали бы его перед всеми».