10 февраля 1769 года коллегия после обсуждения вновь остановилась на решении позволить изменения в конструкции кораблей на страх и риск капитанов. Предложенные Грейгом нововведения еще долго не вошли в широкую практику.
4 мая 1769 года в коллежском присутствии рассматривали вопрос о вентиляторах «для вытягивания дурного воздуха» и заливных трубах, установленных на корабле «Трех Иерархов», и решили сделать по их образцу устройства для кораблей, фрегатов и других судов мирного времени.
В 1768 году моряк встретил Сейру Кук, дочь купца-шотландца Александра Кука, который поставлял канаты для русского флота. Любопытно, что Сейра была двоюродной сестрой Джеймса Кука, знаменитого мореплавателя. 21 августа 1768 года Сейра и Самуил обвенчались в Санкт-Петербурге, в английской церкви. Сейре (в русском обществе ее именовали Саррой) тогда было около шестнадцати лет, Самуилу — тридцать три. Они любили друг друга, и в 1774 году Сарра даже сопровождала моряка, когда он отправился с эскадрой на Средиземное море.
20 января 1768 года Адмиралтейств-коллегия приняла решение о назначении Грейга вновь на «Трех Иерархов». Эту кампанию он провел в Балтийском море, а следующим летом моряк отправился в прославившую его Архипелагскую экспедицию.
У берегов Мореи
11 июля 1768 года реис-эфенди (министр иностранных дел Турции) потребовал отвести русские войска из Подолии и от турецкой границы. Осенью, не получив положительного ответа, правительство султана (диван) объявило войну России. Поводом для нее послужило разорение казаками — русскими подданными приграничных турецких городков Балта и Дубоссары.
В начале 1769 года крымские татары совершили набег на земли Украины, а турецкие войска направились к Днестру, чтобы двигаться далее на Киев и Смоленск. Турки готовили наступление и через Азовское море на Астрахань. Они считали обеспеченным свое положение на Черном и Средиземном морях, где русские суда появлялись редко, однако просчитались.
В России 4 ноября 1768 года на первом заседании Государственного совета, созданного с началом войны, граф Г. Г. Орлов предложил послать отряд судов на Средиземное море, чтобы провести диверсию в тыл Турции. Со временем идея, которую первоначально посчитали нереальной, была принята и осуществлена. К славянским народам Балканского полуострова и грекам направили эмиссаров, чтобы поднять эти народы против господствовавшей над ними Оттоманской империи. Поддержать их действия должны были войска, отправленные на эскадре Балтийского флота, а возглавить — граф А. Г. Орлов, который еще летом 1768 года выехал за границу будто бы на лечение, а фактически, чтобы подготовить почву для антитурецкого восстания и организации каперских флотилий из местных моряков — греков и далматинцев. Орлов писал в столицу о том, что есть немало одноверцев, готовых выступить против турок, и предлагал поручить ему экспедицию.
29 января 1769 года Екатерина II решила доверить графу Алексею Григорьевичу Орлову, известному решительностью, руководство действиями на Балканах с целью организовать диверсию против турок со стороны Греции и островов Архипелага. А 11 августа Императрица направила ему рескрипт в Ливорно, поручая командование и морской экспедицией.
Подготовка экспедиции началась в конце 1768 года. Начальником первой эскадры назначили опытного обстрелянного моряка, адмирала Г. А. Спиридова. 18 июля 1769 года он вывел корабли к Красной Горке. На эскадру прибыла сама Императрица, для ободрения наградила адмирала орденом Святого Александра Невского и вручила ему образ Иоанна-воина. С. К. Грейга произвели в капитаны бригадирского ранга. 25 июля эскадра направилась на запад, в первый дальний поход русского флота. В ее составе шел и корабль «Трех Иерархов».