Главный командир Кронштадтского порта
7 июля 1776 года, после возвращения всех эскадр со Средиземного моря, Екатерина II устроила у Красной Горки смотр Балтийского флота. По указу Императрицы командовал флотом вице-адмирал Грейг. Екатерину II встретили члены Адмиралтейств-коллегии, четыре флагмана (С. К. Грейг, А. Н. Сенявин, И. Я. Барш, И. А. Борисов) и портовые власти; их шлюпки сопровождали самодержицу до борта «Ростислава». Команды, посланные по вантам и реям, приветствовали ее одиннадцатикратными криками «ура»; звучали музыка оркестров и барабанный бой. На «Ростиславе» Императрица приняла рапорты. Под гром пушек окрики «ура» на мачте развернулся императорский штандарт. По приказу Екатерины II были собраны флагманы и командиры кораблей. Вице-президент Адмиралтейств-коллегии зачитал указ о награждении чинов флота. Императрица по указу от 7 июля 1776 года щедро одарила моряков призовыми деньгами и орденами, лично возложила на Грейга орден Святого Александра Невского «за его труды и усердную службу». Нижним чинам раздали медали в честь победы в турецкой войне. После обеда Императрица, обойдя на шлюпке оставшуюся часть судов, наблюдала маневры флота.
Когда праздник завершился, Грейг перешел на корабль «Исидор». На нем моряк возглавил учебное плавание у Красной Горки с 9-го по 31 июля, в ходе которого корабли проводили различные экзерсиции. 3 августа 1776 года последовал указ о разоружении эскадры, прибывшей к порту 1 августа. 8 августа вице-адмирал спустил флаг, а эскадра вошла в гавань.
После этого плавания Грейг надолго расстался с морем, ибо в должности главного командира Кронштадтского порта он был занят преимущественно делами административными. Этот период ознаменован внедрением на флоте многочисленных улучшений.
В России традиционно сохранялись штаты парусного вооружения кораблей, принятые еще при Петре I. Основой для проектирования служил спущенный в 1715 году корабль «Ингерманланд». Однако за границей конструкцию корабля усовершенствовали, и Грейг внес соответствующие предложения. Нам уже известно, что до Архипелагской экспедиции нововведения капитан смог использовать лишь на тех кораблях, которыми командовал. Однако у лично известного Императрице главного командира Кронштадтского порта возможностей оказалось больше.
В 70-х годах Грейг добился разрешения Екатерины II ввести новшества на корабли «Исидор» и «Ингерманланд». 5 августа 1776 года коллегия всем составом и все флагманы решили провести депутатский смотр вернувшихся из Архипелага кораблей и окончательно решить вопрос о преимуществе усовершенствований Грейга. 8 августа коллегия, рассмотрев рапорт Грейга и результаты депутатского смотра, «…нашла в оном [вооружении] против прежняго немалое в удобности преимущество, а сверх того паруса так в своей пропорции расположены, что не токмо один от другого паруса не отнимает ветра, но и от ударения в оные ветра нималого препятствия задний переднему не делает; пропорции мачт и стеньги не более прежних, следовательно, и опасности никакой нет. А потому коллегия сие и утверждает; что же принадлежит до прочих частей вооружения, то оное не инако узнать можно, как по самой практике, но понеже флагманы все уже по оной испытали и генерально удобность и пользу нынешнего вооружения предпочитают прежнему, на чем коллегия и основывается. А по всем сим обстоятельствам приказали: впредь корабли вооружать так, как вышеописанные корабли „Исидор“ и „Ингерманланд“ вооружены были». Грейгу предписали создать комиссию, снять точные размеры парусов, рангоута, такелажа и «оное росписать со штатным положением». 1 марта 1777 года коллегия рассмотрела представленные штаты и постановила корабли вооружить по представленным Грейгом пропорциям. Коллегия приказала «положение о такелаже и прочих принадлежащих тому вещах» издать в шестистах экземплярах и разослать. Штат был распространен в виде опыта на другие классы судов. В марте 1778 года по утвержденному штату парусов, рангоута и такелажа для кораблей, «для точнейшего положения на самой практике и узнания способностей», было решено вооружить фрегат, бомбардирский корабль, прам и полупрам. 25 июня Адмиралтейств-коллегия предложила Грейгу подобрать для экспериментальных судов командиров, способных после плавания представить свои замечания и отчеты.
Штаты 1777 года существовали до конца столетия, когда были заменены новыми (1799-го и 1806 годов).
Грейг предложил для более удобного управления парусами удлинить на кораблях и фрегатах шканцы фальшпалубой до грот-мачты, а ют выдвинуть на два-три фута за бизань-мачту. Он предложил понизить на четыре-пять футов резные украшения кормы, мешающие управлению кораблем (уваливающие его под ветер), делать ростры не выше шести футов (полутора метров) над палубой, ибо они мешали управлять гротом и замедляли ход в бейдевинд, убрал излишние переборки на палубе.