22 ноября 1776 года Адмиралтейств-коллегия рассматривала, какие суда лучше строить для посыльной службы, шебеки или шхуны. Грейг с флагманами и капитанами, обсуждавшими этот вопрос в Кронштадте, пришел к мнению, что шхуны хороши на мелководье и на реках, а шебеки в открытом море. Посему коллегия решила, что нужны и те и другие, тем более что шебеки были удобны в шхерах и при перевозке войск.
7 марта 1777 года Адмиралтейств-коллегия рассмотрела записку Грейга, который предлагал: 1) с помощью достраиваемой «огневой машины» вычистить дно трех-четырех кораблей, выконопатить их и вновь обмазать за две недели; 2) построить из имеющегося материала, кроме линейного корабля, еще и фрегат; 3) использовать старые однорогие якоря, установив их на рейде; 4) вывести из адмиралтейства для безопасности от пожара секретный дом; 5) использовать машину для очистки гавани. Коллегия в основном одобрила предложения и 8 марта поручила Грейгу постройку корабля и шебеки в Кронштадте.
7 марта 1777 года коллегия в связи с увольнением адмирала С. И. Мордвинова постановила флот поделить на две дивизии и командовать ими В. Я. Чичагову и С. К. Грейгу до назначения главнокомандующего. Таким образом, вице-адмиралу предстояло заниматься не только делами порта, но и базирующихся в нем кораблей, составляющих половину флота. Однако судьба еще долго не позволила ему выводить эскадру в плавание.
28 мая 1777 года Адмиралтейств-коллегия готовила благодарственные грамоты, которыми следовало объявить Орлову-Чесменскому, Спиридову и Грейгу о награждении их деньгами за победы на Средиземном море. Полагая, что мужество и военные знания Грейга привели к истреблению турецкого флота в Чесменской бухте, Адмиралтейств-коллегия определила выдать ему из пожалованной на флагманов суммы «против прочих преимущественно», то есть больше в 1,5 раза. Высочайшим указом 23 июня 1777 года он был уволен в отпуск в Шотландию на четыре месяца с сохранением жалованья, причем для переезда дан кетбот или малый фрегат. Фактически Грейг отплыл на бомбардирском корабле «Страшный». 12 июля вице-адмирал был на борту, корабль вышел в море и 10 августа прибыл в Эдинбург.
29 сентября, по возвращении Грейга на борт, «Страшный» сразу же пошел обратным маршрутом, 12 октября миновал Копенгаген и 16 октября прибыл на Кронштадтский рейд. По прибытии Адмиралтейств-коллегия вновь поручила ему 2-ю флотскую дивизию и главное командование Кронштадтским портом.
18 января 1778 года Адмиралтейств-коллегия поручила командование дивизиями вместо Чичагова и Грейга А. Н. Сенявину и A. B. Елманову. Но и забот по руководству Кронштадтским портом, по внедрению усовершенствований в кораблестроение было немало. К примеру, в 1778 году принято предложение Грейга оборудовать крюйт-камеры фонарями новой конструкции.
В период «вооруженного нейтралитета», когда Англия продолжала действовать на основании своего Навигационного акта 1651 года, произошел инцидент, о котором в обществе говорили как о попытке англичан сжечь русские корабли. 11 мая 1780 года, когда флот стоял в Кронштадте, на корабле «Благополучие» появился дым. Следствие установило, что загорелся кулек с пенькой, углями и смолой. Виновных не нашли. Но 20 марта 1781 года подобный случай произошел на фрегате «Мария», где загорелась завернутая в парусиновую койку сажа, пропитанная маслом. В обществе появились слухи об измене Грейга.
Екатерина II в рескрипте 22 апреля 1781 года писала:
«Г. вице-адмирал Грейг! По случаю произшествия (пожара) на фрегате „Мария“, Мы повелеваем вам объявить всем на оном находящимся, чтоб они конечно открыли виновнаго тому произшествию, ибо если они не найдут его в течение времени от вас им на то определенного, то неминуемо подвергнут себя наказанию; да и действительно воля наша непременная есть, чтоб вы их в таком случае отдали под суд за оплошность и не наблюдение должности в деле таковой важности. О всем, что по сему происходить будет, вы должны уведомить Нас особо, кроме доношений о том и коллегии».
24 апреля в другом послании Грейгу Императрица человеколюбиво рекомендовала лучше освободить десять виновных, чем осудить одного невинного. Сама Екатерина II вспомнила, что похожий случай произошел на береговом складе с пенькой. Назначенная комиссия, в которую входил Грейг, провела восемь опытов и установила, что при определенном сочетании сажи с маслом она через некоторое время самовозгорается. Рескриптом от 28 апреля Императрица поздравила Грейга: