Так как уже становился ясен размах работ, еще 2 сентября 1784 года Адмиралтейств-коллегия поручила адмиралу В. Я. Чичагову заседать в коллегии и командовать 2-й флотской дивизией. Грейг оставался только главным командиром Кронштадтского порта и числился в той же дивизии. Однако, кроме переноса адмиралтейства, адмирал имел и другие важные задачи. Ежегодно он руководил подготовкой эскадр к плаванию. Не раз Адмиралтейств-коллегия поручала ему провести депутатский смотр уходящих в море или вернувшихся кораблей. Так можно было использовать большой опыт моряка, который из-за перегруженности административными заботами не мог сам водить эскадры в море.
Успешно шли работы по реконструкции канала Петра Великого, которые были начаты еще по проектам 1763-го и 1767 годов. По высочайшему указу 6 октября 1778 года на основе предложения С. К. Грейга и обер-интенданта Рябинина канал для удобства ремонта в нем кораблей стали облицовывать вместо дерева камнем. 18 января 1785 года Адмиралтейств-коллегия слушала предложение графа И. Г. Чернышева о передаче постройки канала Петра Великого, которой он заведовал с 1777 года, Грейгу, который и так по должности ею ведал, и постановила: «кронштадтский канал и при нем команду поручить адмиралу Грейгу, а по коллегии иметь экспедиции вице-президенту». Осенью 1786 года Грейг рапортовал о том, что корабли «Елена», «Ярослав», «Владислав» и «Всеслав» введены в канал для ремонта.
К 1787 году план реконструкции Кронштадта уже осуществляли полным ходом. 17 марта Адмиралтейств-коллегия слушала сообщение, что построенные по приказу Грейга каменные офицерские и служительские корпуса со службами и другими пристройками, канатная фабрика с пеньковым магазином и разные мастерские приняты в адмиралтейское ведомство.
Большое внимание, как и прежде, адмирал уделял кораблестроению. В частности, 22 декабря 1781 года Адмиралтейств-коллегия рассмотрела недостатки построенных в Архангельске 66-пушечных кораблей и поручила строить их по чертежам Грейга. 19 сентября 1782 года был заложен в Архангельске и 16 мая 1784 года спущен корабль «Изяслав», сооруженный по проекту адмирала корабельным мастером М. Д. Портновым. 18 февраля 1786 года Адмиралтейств-коллегия рассмотрела запрос интендантской экспедиции о том, какие корабли закладывать в Архангельске; было дано указание 66-пушечные корабли строить по образцу «Изяслава», чертеж которого «…представлен был коллегии в 1781 году от адмирала С. К. Грейга…». Коллегия отметила, что контр-адмирал М. П. Фондезин одобрил маневренность и ходкость корабля. Корабль этот прослужил до 1808 года, участвовал во многих походах и в сражениях при Гогланде, Эланде, Ревеле и Выборге. Очевидно, конструкция оказалась удачной, ибо в Гогландском сражении корабль получил 180 пробоин, но не потерял боеспособность. В 1788–1797 годах в Архангельске по этому проекту корабельные мастера Портнов и Игнатьев построили корабли «Пармен», «Никанор», «Пимен», «Иона», «Филипп», «Граф Орлов», «Азия» и «Победа».
По совету Грейга в Англии были куплены легкие суда — катера и бриги, в том числе знаменитый ходок «Меркурий»; они послужили образцами для постройки легких судов.