Уже в ходе войны Грейгу приходилось отрываться от управления военными действиями и приезжать сушей в Севастополь.
В ходе июньского восстания 1830 года главному командиру вновь пришлось срочно прибыть в Севастополь, ибо ни контр-адмирал Скаловский, ни другие официальные лица не располагали достаточным авторитетом, чтобы погасить возмущение.
Можно полагать, что обещание помилования всем участникам, кроме зачинщиков и убийц, и наказания виновных в злоупотреблениях чиновников помогли адмиралу успокоить восставших. Грейг учредил комиссию для выяснения причин восстания и виновных. Однако получивший неограниченные полномочия для подавления восстания генерал-губернатор Новороссии и Бессарабии граф Воронцов решил применить более жесткие меры. Граф распустил комиссию, созданную Грейгом, через месяц после начала ее деятельности, 19 июля 1830 года. Адмирал оказался в сложном положении, ибо нарушил обещания, данные им для прекращения возмущения. Он не был согласен с мерами, которые предпринимал Воронцов, и между ними на время даже возникла ссора. Не имея возможности иным способом оказаться в стороне от неправедно, по его мнению, организованного следствия, моряк сказался больным. Лишь когда Император приказал организовать новую комиссию, адмирал объявил о своем выздоровлении. Но и новая комиссия не оправдала участников восстания. Семеро были казнены, несколько десятков отправлены на каторгу и в арестантские роты.
После войны Грейг продолжал преобразования. В 1829–1830 годах были введены в строй в Николаеве мортонов эллинг, эллинг для кораблей и эллинг для фрегатов, открыто уездное училище. Однако с 1830 года адмирал оказался в трудном положении. Морской историк Е. И. Аренс отмечал:
«Последние годы службы почтенного адмирала Алексея Самуиловича Грейга на юге были сильно омрачены доносами и наветами подпольных клеветников, вымещавших на нем свои неудачи в разного рода нечистоплотных аферах или личные неудовольствия. Грейг вышел из этой грязи безупречно чистым, каким он действительно всегда и был, но жизнь его уже была отравлена».
Вероятно, и недостаточно жесткая позиция Грейга в подавлении Севастопольского восстания побудила Николая I искать ему смену на посту главного командира. 14 августа 1830 года по высочайшему повелению Грейг прибыл в Санкт-Петербург и получил денежную награду в 50 тысяч рублей.
Назначенный председателем Комитета по улучшению флота при Главном морском штабе, Грейг руководил его заседаниями в Санкт-Петербурге с 24 октября 1830-го по 23 мая 1831 года, оставаясь одновременно главным командиром Черноморского флота Комитет рассматривал многочисленные предложения по совершенствованию различных отраслей морской службы известных моряков (М. П. Лазарева, А. И. Казарского, И. Ф. Крузенштерна, А. П. Авинова, инспектора корпуса корабельных инженеров генерал-лейтенанта Брюн Сен-Катерин и других). На 53 заседаниях были рассмотрены 356 вопросов. Немало предложений самого Грейга, опробованных на Черном море, было рекомендовано внедрить во всем флоте. Не зря комитет называли комитетом Грейга.
В числе предложений были одобрены: введение мортоновых эллингов; усовершенствование иолов Балтийского флота; применение формул для расчета числа команды, веса якорей, толщин якорных канатов, размеров стоячего такелажа; введение правил составления чертежей кораблей с указанием тактико-технических элементов («стихий») по примеру корабля «Париж»; замена в технической документации расплывчатого по тем временам понятия «вместимость» точным расчетным понятием «водоизмещение»; применение войлочных прокладок под обшивкой; замена смоленого такелажа «белым»; лужение железного крепления; отмена каменного балласта; использование машин Боннета для очистки воздуха; сооружение прочных и жестких поперечных переборок; уменьшение толщин и веса снастей; замена на нижних батареях коротких пушек длинными; установка усовершенствованных пушек («по чертежам Черноморского флота»); проведение экспериментов с единорогами по стрельбе бомбами и брандскугелями, введение усовершенствованных прицелов.