1 сентября 1832 года фрегат «Паллада» благополучно был спущен на Охтинской верфи. 28 сентября Нахимову вновь было объявлено монаршее благоволение за успешную постройку и спуск фрегата. Усовершенствования командир продолжал вводить и позднее: предложил добавить полубаркас для сбережения баркасов, пушечные станки нового образца и т. п. В мае 1833 года фрегат вступил в строй и был доставлен на камелях из Невы в Кронштадт.
Летом того же года, с 24 июля по 11 октября, фрегат находился в крейсерстве на Балтийском море в составе эскадры вице-адмирала Беллинсгаузена, и вновь Нахимов отличился. 17 августа, в плохую видимость, моряк сумел заметить Дагерордский маяк и дать сигнал, что эскадра идет к опасности. Головной корабль «Арсис» выскочил на камни, получили повреждения корабль «Императрица Александра» и шхуна «Град», но остальные суда успели отвернуть. Нахимов продемонстрировал не только умение, но и мужество, ибо сигнал флагману, что курс его неверен, при ошибке мог стоить моряку карьеры.
Тем временем М. П. Лазарев в 1832 году получил назначение начальником штаба Черноморского флота. К себе он вызывал служить тех моряков, с которыми ходил в плавания и сражение; стал черноморцем и П. С. Нахимов. Качества П. С. Нахимова как морского офицера были столь неоспоримы, что 24 января 1834 года капитан-лейтенанта назначили командовать строящимся линейным кораблем «Силистрия» и перевели в 41-й экипаж Черноморского флота; 30 августа его за отличие по службе произвели в капитаны 2-го ранга. 8 ноября 1834 года начальник Главного морского штаба утвердил Нахимова командиром экипажа и корабля.
В 1834–1836 годах Нахимов занимался постройкой «Силистрии». 11 ноября 1835 года линейный корабль был спущен на воду и его достраивали на плаву. 15 сентября 1836 года корабль вышел из Николаева, зашел в Очаков и 5 октября достиг Севастополя. После завершения вооружения корабль 2 июня 1837 года вышел в первое плавание.
В ходе постройки Нахимов упорно добивался, чтобы «Силистрия» стала образцовым кораблем от киля до клотика. Прочность корпуса и отделка внутренних помещений, современное парусное вооружение и артиллерия выделяли корабль из прочих и позволили ему оставаться одним из лучших в течение двадцати лет — срок, необычный для деревянного корабля.
Но отличный корабль — это не только корпус и мачты. В первую очередь это люди, команда. Подготовке офицеров и матросов капитан 2-го ранга уделял особое внимание. Несмотря на суровые нравы во флоте, которых должен был придерживаться и Нахимов, он уважительно относился к нижним чинам, к нуждам их семей, и потому был любим матросами. Он внушал офицерам: «Пора нам перестать считать себя помещиками, а матросов крепостными людьми. Матрос есть главный двигатель на военном корабле… Вот кого нам надо возвышать, учить, возбуждать в них смелость, геройство. Вот это воспитание и составляет основную задачу нашей жизни, вот чему я посвятил себя, для чего тружусь неустанно, и, видимо, достигаю своей цели — матросы любят и понимают меня…»
От офицеров он требовал не только морской лихости и умения, но и постоянного усовершенствования знаний, сам постоянно следил за новинками прессы и морской литературы.
М. П. Лазарев, ставший в 1833 году главным командиром Черноморского флота и портов, отмечал познания и образованность командира «Силистрии», который служил примером другим морякам и был достоин повышения. A. C. Меншиков 6 декабря 1837 года подписал приказ о производстве командира 41-го экипажа и корабля «Силистрия» в капитаны 1-го ранга. 1 января 1837 года за успешную проводку «Силистрии» из Николаева в Севастополь и 13 сентября за отличное устройство, порядок и чистоту на корабле моряк получил высочайшие благоволения. 22 сентября за отличное усердие и ревностную службу его наградили орденом Святой Анны II степени, украшенной императорской короной.
Усердная служба сказалась на здоровье. 23 марта 1838 года П. С. Нахимова уволили в отпуск за границу по болезни до излечения. Несколько месяцев он провел в Германии, но местные врачи не помогли. Летом 1839 года, после неудачного лечения, моряк по совету Лазарева вернулся в Севастополь; при операции ему повредили нерв ноги в паху, появились обмороки, так что чувствовал себя он хуже, чем до отъезда. Тем не менее Нахимов продолжал службу на море. В 1839 году он не успел участвовать в плавании. Но начиналась продолжительная война на Кавказе. Царское правительство старалось подавить выступления горцев под главенством имама Шамиля за независимость от России. Значительное участие в этих военных действиях принял флот.