До 20 августа отряд Нахимова ходил у восточных берегов Черного моря. Случались эпизоды, требовавшие вмешательства моряков. 10 мая, получив сведения о появлении отряда мятежных горцев в Абхазии, командир корвета «Пилад» по просьбе коменданта Сухума высадил десант, а корвет и вооруженные гребные суда поставил по флангам крепости; только 1 июня по распоряжению Нахимова судно было отозвано в Новороссийск. Это уже был пример инициативы, проявленной командиром.
Несколько раз кораблям отряда самостоятельно и под командованием Нахимова приходилось помогать обороне прибрежных постов и укреплений. Но наиболее серьезной оказалась борьба с контрабандой — основная задача отряда. 23 июля контр-адмирал на «Кагуле» осмотрел окрестности мыса Вона, где собирались суда контрабандистов. Еще ранее, 11 апреля, шхуна «Гонец» овладела с боем чектырмой с товаром, 20 мая бриг «Паламед» взял вторую чектырму. 19 июля корвет «Пилад» и бриг «Паламед» попытались в безветрие взять четырьмя гребными судами три чектырмы. Шлюпки были отбиты с потерями вооруженными контрабандистами. Однако, получив возможность двигаться, корабли истребили неприятельские суда, прибившиеся к берегу. Кроме того, 26 мая — 27 июня под наблюдением Нахимова моряки «Силистрии» вновь перекладывали мертвые якоря у Новороссийска.
В 1847 году на корабле «Ягудиил» Нахимов с 3 мая по 3 июня находился в плавании как второй флагман практической эскадры. Кроме крейсирования, эскадра сделала два рейса для перевозки войск и вернулась в Севастополь. Контр-адмирал Юрьев, командовавший практической эскадрой, не раз выражал удовольствие второму флагману за сохранение места в строю, работу команд с парусами и выполнение сигналов.
Осенью Лазарев поручил Нахимову испытать полученные с Камско-Воткинских заводов якоря для ботов. К весне 1848 года поручение было выполнено. Контр-адмирал не только сделал заключение о пригодности якорей, но и предложил методику их использования.
Еще до начала кампании Нахимова назначили командиром отряда из фрегата «Каварна», корвета «Орест», брига «Фемистокл» и тендера «Нырок», который должен был сменить предшествовавший в патрулировании у берегов Кавказа. Ему также вновь предстояло проверить мертвые якоря в Цемесской бухте.
Предусмотрительный контр-адмирал заранее просил прислать в июне-июле корабль «Силистрия», а также два флашхоута (плашкоута) из Керчи и Севастополя.
Кампания продолжалась со 2 мая по 2 октября. 10 мая отряд вышел из Севастополя. Кроме работ по исправлению мертвых якорей, с 12 мая по 5 августа Нахимов руководил подъемом тендера «Струя», затонувшего в Новороссийской (Цемесской) бухте. Известный морской историк А. П. Соколов отмечал, что подъем тендера делает честь Нахимову.
17 февраля 1849 года Нахимова назначили младшим флагманом второй практической эскадры, которую составили корабли 4-й флотской дивизии «Варна», «Селафаил», «Ягудиил», «Храбрый», «Три Святителя», «Уриил», «Ростислав», фрегаты «Мидия», «Кагул», «Сизополь», корвет «Пилад», бриги «Меркурий», «Эндимион», «Эней» под командованием вице-адмирала Юрьева, контр-адмиралов Конотопцева и Нахимова. Эскадра эта, получив приказ 8 июля, 14 июля отправилась в путь, вернулась в Севастополь 24 августа и после артиллерийских учений 30 августа вошла в гавань.
Нахимов поднял флаг третьего флагмана на корабле «Ягудиил». Старший флагман вновь изъявлял свое удовольствие «Ягудиилом» за скорую пальбу из одной пушки, за разбитие бочки-цели ядром, за хорошую атаку и хорошее репетование, т. е. повторение, сигналов. Из отчетной ведомости видно, что за кампанию время работы с парусами резко уменьшилось, что свидетельствует о результатах обучения команд. Интересен отзыв капитана 1-го ранга С. А. Алексеева, который осенью 1849 года писал:
«При отличных качествах всех кораблей, Черноморский флот составляющих, в 4-й флотской дивизии в прошлые годы в ходу, особенно в бейдевинд, отличался 84-пушечный корабль „Ростислав“, ныне же с трудом мог оспаривать это превосходство у корабля „Ягудиил“, который весьма улучшен постоянным вниманием г. контр-адмирала Нахимова».
В сентябре 1849 года после возвращения из плавания Нахимов на основании собственного опыта сделал ряд замечаний на разосланные весной по инициативе Лазарева «Правила, принятые на образцовом артиллерийском корабле „Екселент“ для обучения нижних чинов артиллерии».
В 1850 году Нахимова вновь назначили командовать отрядом судов из фрегата, 3 бригов, шхуны и 2 тендеров, предназначенным для крейсерства у берегов Кавказа. 25 мая отряд вышел из Севастополя для смены кораблей контр-адмирала Синицына. Кампания длилась до 23 ноября. После возвращения Нахимов представил свои замечания, на сей раз по изданному в 1849 году «Своду морских сигналов».