Болезнь не давала покоя. Адмирал страдал различными припадками. Боли в желудке, рвота, головокружение вплоть до обморока мучили его. Сказывались и застарелая болезнь, и тяготы службы. Однако моряк не показывал вида, продолжая ежедневные объезды позиций и занимаясь десятками различных дел.
С началом весны пришла опасность эпидемии. Потому Нахимов беспокоился о скорейшем вывозе раненых из осажденного города в Николаев. Не отходил Нахимов и от интересов флота, следил за его действиями. 7 апреля он в приказе сообщал о методе тушения зажигательных ракет, разработанном Г. И. Бутаковым, и рекомендовал использовать его на судах эскадры.
Не забывал адмирал за заслуги представлять к наградам офицеров и матросов. Но достойных было слишком много. Чиновник для особых поручений Морского министерства Б. П. Мансуров рапортовал генерал-адмиралу, Великому князю Константину Николаевичу:
«…Нахимов олицетворяет в себе стойкий и непоколебимый гений Севастополя. История знает уже, что все чины Черноморского флота следовали и следуют этому примеру, и здесь слово „все“ имеет действительно то обширное значение, которое исключений не допускает; как я не доискивался и допрашивался особенных примеров мужества, самоотвержения и хладнокровия, я всегда приходил и прихожу к тому результату, что честь, достоинство и подвиги везде одни и те же, разница в том, что сегодня отличится один, а завтра другой. Как ни строг Павел Степанович в своих оценках, он всегда готов прочитать список всех ныне остающихся на бастионах, когда его спрашивают об особенных отличиях».
Однако при необходимости Нахимов отмечал и недостатки. Он делал замечание за несвоевременную и неточную передачу сообщений телеграфа, выговаривал капитан-лейтенанту Н. И. Викорсту за плохое наблюдение за его командой, немедленно направил встреченного на улице штабс-капитана А. Н. Зубкова к его команде и угрожал отдать под суд в случае дальнейшего уклонения от службы.
Приходилось адмиралу участвовать и в боях на суше. При освобождении Камчатского люнета Нахимов получил контузию, уже не первую. Тот же Мансуров замечал, что моряк с трудом сидел на стуле. Но стоило ему услышать, что союзники накапливают силы у Малахова кургана, и адмирал через две минуты оказался в седле.
Несмотря на новый чин, положение адмирала оставалось сложным. Над ним оставался командующий 4-м корпусом Остен-Сакен, который отдавал приказы по Севастопольскому гарнизону. Потому 19 апреля Нахимов просил пересылать в его канцелярию военного губернатора копии всех приказов Остен-Сакена для сведения.
Главнокомандующий Южной армией и сухопутными и морскими силами в Крыму князь М. Д. Горчаков не верил в возможность удержать Севастополь. Он согласился с предложением генерал-лейтенанта Бухмейстера соорудить мост через Севастопольскую бухту. В записке от 27 мая адмирал посчитал невыгодным сооружение моста. Он понимал, что мост — средство не столько для переброски подкреплений, сколько для эвакуации. В то же время сам он был инициатором сооружения пешеходного моста на бочках через Южную бухту; мост этот связал позиции обороняющихся.
В Севастополе катастрофически не хватало продовольствия, оружия, боеприпасов, строительных материалов. Нахимову приходилось самому разрешать многие вопросы. Он определял, как избежать сверхнормативных требований продовольствия, и решал, как обеспечить выпечку хлеба. На свой страх и риск адмирал использовал для постройки укреплений запасы флота (парусину, тросы, корабельный лес), получая разрешения задним числом; однако он старался избежать излишнего расхода ценных кораблестроительных материалов.
Нахимов, желая избежать лишних жертв, после начала третьей бомбардировки отдал 28 мая приказ об эвакуации женщин из Севастополя. Матросских жен, живших на северной стороне, он определил на морское довольствие.
Себя адмирал не щадил. Он нередко оказывался в опасных местах, несмотря на усталость, болезни и несколько контузий. В июне к прочим недугам прибавилось заболевание «холериной». Окружающим он казался бессмертным. Но это было не так.