Самым сложным для Конисского в этой теории является вопрос, откуда берутся формы? Доводы Аристотеля, что формы выводятся из материи и так в ней хранятся, не кажутся ему исчерпывающими:…быть выведенным из материи — это не значит порождать форму вне материи и потом к ней присоединять; это происходит внутри самой материи. С этим легко соглашаюсь, но вопрос этим не исчерпывается» (там же, 160). Да и противоречит такое утверждение тезису о пассивности первоматерии, которая без формы, согласно Аристотелю, не может даже существовать. Неприемлема для профессора и мысль Платона, она для него звучит как «странная сказка»: «…он учит, что формы из идей ее самой (материи. — М. К.), будто из истоков, вливаются в материю, словно в хранилище. Ничто не выливается из ничего, разве пустые грезы, какие суть идеи Платона…» (там же). Сам Конисский не может придумать ничего существенного, проясняющего этот темный и запутанный схоластами вопрос. Он не воспринимает и теорию божественного происхождения форм, поскольку пытается все в природе объяснить естественными причинами. Мысли схоластов о происхождении форм профессор называет «выдумкой, недостойной разумного человека». О себе он говорит: «Я не могу придумать ничего правдоподобного о происхождении форм, и это признание следует считать выводом» (там же, 162). Такое признание еще раз подтверждает, что учение Аристотеля о материи и форме он преподавал, уступая традиционной схеме академических курсов.
Учение о первооснове вещей — материи профессор детально излагает в соответствии с теориями представителей философии Нового времени, в частности Декарта, Гассенди. Опираясь на эти теории, на данные исследований современных ему естествоиспытателей, в том числе и отечественных, Конисский говорит о материи как первооснове мира, обладающей различными свойствами.
Самое важное свойство — сохранение материи в процессе изменений. В постоянном изменении вещей материя сохраняется неизменной как основа всех процессов: «Есть… какой-то субъект, который после разрушения одной вещи не гибнет, а переходит к другой, и, поскольку в нем имеются определенные свойства… некоторые из них он даже несет с собой в новую вещь» (там же, 155). Из наблюдений над естественными процессами, например, горением дерева, бумаги, гниением продуктов и вещей, Конисский делает вывод о непорождаемости и неуничтожимости материи: «О материи установлено точно, что она такая же самая, какой была в старой, переходит в новую вещь, а не рождается и не уничтожается» (там же, 159); «Вообще во всех вещах дается какой-то общий субъект (subiectum quod subicitur), даже если мы и не постигаем его ощущениями» (там же, 155). Этот «общий субъект» он называет «началом», «первоосновой». «Повседневный опыт каждому может показать изменение бытия вещей» (там же, 150), однако изменяются они не целиком, у них есть что-то общее, неизменное, «ибо, когда одни вещи прекращают [существование], другие необходимо начинают его, и то, из чего они начинаются и из чего состоят, то именно и будет началом [первоосновой]» (там же). Такое начало Конисский понимает как внутренний принцип бытия материальной вещи, «физический принцип», раз сотворенный богом и навсегда данный природе.
Профессор не осмеливается прямо провозгласить тезис о вечности материи, однако мысль о неуничтожимости и непорождаемости материи он проводит довольно последовательно: «Материя никогда не может быть ни порождена, ни уничтожена, она сотворена богом в начале мира, и какая, и в каком количестве сотворена, такая и в таком количестве по сей день остается и будет оставаться в будущем» (там же, 156). Здесь налицо и признание постоянного, неизменного количества материи, уже бесспорного для естествоиспытателей того времени.
Конисский утверждает также, что материи присуща собственная сущность и собственное существование, правда обусловленное всемогуществом бога: «Материя, если она является хранилищем форм, по природе упреждает форму. Значит, она имеет собственное существование и может стойко существовать без формы, вследствие наивысшего могущества бога» (там же, 157). Весь окружающий мир — материальные вещи. Самое материю мы не ощущаем, однако ощущаем вещи — проявление и воплощение материи. Материя небесных тел не отличается от материи земных вещей. Наш материальный мир неодинок во Вселенной. Возможность существования других подобных миров тоже вытекает для Конисского из всемогущества бога: «…те авторы пусть знают, когда стремятся доказать единичность мира, что они отрицают всемогущество бога» (там же, 230). Такие мысли очень близко подводят Конисского к признанию вечности материи; логика рассуждений такова: если бог существует испокон веков и нельзя допустить, чтобы он, существуя, не мог творить, — он же всемогущ, а материя им сотворена, — то сам по себе напрашивается вывод о вечности материи.