Обращение к Галилею как к ученому, опровергнувшему догмы Священного писания убедительными научными доводами, в те времена было общепринято. Защищая от гонения церковников учение Коперника и свои собственные выводы, подтверждающие это учение, Галилей, ссылаясь на Библию, говорил, что бог лишь упомянул о своих творениях, предоставив человеку самому выяснять подробности. Подобные же аргументы можно найти в книге Гюйгенса «Космотеорос», изданной в России в 1717 г., а также в «Географии генеральной» Варения, опубликованной на русском языке в 1718 г. В последней ясно сказано, что «Писание божественное в вещех физических (сиречь естественных) глаголет по мнению и понятию народа общего» (цит. по: 33, 174).
Принятие Конисским учения Коперника и Галилея, пропаганда этого учения прежде всего исходят из общей направленности развития отечественной философии, из ее ориентации на опытное знание, на достижения науки Нового времени. Своим отношением к идеям Коперника и Галилея профессор подчеркивает, что он ценит объективную научную истину вопреки предвзятым убеждениям, осуждает теологические догмы, отрицает их вовсе, если речь идет о вещах и явлениях, исследованных наукой. Итак, Конисский-ученый всецело на стороне науки. Но как духовное лицо он обязан был защищать и пропагандировать догматы религии, и вот каким образом учит он подходить к Священному писанию: «Данные же Священного писания не нужно воспринимать в их прямом значении, как кажется многим; ибо, когда говорится в псалме 92 „остановилось Солнце по приказу Иисуса“, „укреплена Земля, и она не должна никогда двигаться“ и др. вещевания святого духа, то имеется в виду, что это сказано в соответствии с мыслью простолюдинов, как говорится, что бог прогуливается, нисходит и т. д., подобно тому, как мы, наконец, говорим, что Солнце теряет сияние во время затмения, города и земли отступают, когда отплываем из порта, и многое другое передаем так, как оно нам кажется, хотя и знаем, что в действительности все по-иному. Однако я должен сказать, что можно и нужно таким способом объяснять многие места Священного писания, если к этому нас побуждает великая наука» (5, 250–251).
В отношении Конисского к интерпретации Священного писания прослеживается тенденция, заложенная в отечественной общественнополитической мысли еще представителями русских рационалистических ересей — стригольников, жидовствующих, нестяжателей, углубленная и расширенная социнианами. Социн и его последователи сделали шаг вперед в развитии религиозно-философской доктрины антитринитаризма, что ярко отразилось в творчестве Симона Будного (см. 30, 165–168. 16, 35). Если социниане считали, что текст Священного писания необходимо интерпретировать так, чтобы его выводы не противоречили здравому смыслу, то Конисский, имея перед собой успехи отечественной науки и науки Нового времени, уличает Писание в несоответствии с наукой. Религиозный рационализм социнианства Конисский ставит на научную основу, поднимая его на более высокую ступень. В рассуждениях его ясно прослеживается мысль, что утверждения Библии не имеют ничего общего с наукой; иногда он пытается объяснить ее аллегории: «Слова Священного писания об уничтожении небес нужно понимать как [утверждение] об их изменении или о переходе от одной субстанции к другой — лучшей, или, оставаясь в той же субстанции, — к другому лучшему виду» (5, 240). Такие утверждения отнюдь не свидетельства того, что Конисский пытается примирить науку и религию. Подобные высказывания профессора говорят об осознании им своего положения подневольного монаха. Решая вопрос, может ли тело одновременно находиться в двух местах, Конисский прямо заявляет об этом: «Я бы охотно присоединился к отрицательному решению, если бы не отдал свой разум в плен вере» (там же, 210). В открытом признании профессора обязательной своей зависимости от религии видится и признание им достижений науки.