Однако было бы неправильно отрицать всякие связи Конисского со схоластической традицией — его дань этой традиции довольно значительна. Но не менее значительна и его борьба с ней. Сам профессор откровенно признает, что, составляя свой курс философии, «на сметтях интерпретов Аристотелевых времени всуе не потерял бы было» (цит. по: 13, 179). Науки, изучающиеся в семинариях и академиях того времени, он называет «углием», «их, не вздохнувши из глубины духа, нельзя упомянуть». В его философском курсе оспариваются мнения не только интерпретаторов, но и самого Аристотеля. Конисский торжественно заявляет: «Я следую истине, а не Аристотелю» (5, 104). Отрицая слепую веру в авторитеты, в первую очередь Священного писания, профессор стремится привить слушателям и читателям склонность к самостоятельному мышлению. Он убежден сам и убеждает всех в том, что правильно объяснить природу может лишь наука, основывающая свои выводы на экспериментальном знании.
Курс натурфилософии Конисского отличается тем, что профессор вступает в дискуссии и обосновывает свои выводы, в главном опираясь на данные известных ему исследований ученых Нового времени. Если же наука еще не обладает точными сведениями о том или ином явлении, Конисский ограничивается пересказом истории истолкования этих явлений. Примером может служить вопрос о природе звезд (см. там же, 240).
Прогрессивная наука того времени взяла на вооружение утверждение Декарта о всемогуществе познания. Декартово cogito положило начало эре рационализма, указав на принципиальную противоположность интеллекта и мистики, разума и веры. Известный дуализм веры и знания имеет свои корни в учении Аверроэса о двойственной истине, которое провозглашает «мирное сосуществование», невмешательство и равные права веры и разума в познании бытия. Конисский откровенно склоняется к рационализму Декарта: истинно лишь то, что доказано и постигнуто разумом, вера и разум несовместимы. Вера касается сверхъестественных вещей, о вещах же и явлениях естественных мы имеем знания на основании опыта: «Не во всех случаях интеллект подчинен воле — ее власти и правилам, а лишь в таинственных, например: во что верим верою, ибо если чего-то не можем постичь материальным разумом или не имеем возможности охватить, то воля, создавая авторитет воскресающего бога, приказывает интеллекту соглашаться с тем, что именуется богом. По-иному же происходит [познание] тех [вещей и явлений], которые понятны сами по себе или выведены из известного» (там же, 109). Ничем не обоснованная вера — это насилие над интеллектом. Если судить по его философскому курсу, профессор считает слепую веру огромным препятствием на пути научного познания. Это чувствуется и в его космологии, особенно в рассуждениях о популярности системы мира Тихо де Браге, которая не вступает в конфликт с Писанием. Сам Конисский оказывается, как мы уже неоднократно отмечали, в очень «щекотливом» положении. С одной стороны, он высокий духовный сановник, призванный отстаивать силу и чистоту догматов веры, с другой — прогрессивный профессор, ищущий ученый, живо интересующийся достижениями новейшей науки и философии. При обсуждении религиозного догмата о проникновении Иисуса сквозь стену Конисский-ученый откровенно недоумевает, ибо физика не знает ничего подобного. Зато Конисский-духовник объясняет: все возможно по божьей воле, благодаря всемогуществу бога.
Следуя духу гуманизма эпохи Возрождения, Конисский выдвигает идеал активно мыслящего человека. Именно человек выступает у него активным и творческим началом в процессе познания мира. Конисский не разделяет принципиально человека и мир, а представляет их в единстве: человек — часть природы. Он как «венец творения» стоит выше всех сотворенных вещей и отражает в себе весь мир. Учение о человеке-микрокосмосе, отражающем макрокосмос, известно еще со времен античности. В средневековье эта идея становится одной из главных в натурфилософии. В отечественной философии она находит наибольшее развитие в учении Г. С. Сковороды. Религиозное средневековье приспособило учение о человеке-микрокосмосе к христианству, представляя его как образец иерархии и символики мира. Согласно этим представлениям, мир есть иерархия символов. Каждый символ в этой иерархии, отражая сверхъестественное, содержит в себе и видимое, осязаемое, но стоящее ниже его. Согласно такому толкованию, человек как «венец творения» вбирает в себя свойства всего сотворенного мира, он — совокупность иерархических рядов, с одной стороны, и символ бого-человека (Христа) — с другой.