Положив в основу философского знания раскрытие причин вещей и явлений природы, Конисский отстаивает позиции естественного происхождения человеческого знания, убеждает, что познание начинается не с раскрытия каких-то врожденных идей, а с ощущений. Как и Локк — продолжатель сенсуалистических традиций античности, он утверждает, что в разуме нет ничего, чего бы не было в ощущениях. Только чувственные восприятия и наблюдения являются источником человеческих знаний. Отстаивая сенсуализм в теории познания, Конисский отрицает учение Платона о врожденных идеях. Сущность этого учения сводилась к утверждению, что всякое знание приобретает человек путем припоминания того, что влито богом в его душу при сотворении мира. Конисский решительно отвергает теорию припоминания, ссылаясь на здравый смысл и данные физиологии; «Если бы знания приобретались путем припоминания, то слепорожденный мог бы приобрести знания о цветах» (там же, 112).
Развитие естественных и философских наук требовало расчистить путь научному познанию мира, провозгласить доверие к ощущениям, опыту, разуму как к самым надежным источникам познания. Теория врожденных идей была тормозом на пути объяснения явлений природы. Она отвлекала от научного решения проблемы генезиса человеческого познания, требовала вмешательства сверхъестественной силы. Поэтому так решительно выступили против нее Локк, Ломоносов и их последователи. Ломоносов один из первых в нашей стране противопоставил теории врожденных идей теорию естественного происхождения понятий и идей. Своими трудами в различных областях знания он доказал, что наши представления о движении тел, об их свойствах и качествах не врожденные, а опытные, они — результат воздействия окружающего мира на наши органы чувств, а «мысленные рассуждения произведены бывают из надежных и много раз повторенных опытов» (22, 126). Подобные рассуждения находим мы и у Конисского. Источник знаний — природа, и правильные представления о самых простых явлениях человек приобретает путем наблюдений: «Если неученого человека спросить о сложных вопросах любой науки, он или ничего вообще не ответит, или кое-что ответит верно, но чисто случайно. Если же его спросить о вещах простых и знакомых ему, то сила естественного света приведет его к верному ответу даже о тех вещах, о которых он никогда не думал» (5, 112). Только в процессе жизненных наблюдений у человека появляются сначала простые, потом более сложные представления, на основании которых в процессе обучения, т. е. деятельности разума, складываются научные понятия: «То, что мы знаем, было известно нам раньше… однако не до того, как мы родились, как представляет Платон, а прежде, чем мы пришли к научному знанию; однако оно было не выразительно и научно, а неясно. Если же мы стремимся к знанию любой вещи, мы обычно идем от известных нам первооснований к менее известным научным утверждениям» (там же).
Согласно Г. Конисскому, в познании следует различать три ступени: 1) чувственное восприятие, возбуждаемое в человеке внешними предметами; 2) выработка интеллектом понятия о воспринятом предмете; 3) суждение. Главная, активная сила в процессе познания — человек, его творческий разум. Разум, по мнению Конисского, действует в познании без божественного предписания, это «разумная душа», «первый акт органического физического тела, имеющего в своей власти рациональную или интеллектуальную жизнь, или — это первый принцип, согласно которому живем, чувствуем, двигаемся и понимаем» (5, 316). Разумная душа — существенный признак человека. Конисский, подобно гуманистам, отстаивает прогрессивную в те времена мысль о тесной связи души и тела. Только пребывая в теле, душа может проявлять свои основные свойства — интеллект и волю, только благодаря телу возможна деятельность познавательных потенций души на уровне чувственного восприятия.
Чувственному познанию профессор уделяет огромное внимание. Это связано в первую очередь с возрастанием в то время интереса к естествознанию, а поэтому и к опыту как его основе. Оторванная от жизни школьная (схоластическая) наука, беспредметные дискуссии о догматах Священного писания уже не удовлетворяли запросы общества. Жизнь поставила задачу практического освоения достижений математики, астрономии, физики, географии и других наук. Эта тенденция отразилась уже в философском курсе Ф. Прокоповича, особенно же — в работах М. В. Ломоносова, который с огромным энтузиазмом взялся за развитие отечественной прикладной науки. Опыт, практика у Конисского выступают основой познания мира. Ощущение, чувственное восприятие являются основой для выработки истинных понятий, суждений и научных теорий. Деятельность интеллекта невозможна без чувственного восприятия. Именно на основании ощущений разумная душа с помощью интеллекта образует понятия о вещах и познает истину.